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Base de datos del genoma humano GDB

La base de datos del genoma humano GDB era una colección de datos genómicos humanos gestionada por la comunidad . Fue una base de datos clave en el Proyecto Genoma Humano [ 1 ] ...

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La base de datos del genoma humano GDB era una colección de datos genómicos humanos gestionada por la comunidad . Fue una base de datos clave en el Proyecto Genoma Humano [ 1 ] [ 2 ] y estuvo en funcionamiento desde 1989 hasta 2008.

Historia

En 1989, el Instituto Médico Howard Hughes proporcionó fondos para establecer un repositorio central de datos de mapeo genético humano . Este proyecto culminó con la creación de la Base de Datos del Genoma Humano (GDB) en septiembre de 1990. [ 3 ] [ 4 ] Para garantizar un alto grado de calidad, los registros dentro de la GDB fueron sometidos a un proceso de curación por especialistas en genética humana, incluido el Comité de Nomenclatura de Genes HUGO . [ 5 ]

Establecido bajo el liderazgo de Peter Pearson y Dick Lucier, [ 6 ] GDB recibió apoyo financiero del Departamento de Energía de los Estados Unidos y de los Institutos Nacionales de Salud . [ 3 ] Ubicado en la Facultad de Medicina de la Universidad Johns Hopkins , GDB se convirtió en una fuente de datos cartográficos de alta calidad, disponibles tanto en línea como a través de numerosas publicaciones impresas. El proyecto recibió apoyo internacional de la UE, Japón y otros países.

La GDB tuvo varios directores a lo largo de su historia: Peter Pearson, David T. Kingsbury, Stantley Letovsky, Peter Li y A. Jamie Cuticchia .

Los fondos del Departamento de Energía de los Estados Unidos que se habían asignado previamente a GDB se transfirieron en 1998 debido al cambio de enfoque en el proyecto del genoma humano. [ 7 ] Sin embargo, ese mismo año, A. Jamie Cuticchia obtuvo financiación de fuentes públicas y privadas canadienses para continuar las operaciones de GDB. Si bien la curación de datos continuó realizándose en Johns Hopkins, las operaciones centrales de GDB se trasladaron al Hospital para Niños Enfermos (HSC) en Toronto, Ontario, Canadá. [ 8 ] En noviembre de 2001, el HSC despidió a Cuticchia debido a una disputa sobre el nombre de dominio del sitio web de GDB. [ 7 ]

En 2003, RTI International se convirtió en el nuevo anfitrión de GDB, donde continuó manteniéndose como un recurso público; [ 9 ] GDB se cerró en 2008 después de que el control del proyecto volviera a manos de Johns Hopkins. [ 10 ]

Referencias

  1. ↑ "Noticias sobre el Genoma Humano, septiembre-diciembre de 1995: 7(3-4):15" . web.ornl.gov .
  2. ↑ Guyer, MS; Collins, FS (21 de noviembre de 1995). "¿Cómo va el Proyecto Genoma Humano y qué hemos aprendido hasta ahora?" . Actas de la Academia Nacional de Ciencias . 92 (24): 10841– 10848. Bibcode : 1995PNAS...9210841G . doi : 10.1073/pnas.92.24.10841 . PMC 40527 . PMID 7479895 .  
  3. 1 2 Cuticchia, A.Jamie; Fasman, Kenneth H.; Kingsbury, David T.; Robbins, Robert J.; Pearson, Peter L. (1993). " La base de datos del genoma humano GDB™ año 1993" . Nucleic Acids Research . 21 (13): 3003– 3006. doi : 10.1093/nar/21.13.3003 . PMC 309725. PMID 8332522 .  
  4. ↑ Cuticchia, AJ (27 de diciembre de 1999). "Visión futura de la base de datos del genoma humano GDB" . Human Mutation . 15 (1): 62– 67. doi : 10.1002/(SICI)1098-1004(200001)15:1 < 62::AID - HUMU13 > 3.0.CO ; 2-R . PMID 10612824. S2CID 25606440 .  
  5. ↑ Letovsky, S. (1 de enero de 1998). "GDB: la base de datos del genoma humano" . Nucleic Acids Research . 26 (1): 94– 99. doi : 10.1093 / nar/26.1.94 . PMC 147203. PMID 9399808 .  
  6. ↑ Pearson, PL (25 de abril de 1991). "La base de datos del genoma (GDB): un repositorio de mapeo de genes humanos" . Nucleic Acids Research . 19 (supl.): 2237–2239 . doi : 10.1093/nar/19.suppl.2237 . PMC 331357. PMID 2041809 .  
  7. 1 2 Bonetta, Laura (noviembre de 2001). "Los despidos dejan la base de datos genética en una situación precaria" . Nature . 414 (6862): 384. Bibcode : 2001Natur.414..384B . doi : 10.1038/35106703 . PMID 11719765 . 
  8. ↑ "Human Genome News Vol. 10, No. 1-2, febrero de 1999" . web.ornl.gov . Consultado el 3 de septiembre de 2020 .
  9. ↑ Seewald, AK (2004). "Clasificación para anotaciones médicas: investigación del rendimiento, la búsqueda local y el reconocimiento de homonimias". Exploración del conocimiento en informática de ciencias de la vida . Notas de clase en informática. Vol. 3303. pp. 109–123 . CiteSeerX 10.1.1.117.8840 . doi : 10.1007/978-3-540-30478-4_10 . ISBN    978-3-540-23927-7.
  10. ↑ Galperin, MY; Cochrane, GR (1 de enero de 2009). "Número anual de la base de datos de Nucleic Acids Research y la colección de la base de datos de biología molecular en línea de NAR en 2009" . Nucleic Acids Research . 37 (Base de datos): D1– D4. doi : 10.1093 / nar/gkn942 . PMC 2686608. PMID 19033364 .  
  • https://web.archive.org/web/19970605132915/http://www.gdb.org/ Versión archivada del sitio web de GDB (1997)