GenMAPP

GenMAPP (Gene Map Annotator and Pathway Profiler) es una herramienta de software bioinformático gratuita y de código abierto diseñada para visualizar y analizar datos genómicos en el contexto de vías metabólicas ( metabólicas , de señalización ), conectando conjuntos de datos a nivel genético con procesos biológicos y enfermedades. ^{[ 1 ]} Creado por primera vez en 2000, GenMAPP es desarrollado por un equipo de código abierto con sede en un laboratorio de investigación académica. GenMAPP mantiene bases de datos de identificadores de genes y colecciones de mapas de vías metabólicas, además de herramientas de visualización y análisis. Junto con otros recursos públicos, GenMAPP tiene como objetivo proporcionar a la comunidad investigadora herramientas para obtener información sobre biología mediante la integración de tipos de datos que van desde genes y proteínas hasta vías metabólicas y enfermedades.

GenMAPP se creó en el año 2000 como un prototipo de software en el laboratorio de Bruce Conklin en los Institutos J. David Gladstone de San Francisco , y continúa desarrollándose en el mismo entorno de investigación académica sin fines de lucro. La primera versión de GenMAPP 1.0 se lanzó en 2002, permitiendo el análisis de datos de microarrays de ADN de humanos , ratones , ratas y levaduras . En 2004, se lanzó GenMAPP 2.0, que combinaba los programas complementarios MAPPFinder y MAPPBuilder, y ampliaba la compatibilidad a otras especies. GenMAPP 2.1 se lanzó en 2006 con nuevas funciones de visualización y compatibilidad con un total de once especies.

GenMAPP fue desarrollado por biólogos y se centra en la visualización de rutas metabólicas para biólogos de laboratorio. A diferencia de muchas otras herramientas de biología de sistemas computacionales , GenMAPP no está diseñado para el modelado celular o de sistemas; se enfoca en las necesidades inmediatas de los biólogos de laboratorio, permitiéndoles interpretar rápidamente datos genómicos con una interfaz intuitiva y fácil de usar. GenMAPP está implementado en Visual Basic 6.0 y está disponible como aplicación independiente para sistemas operativos Microsoft Windows , incluyendo Boot Camp o Parallels Workstation en Mac.

GenMAPP crea y mantiene bases de datos genéticas para una variedad de organismos modelo clave :

• humano - Homo sapiens
• ratón - Mus musculus
• rata - Rattus norvegicus
• levadura - Saccharomyces cerevisiae
• pez cebra - Danio rerio
• gusano - Caenorhabditis elegans
• mosca de la fruta - Drosophila melanogaster
• perro - Canis familiaris
• vaca - Bos taurus
• mosquito - Anopheles gambiae
• E. coli - Escherichia coli

GenMAPP proporciona herramientas para crear, editar y anotar mapas de rutas biológicas.

GenMAPP permite a los usuarios visualizar y analizar sus datos en el contexto de colecciones de vías metabólicas y la Ontología Génica .

• Rutas Wiki
• Cytoscape
• Ensembl
• KEGG
• Netpath
• Reactome
• Ontología genética

• Sitio web oficial
• GenMAPP – Enlaces de datos archivados el 10/10/2006 en Wayback Machine
• Cytoscape
• PathVisio archivado el 6 de marzo de 2016 en Wayback Machine.
• Rutas Wiki
• GenMAPP en SourceForge