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Articulo de referencia

ARN GcvB

El gen de ARN gcvB codifica un pequeño ARN no codificante involucrado en la regulación de varios sistemas de transporte de aminoácidos, así como genes de biosíntesis de aminoáci...

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El gen de ARN gcvB codifica un pequeño ARN no codificante involucrado en la regulación de varios sistemas de transporte de aminoácidos, así como genes de biosíntesis de aminoácidos. El gen GcvB se encuentra en bacterias entéricas como Escherichia coli . GcvB regula genes actuando como un socio de unión antisentido de los ARNm para cada gen regulado. Esta unión depende de la unión a una proteína llamada Hfq . La transcripción del ARN GcvB es activada por el gen GcvA adyacente y reprimida por el gen GcvR. [ 1 ] Una deleción del ARN GcvB de Y. pestis cambió la forma de la colonia, así como redujo el crecimiento. [ 2 ] Se ha demostrado mediante deleción génica que GcvB es un regulador de la resistencia a los ácidos en E. coli . GcvB mejora la capacidad de la bacteria para sobrevivir a un pH bajo al regular positivamente los niveles del factor sigma alternativo RpoS. [ 3 ] Recientemente se ha identificado una forma polimérica de GcvB. La interacción de GcvB con el ARN pequeño SroC desencadena la degradación de GcvB por la RNasa E , lo que elimina la represión del ARNm mediada por GcvB sobre sus genes diana. [ 4 ]

Objetivos de GcvB

Se ha demostrado que GcvB regula un gran número de genes en especies de E. coli y Salmonella. Se ha demostrado que GcvB se une a Oppa y DppA, que transportan oligopéptidos y dipéptidos respectivamente. [ 5 ] [ 6 ] También se ha demostrado que regula gltL, argT, STM, livK, livJ, brnQ, sstT y cycA, que participan en la captación de diversos aminoácidos. [ 7 ] [ 8 ] [ 9 ] El ARN de GcvB también participa en la regulación de diversos genes implicados en la biosíntesis de aminoácidos, como ilvC, gdhA, thrL y serA. [ 10 ] El ARN de GcvB se une al ARNm de PhoPQ, que codifica un sistema de dos componentes implicado en la homeostasis del magnesio . [ 11 ]

Polimerización

Hay evidencia de que E. coli GcvB puede formar polímeros. Se utilizó electroforesis en gel de poliacrilamida nativa para mostrar una banda de mayor peso molecular correspondiente a un polímero potencial. [ 12 ] Luego se utilizó microscopía electrónica de transmisión para identificar una estructura filamentosa para el polímero. Sin embargo, los autores sugieren que es poco probable que estos filamentos largos sean fisiológicamente relevantes. Se demostró que una construcción que contenía solo los primeros 61 nucleótidos, incluyendo el primer bucle de tallo, era suficiente para la polimerización. Resultados similares se mostraron recientemente para el ARN DsrA . [ 13 ] Se desconoce la relevancia fisiológica de la polimerización.

Distribución de las especies

El ARN GcvB se encuentra en una variedad de bacterias, entre ellas: [ 14 ]

Referencias

  1. ↑ Urbanowski, ML; Stauffer LT; Stauffer GV (2000). "El gen gcvB codifica un pequeño ARN no traducido involucrado en la expresión de los sistemas de transporte de dipéptidos y oligopéptidos en Escherichia coli" . Mol Microbiol . 37 (4): 856– 868. doi : 10.1046/j.1365-2958.2000.02051.x . PMID 10972807. S2CID 811119 .  
  2. 1 2 McArthur SD, Pulvermacher SC, Stauffer GV (2006). "El gen gcvB de Yersinia pestis codifica dos pequeñas moléculas de ARN reguladoras" . BMC Microbiol . 6 52. doi : 10.1186/1471-2180-6-52 . PMC 1557403. PMID 16768793 .  
  3. ↑ Jin Y, Watt RM, Danchin A, Huang JD (2009). "El ARN pequeño no codificante GcvB es un nuevo regulador de la resistencia a los ácidos en Escherichia coli" . BMC Genomics . 10 165. doi : 10.1186/1471-2164-10-165 . PMC 2676305. PMID 19379489 .  
  4. ↑ Miyakoshi, Masatoshi; Chao, Yanjie; Vogel, Jörg (2015-06-03). "Interacción entre los ARNm transportadores ABC a través de una esponja derivada del ARNm diana del ARN pequeño GcvB" . The EMBO Journal . 34 (11): 1478– 1492. doi : 10.15252/embj.201490546 . ISSN 1460-2075 . PMC 4474525. PMID 25630703 .   
  5. ↑ Urbanowski ML, Stauffer LT, Stauffer GV (agosto de 2000). "El gen gcvB codifica un pequeño ARN no traducido involucrado en la expresión de los sistemas de transporte de dipéptidos y oligopéptidos en Escherichia coli" . Mol. Microbiol . 37 (4 ) : 856–868 . doi : 10.1046/j.1365-2958.2000.02051.x . PMID 10972807. S2CID 811119 .  
  6. ↑ Pulvermacher SC, Stauffer LT, Stauffer GV (enero de 2009). "Función de la proteína Hfq de Escherichia coli en la regulación de los ARNm de oppA y dppA por GcvB" . Microbiology . 155 (Pt 1): 115–123 . doi : 10.1099/mic.0.023432-0 . PMID 19118352 . 
  7. ↑ Sharma CM, Darfeuille F, Plantinga TH, Vogel J (noviembre de 2007). "Un ARN pequeño regula múltiples ARNm transportadores ABC al dirigirse a elementos ricos en C/A dentro y aguas arriba de los sitios de unión al ribosoma" . Genes Dev . 21 (21): 2804– 2817. doi : 10.1101/gad.447207 . PMC 2045133. PMID 17974919 .  
  8. ↑ Pulvermacher SC, Stauffer LT, Stauffer GV (enero de 2009). "El ARN pequeño GcvB regula la expresión del ARNm sstT en Escherichia coli" . J. Bacteriol . 191 (1): 238–248 . doi : 10.1128/JB.00915-08 . PMC 2612445. PMID 18952787 .  
  9. ↑ Pulvermacher SC, Stauffer LT, Stauffer GV (enero de 2009). "Función del sRNA GcvB en la regulación de cycA en Escherichia coli" . Microbiology . 155 (Pt 1): 106–114 . doi : 10.1099/mic.0.023598-0 . PMID 19118351 . 
  10. ↑ Vogel J (enero de 2009). "Una guía aproximada del mundo del ARN no codificante de Salmonella". Mol. Microbiol . 71 (1): 1– 11. doi : 10.1111/j.1365-2958.2008.06505.x . hdl : 11858 / 00-001M-0000-000E-C124-A . PMID 19007416. S2CID 205366563 .  
  11. ↑ Coornaert, A; Chiaruttini, C; Springer, M; Guillier, M (enero de 2013). "El control postranscripcional del sistema de dos componentes PhoQ-PhoP de Escherichia coli mediante múltiples sRNAs implica una nueva región de apareamiento de GcvB" . PLOS Genetics . 9 (1) e1003156. doi : 10.1371/journal.pgen.1003156 . PMC 3536696. PMID 23300478 .  
  12. ^ Busi F, Cayrol B, Lavelle C, LeDerout J, Piétrement O, Le Cam E, Geinguenaud F, Lacoste J, Régnier P, Arluison V (2009). "El autoensamblaje como nuevo mecanismo regulador del ARN no codificante" . Ciclo Celular . 8 (6): 952– 954. doi : 10.4161/cc.8.6.7905 . PMID 19221499 . 
  13. ↑ Cayrol B, Geinguenaud F, Lacoste J, et al. (2009). "Autoensamblaje del ARN pequeño no codificante DsrA de E. coli: características moleculares y consecuencias funcionales" . RNA Biol . 6 (4): 434– 445. doi : 10.4161/rna.6.4.8949 . PMID 19535898 .  
  14. ↑ Pulvermacher SC, Stauffer LT, Stauffer GV (abril de 2008). "El papel del pequeño ARN regulador GcvB en la regulación postranscripcional de GcvB/ARNm de oppA y dppA en Escherichia coli". FEMS Microbiol. Lett . 281 (1): 42– 50. doi : 10.1111/j.1574-6968.2008.01068.x . PMID 18312576 . 
  15. ↑ Gulliver, Emily L.; Wright, Amy; Lucas, Deanna Deveson; Mégroz, Marianne; Kleifeld, Oded; Schittenhelm, Ralf B.; Powell, David R.; Seemann, Torsten; Bulitta, Jürgen B. (mayo de 2018). "Determinación del regulón de ARN pequeño GcvB en el patógeno bacteriano Gram-negativo Pasteurella multocida e identificación de la región de unión de la semilla GcvB" . RNA . 24 ( 5): 704– 720. doi : 10.1261/rna.063248.117 . ISSN 1469-9001 . PMC 5900567. PMID 29440476 .   

Lecturas adicionales

  • Busi F, Le Derout J, Cerciat M, Régnier P, Hajnsdorf E (julio de 2010). "¿Es el supuesto sitio de interacción ARN-ARN secundario relevante para la regulación mediada por GcvB del ARNm de oppA en Escherichia coli?". Bioquimia . 92 (10): 1458–1461 . doi : 10.1016/j.biochi.2010.06.020 . PMID 20603180 . 
  • Stauffer LT, Stauffer GV (enero de 2005). "GcvA interactúa con las subunidades alfa y sigma de la ARN polimerasa para activar el gen gcvB de Escherichia coli y el operón gcvTHP" . FEMS Microbiol. Lett . 242 (2): 333–338 . doi : 10.1016/j.femsle.2004.11.027 . PMID 15621456 . 
  • Yang, Q; Figueroa-Bossi, N; Bossi, L (enero de 2014). "Motivos ACA que mejoran la traducción y su silenciamiento por un ARN regulador pequeño bacteriano" . PLOS Genetics . 10 (1) e1004026. doi : 10.1371/journal.pgen.1004026 . PMC 3879156. PMID 24391513 .  
  • Página para el ARN de GcvB en Rfam