Expedición mundial de muestreo oceánico

La Expedición Global de Muestreo Oceánico ( GOS , por sus siglas en inglés) es un proyecto de exploración genómica oceánica cuyo objetivo es evaluar la diversidad genética en las comunidades microbianas marinas y comprender su papel en los procesos fundamentales de la naturaleza. El viaje de dos años, realizado a bordo del yate personal de Craig Venter, partió de Halifax , Canadá, circunnavegó el globo y finalizó en Estados Unidos en enero de 2006. La expedición tomó muestras de agua desde Halifax, Nueva Escocia , hasta el Pacífico Tropical Oriental . Durante 2007, el muestreo continuó a lo largo de la costa oeste de Norteamérica.

Los conjuntos de datos GOS se enviaron tanto al NCBI ^{[ 1 ]} como a la Infraestructura Cibernética Comunitaria para la Investigación y el Análisis de Ecología Microbiana Marina Avanzada (CAMERA), un nuevo recurso en línea para metagenómica marina financiado por la Fundación Gordon y Betty Moore , desarrollado por JCVI y alojado por la División del Instituto de Telecomunicaciones y Tecnología de la Información de California (Calit2) de la UC San Diego . El conjunto de herramientas de CAMERA fue desarrollado por JCVI y refleja las herramientas utilizadas en la publicación inicial de los conjuntos de datos GOS.

El proyecto Sorcerer II ha sido financiado por:

• la Fundación Gordon y Betty Moore ( secuenciación y análisis) ^{[ 2 ]}
• Departamento de Energía de los Estados Unidos , Oficina de Ciencia (secuenciación y análisis) ^{[ 2 ]}
• El Instituto J. Craig Venter (operación de buques) ^{[ 2 ]}
• Subvención de la Fundación Moore por siete años y 24,5 millones de dólares ( CAMERA ) ^{[ 2 ]}

El Sorcerer II , un velero de 29 metros (95 pies ), completó una expedición científica de dos años alrededor del mundo en latitudes medias, recolectando muestras de microbios en agua de mar para su secuenciación genética y catalogación. Fue diseñado no solo para ser un yate de crucero mundial, sino también para soportar latitudes extremas, desde el calor y la humedad ecuatoriales hasta latitudes entre 15 y 21 grados Celsius (60 y 70 grados Fahrenheit). La construcción del Sorcerer II es ligera para un rendimiento óptimo, pero muy resistente, gracias a sus laminados de kevlar y fibra de vidrio E, la unión con epoxi y los materiales del núcleo cuidadosamente seleccionados.

La embarcación fue diseñada por German Frers y tiene una capacidad de 2.400 litros (630 galones estadounidenses ) de agua.  

La siguiente lista contiene las publicaciones oficiales del proyecto y del Instituto J. Craig Venter .

• Venter, JC ; Remington, K; Heidelberg, JF; Halpern, AL; Rusch, D; Eisen, JA; Wu, D; Paulsen, I; et  al. (2 de abril de 2004). "Secuenciación de genoma ambiental por escopeta del Mar de los Sargazos" . Science . 304 ( 5667). Nueva York, Nueva York: Asociación Estadounidense para el Avance de la Ciencia : 66–74 . Bibcode : 2004Sci...304...66V . doi : 10.1126/science.1093857 . ISSN 0193-4511 . PMID 15001713. S2CID 1454587 .   
• Yooseph, S; Sutton, G; Rusch, DB; Halpern, AL; Williamson, SJ; Remington, K; Eisen, JA; Heidelberg, KB; et  al. (13 de marzo de 2007). "La expedición de muestreo oceánico global Sorcerer II: expandiendo el universo de familias de proteínas" . PLOS Biology . 5 (3) e16. EE. UU.: Public Library of Science . doi : 10.1371/journal.pbio.0050016 . ISSN 1544-9173 . PMC 1821046. PMID 17355171 .   
• Kannan, N; Taylor, SS; Zhai, Y; Venter, JC ; Manning, G (13 de marzo de 2007). " Diversidad estructural y funcional del kinoma microbiano" . PLOS Biology . 5 (3) e17. EE. UU.: Public Library of Science . doi : 10.1371/journal.pbio.0050017 . ISSN 1544-9173 . PMC 1821047. PMID 17355172 .   
• Rusch, DB; Halpern, AL; Sutton, G; Heidelberg, KB; Williamson, S; Yooseph, S; Wu, D; Eisen, JA; et  al. (13 de marzo de 2007). "La expedición de muestreo oceánico global Sorcerer II: del Atlántico noroccidental al Pacífico tropical oriental" . PLOS Biology . 5 (3) e77. EE. UU.: Public Library of Science . doi : 10.1371/journal.pbio.0050077 . ISSN 1544-9173 . PMC 1821060. PMID 17355176 .   
• Yutin, N; Suzuki, MT; Teeling, H; Weber, M; Venter, JC ; Rusch, DB; Béjà, O (1 de junio de 2007). "Evaluación de la diversidad y biogeografía de bacterias fototróficas anoxigénicas aerobias en aguas superficiales de los océanos Atlántico y Pacífico utilizando los metagenomas de la expedición Global Ocean Sampling" (PDF) . Environmental Microbiology . 9 (6). Inglaterra: Blackwell Science : 1464–75 . Bibcode : 2007EnvMi...9.1464Y . doi : 10.1111/j.1462-2920.2007.01265.x . ISSN 1462-2912 . PMID 17504484 .  
• Sharon, I; Tzahor, S; Williamson, S; Shmoish, M; Man-Aharonovich, D; Rusch, DB; Yooseph, S; Zeidner, G; et  al. (1 de octubre de 2007). "Genes y transcripciones del centro de reacción fotosintética viral en el medio marino" . The ISME Journal . 1 (6). Inglaterra: Nature Publishing Group : 492–501 . Bibcode : 2007ISMEJ...1..492S . doi : 10.1038/ismej.2007.67 . ISSN 1751-7362 . PMID 18043651 .  
• Williamson, SJ; Rusch, DB; Yooseph, S; Halpern, AL; Heidelberg, KB; Glass, JI; Andrews-Pfannkoch, C; Fadrosh, D; et  al. (23 de enero de 2008). Hall, Neil (ed.). "La expedición de muestreo oceánico global Sorcerer II: caracterización metagenómica de virus en muestras microbianas acuáticas" . PLoS ONE . 3 (1) e1456. EE. UU.: Public Library of Science . Bibcode : 2008PLoSO...3.1456W . doi : 10.1371/journal.pone.0001456 . ISSN 1932-6203 . PMC 2186209. PMID 18213365 .   
• Shaw, AK; Halpern, AL; Beeson, K; Tran, B; Venter, JC ; Martiny, JBH (10 de septiembre de 2008). "Todo es relativo: clasificación de la diversidad de las comunidades bacterianas acuáticas". Environmental Microbiology . 10 (9). Inglaterra: Blackwell Science : 2200–10 . Bibcode : 2008EnvMi..10.2200S . doi : 10.1111/j.1462-2920.2008.01626.x . ISSN 1462-2912 . PMID 18637951 .  

• Forma del relieve
• Microorganismos
• Metagenómica

• Sitio web oficial
• Blog oficial de la etapa 2009-10
• Una gran fotografía de Venter en la popa del Sorcerer II.
• Datos GOS de la CÁMARA