Investigador genético

Genevestigator es una aplicación que consta de una base de datos de expresión génica y herramientas para analizar los datos. Existen dos versiones, biomédica y vegetal, según la especie de los datos de microarrays y secuenciación de ARN (RNAseq) y de secuenciación de ARN de célula única . Fue desarrollada en enero de 2004 por científicos de la ETH Zúrich y actualmente es desarrollada y comercializada por Nebion AG.

Investigadores y científicos del ámbito académico y de la industria lo utilizan para identificar, caracterizar y validar nuevas dianas farmacológicas y biomarcadores, identificar modelos de investigación adecuados y, en general, para comprender cómo cambia la expresión genética con diferentes tratamientos.

La base de datos Genevestigator comprende datos transcriptómicos de numerosos repositorios públicos, como GEO , Array Express y proyectos de investigación oncológica de renombre como TCGA . Según el acuerdo de licencia, también puede contener datos de estudios privados de expresión génica. Todos los datos se seleccionan manualmente, se someten a un control de calidad y se enriquecen con descripciones de muestras y experimentos extraídas de las publicaciones científicas correspondientes.

El número de especies de las que se obtienen las muestras aumenta constantemente. Actualmente, la versión biomédica contiene datos de humanos , ratones y ratas utilizados en investigación biomédica. Los estudios de expresión génica provienen de diversas áreas de investigación, como oncología, inmunología, neurología, dermatología y enfermedades cardiovasculares. Las muestras comprenden biopsias de tejido y líneas celulares.

La versión para plantas (ya no disponible) incluía especies modelo de uso común, como Arabidopsis y Medicago , así como cultivos importantes como maíz , arroz , trigo y soja . Tras la adquisición de Nebion AG por Immunai Inc. en julio de 2021, los datos de plantas comenzaron a eliminarse gradualmente, ya que la empresa de biotecnología priorizó su enfoque en los datos biofarmacéuticos. Desde 2023, los datos de plantas se mantienen en un servidor independiente para los usuarios que aún poseen una licencia para la versión de Genevestigator para plantas.

Más de 60 000 científicos del ámbito académico y la industria utilizan Genevestigator para sus trabajos en biología molecular , toxicogenómica , descubrimiento de biomarcadores y validación de dianas terapéuticas. La publicación científica original ha sido citada más de 3500 veces.

Las herramientas de análisis se dividen en tres conjuntos principales:

• Herramientas de BÚSQUEDA DE CONDICIONES: encuentre condiciones como un tejido, una enfermedad, un tratamiento o un trasfondo genético que regulen el/los gen(es) de interés.
• Herramientas de BÚSQUEDA DE GENES: encuentre genes que se expresan específicamente en la(s) condición(es) de interés.
• Herramientas de BÚSQUEDA DE SIMILITUD: encuentra genes o condiciones que muestran un patrón de expresión genética similar.

• expresión génica espaciotemporal

• Prasad A, Suresh Kumar S, Dessimoz C, Bleuler S, Laule O, Hruz T, Gruissem W y P Zimmermann (2013) Arquitectura reguladora global de los transcriptomas de tejidos humanos, de ratón y de rata. BMC Genomics 2013, 14:716.
• Hruz T, Wyss M, Lucas C, Laule O, von Rohr P, Zimmermann P y S Bleuler (2013) Un algoritmo de diseño de agrupamiento gamma multinivel para la visualización de redes biológicas. Advances in Bioinformatics, vol. 2013, artículo ID 920325, 10 páginas, 2013. doi:10.1155/2013/920325.
• Hruz T, Wyss M, Docquier M, Pfaffl MW, Masanetz S, Borghi L, Verbrugge P, Kalaydjieva L, Bleuler S, Laule O, Descombes P, Gruissem W y P Zimmermann (2011) RefGenes: identificación de genes de referencia confiables y específicos de condiciones para la normalización de datos de RT-qPCR. BMC Genomics 2011, 12:156.
• Hruz T, Laule O, Szabo G, Wessendorp F, Bleuler S, Oertle L, Widmayer P, Gruissem W y P Zimmermann (2008) Genevestigator V3: una base de datos de expresión de referencia para el metaanálisis de transcriptomas. Advances in Bioinformatics 2008, 420747
• Grennan AK (2006) Genevestigator. Facilitando el análisis de la expresión génica basado en la web . Plant Physiology 141(4):1164-6
• Laule O, Hirsch-Hoffmann M, Hruz T, Gruissem W y P Zimmermann (2006) Análisis del transcriptoma del ratón mediante Genevestigator basado en la web. BMC Bioinformatics 7:311
• Zimmermann P, Hennig L y W Gruissem (2005) Análisis de la expresión génica y descubrimiento de redes mediante Genevestigator. Trends in Plant Science 9 10, 407–409
• Zimmermann P, Hirsch-Hoffmann M, Hennig L y W Gruissem (2004) GENEVESTIGATOR: Base de datos y caja de herramientas de análisis de microarrays de Arabidopsis. Plant Physiology 136 1, 2621–2632
• Zimmermann P, Schildknecht B, Garcia-Hernandez M, Gruissem W, Craigon D, Mukherjee G, May S, Parkinson H, Rhee S, Wagner U y L Hennig (2006) MIAME/Plant: agregando valor a los experimentos de microarrays de plantas. Plant Methods 2, 1