Gracilibacteria

Gracilibacteria es un filo bacteriano candidato anteriormente conocido como GN02, BD1-5 o SN-2. Forma parte de la Radiación de Filos Candidatos y del grupo Patescibacteria.

El primer representante del filo Gracilibacteria fue reportado en 1999 tras ser recuperado de una muestra de sedimento de aguas profundas. La secuencia de ARNr 16S representativa se denominó "BD1-5" (muestra BD1, secuencia 5) y, si bien se observó que presentaba una baja identidad de secuencia con cualquier gen de ARNr 16S conocido, no se propuso como un nuevo filo en ese momento. ^{[ 1 ]} En 2006, se recuperaron representantes de Gracilibacteria de una estera microbiana hipersalina de Guerrero Negro, Baja California Sur, México, y se propuso como un nuevo filo "GN02". ^{[ 2 ]} El nombre "Gracilibacteria" se propuso para el linaje BD1-5/GN02 en 2013, basándose en una expansión sustancial de la representación genómica de este filo. ^{[ 3 ]}^{[ 4 ]}

El primer genoma de Gracilibacteria se recuperó de un acuífero enmendado con acetato (Rifle, CO, EE. UU.) utilizando técnicas metagenómicas independientes del cultivo y con resolución genómica en 2012. ^{[ 5 ]} Los análisis genómicos sugieren que los miembros del filo Gracilibacteria tienen metabolismos limitados y probablemente sean simbiontes o endosimbiontes . ^{[ 3 ]} Los miembros de Gracilibacteria utilizan un código genético alternativo en el que UGA codifica el aminoácido glicina en lugar de un codón de parada . ^[⁶^]

Filogenia

Taxonomía

La taxonomía actualmente aceptada se basa en la Lista de nombres procariotas con estatus en la nomenclatura (LPSN) ^{[ 10 ]} y el Centro Nacional de Información Biotecnológica (NCBI). ^{[ 11 ]}

Clado " Gracilibacteria "

Clase " Vampirococcia " Pallen, Rodriguez-R & Alikhan 2022 (SR1; JAEDAM01)
- Orden " Absconditibacterales " Yakimov et al. Corrección 2022. Kostovski, Oren y Göker 2025
  - Familia "Absconditicoccaceae" Yakimov et al. 2022
    - ?Género " Candidatus Strigamonas " Bouderka et al. 2024
      - Especie " Ca. S. methylophilicida" Bouderka et al. 2024
    - Género " Candidatus Absconditicoccus " Yakimov et al. 2022
      - Especie " Ca. A. praedator" Yakimov et al. 2022
    - Género " Candidatus Vampirococcus " Guerrero et al. 1986 no Kizina 2017
      - Especie " Ca. V. lugosii" Moreira et al. 2021
- Pedido BD1-5
  - Familia UBA6164
    - Género " Candidatus' Altimarinus " Rinke et al. 2013
      - Especie " Ca." A. pacificus" Rinke et al. 2013
Clase " Gracilibacteriia " Yakimov et al. 2022
- Orden " Peribacterales " Anantharaman et al. 2016
  - Familia "Peribacteraceae" Anantharaman et al. 2016
    - Género " Candidatus Peribacter " Anantharaman et al. 2016
      - Especie " Ca. P. riflensis" Anantharaman et al. 2016

Referencias

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[:0-3] 1 2 Sieber, Christian MK; Paul, Blair G.; Castelle, Cindy J.; Hu, Ping; Tringe, Susannah G.; Valentine, David L.; Andersen, Gary L.; Banfield, Jillian F. (2019-11-12). "Metabolismo inusual e hipervariación en el genoma de una Gracilibacterium (BD1-5) de una comunidad degradadora de petróleo" . mBio . 10 ( 6). doi : 10.1128/mbio.02128-19 . ISSN 2150-7511 . PMC 6851277. PMID 31719174 .

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[6] Hanke, Anna; Hamann, Emmo; Sharma, Ritin; Geelhoed, Jeanine S.; Hargesheimer, Theresa; Kraft, Beate; Meyer, Volker; Lenk, Sabine; Osmers, Harald; Wu, Rong; Makinwa, Kofi (2014-05-16). "Recodificación del codón de parada UGA a glicina por una bacteria BD1-5/SN-2 y partición de nicho entre alfa- y gammaproteobacterias en una comunidad microbiana de sedimentos mareales seleccionada naturalmente en un quimiostato de laboratorio" . Frontiers in Microbiology . 5 : 231. doi : 10.3389/fmicb.2014.00231 . ISSN 1664-302X . PMC 4032931. PMID 24904545 .

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Filogenia

Taxonomía

Referencias

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