Endonucleasa del colgajo

Las endonucleasas de flap (FEN, también conocidas como 5' durgs en referencias más antiguas) son una clase de enzimas nucleolíticas que actúan como exonucleasas 5'-3' y endonucleasas específicas de estructura en estructuras de ADN especializadas que ocurren durante los procesos biológicos de replicación de ADN , reparación de ADN y recombinación de ADN. Las endonucleasas de flap se han identificado en eucariotas , procariotas , arqueas y algunos virus . Los organismos pueden tener más de un homólogo de FEN ; esta redundancia puede dar una indicación de la importancia de estas enzimas. En procariotas, la enzima FEN se encuentra como un dominio N-terminal de la ADN polimerasa I, pero algunos procariotas parecen codificar un segundo homólogo. ^[1]^[2]^[3]

La actividad endonucleasa de las FEN se identificó inicialmente como actuando sobre un dúplex de ADN que tiene un saliente 5' monocatenario en una de las hebras ^[4] (denominado "colgajo 5'", de ahí el nombre de endonucleasa de colgajo ^[5] ). Las FEN catalizan la escisión hidrolítica del enlace fosfodiéster en la unión del ADN monocatenario y bicatenario. ^{[6] Algunas FEN también pueden actuar como exonucleasas 5'-3' en el extremo 5' de la hebra del colgajo y en}sustratos de ADN "mellados" .

Los modelos de estructura de proteínas basados en datos de cristalografía de rayos X sugieren que las FEN tienen un arco flexible creado por dos hélices α a través de las cuales puede pasar la hebra única 5' de la estructura de la aleta 5'. ^[7]

Las endonucleasas de colgajo se han utilizado en biotecnología , por ejemplo, el ensayo de PCR Taqman ^[8] y el ensayo Invader para la detección de mutaciones y polimorfismos de un solo nucleótido (SNP). ^[9]^[10]

Véase también

Endonucleasas

Referencias

^ Sayers, Jon R. (1994). "Identificación asistida por computadora de un posible gen de exonucleasa 5'-3' codificado por Escherichia coli". Revista de biología teórica . 170 (4): 415–21. doi :10.1006/jtbi.1994.1202. PMID 7996866.
^ Liu, Yuan; Kao, Hui-I; Bambara, Robert A. (2004). "FLAP ENDONUCLEASE 1: Un componente central del metabolismo del ADN". Revisión anual de bioquímica . 73 : 589–615. doi :10.1146/annurev.biochem.73.012803.092453. PMID 15189154.
^ Ceska, T; Sayers, JR (1998). "Escisión de ADN específica de la estructura por nucleasas 5'". Tendencias en ciencias bioquímicas . 23 (9): 331–6. doi :10.1016/S0968-0004(98)01259-6. PMID 9787638.
^ Lyamichev, Victor; Brow, Mary Ann D.; Dahlberg, James E. (1993). "Escisión endonucleolítica de ácidos nucleicos con estructura específica por polimerasas de ADN eubacterianas". Science . 260 (5109): 778–783. Bibcode :1993Sci...260..778L. doi :10.1126/science.7683443. PMID 7683443.
^ Harrington, John J.; Lieber, Michael R. (1994). "La caracterización de una endonucleasa específica de la estructura del ADN de mamíferos". The EMBO Journal . 13 (5): 1235–46. doi :10.1002/j.1460-2075.1994.tb06373.x. PMC 394933 . PMID 8131753.
^ Kaiser, Michael W.; Lyamicheva, N.; Ma, W.; Miller, C.; Neri, B.; Fors, L.; Lyamichev, V. (1999). "Una comparación de 5′-exonucleasas específicas de estructura de eubacterias y arqueas". Journal of Biological Chemistry . 274 (30): 21387–21394. doi : 10.1074/jbc.274.30.21387 . PMID 10409700.
^ Ceska, TA; Sayers, JR; Stier, G.; Suck, D. (1996). "Un arco helicoidal que permite que el ADN monocatenario pase a través de la exonucleasa 5' T5". Nature . 382 (6586): 90–3. Bibcode :1996Natur.382...90C. doi :10.1038/382090a0. PMID 8657312. S2CID 11159640.
^ "Principios Taqman". Archivado desde el original el 9 de diciembre de 2006. Consultado el 27 de diciembre de 2006 .^{[ Se necesita cita completa ]}
^ Lyamichev, V.; Mast, AL; Hall, JG; Prudent, JR; Kaiser, MW; Takova, T.; Kwiatkowski, R.; Sander, T.; deArruda, M.; Arco, D.; Neri, BP; Brow, MA (1999). "Identificación de polimorfismos y detección cuantitativa de ADN genómico mediante escisión invasiva de sondas de oligonucleótidos". Nature Biotechnology . 17 (3): 292–296. doi :10.1038/7044. PMID 10096299. S2CID 37888925.
^ Olivier, Michael (2005). "El ensayo Invader® para la genotipificación de SNP". Investigación sobre mutaciones/Mecanismos fundamentales y moleculares de la mutagénesis . 573 (1–2): 103–10. doi :10.1016/j.mrfmmm.2004.08.016. PMC 2771639. PMID 15829241 .

Enlaces externos

Enlace externo Endonucleasas de colgajo, exonucleasas 5'-3' y nucleasas 5'

[1] Sayers, Jon R. (1994). "Identificación asistida por computadora de un posible gen de exonucleasa 5'-3' codificado por Escherichia coli". Revista de biología teórica . 170 (4): 415–21. doi :10.1006/jtbi.1994.1202. PMID 7996866.

[2] Liu, Yuan; Kao, Hui-I; Bambara, Robert A. (2004). "FLAP ENDONUCLEASE 1: Un componente central del metabolismo del ADN". Revisión anual de bioquímica . 73 : 589–615. doi :10.1146/annurev.biochem.73.012803.092453. PMID 15189154.

[3] Ceska, T; Sayers, JR (1998). "Escisión de ADN específica de la estructura por nucleasas 5'". Tendencias en ciencias bioquímicas . 23 (9): 331–6. doi :10.1016/S0968-0004(98)01259-6. PMID 9787638.

[4] Lyamichev, Victor; Brow, Mary Ann D.; Dahlberg, James E. (1993). "Escisión endonucleolítica de ácidos nucleicos con estructura específica por polimerasas de ADN eubacterianas". Science . 260 (5109): 778–783. Bibcode :1993Sci...260..778L. doi :10.1126/science.7683443. PMID 7683443.

[5] Harrington, John J.; Lieber, Michael R. (1994). "La caracterización de una endonucleasa específica de la estructura del ADN de mamíferos". The EMBO Journal . 13 (5): 1235–46. doi :10.1002/j.1460-2075.1994.tb06373.x. PMC 394933 . PMID 8131753.

[6] Kaiser, Michael W.; Lyamicheva, N.; Ma, W.; Miller, C.; Neri, B.; Fors, L.; Lyamichev, V. (1999). "Una comparación de 5′-exonucleasas específicas de estructura de eubacterias y arqueas". Journal of Biological Chemistry . 274 (30): 21387–21394. doi : 10.1074/jbc.274.30.21387 . PMID 10409700.

[7] Ceska, TA; Sayers, JR; Stier, G.; Suck, D. (1996). "Un arco helicoidal que permite que el ADN monocatenario pase a través de la exonucleasa 5' T5". Nature . 382 (6586): 90–3. Bibcode :1996Natur.382...90C. doi :10.1038/382090a0. PMID 8657312. S2CID 11159640.

[8] "Principios Taqman". Archivado desde el original el 9 de diciembre de 2006. Consultado el 27 de diciembre de 2006 .^{[ Se necesita cita completa ]}

[9] Lyamichev, V.; Mast, AL; Hall, JG; Prudent, JR; Kaiser, MW; Takova, T.; Kwiatkowski, R.; Sander, T.; deArruda, M.; Arco, D.; Neri, BP; Brow, MA (1999). "Identificación de polimorfismos y detección cuantitativa de ADN genómico mediante escisión invasiva de sondas de oligonucleótidos". Nature Biotechnology . 17 (3): 292–296. doi :10.1038/7044. PMID 10096299. S2CID 37888925.

[10] Olivier, Michael (2005). "El ensayo Invader® para la genotipificación de SNP". Investigación sobre mutaciones/Mecanismos fundamentales y moleculares de la mutagénesis . 573 (1–2): 103–10. doi :10.1016/j.mrfmmm.2004.08.016. PMC 2771639. PMID 15829241 .