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Ensayo HELP

Para el estudio de la replicación del ADN , el ensayo HELP (ensayo HELP) [ 1 ] es una de las diversas técnicas utilizadas para determinar si el ADN ha sido metilado . Esta técni...

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Para el estudio de la replicación del ADN , el ensayo HELP (ensayo HELP) [ 1 ] es una de las diversas técnicas utilizadas para determinar si el ADN ha sido metilado . Esta técnica puede adaptarse para analizar la metilación del ADN dentro y alrededor de genes individuales , o bien, puede ampliarse para analizar la metilación en todo el genoma .

La técnica se basa en las propiedades de dos enzimas de restricción : Hpa II y Msp I. El ensayo HELP [ 1 ] compara las representaciones generadas por la digestión del genoma con Hpa II y Msp I, seguida de PCR mediada por ligación. Hpa II solo digiere los sitios 5'-C CG G-3' cuando la citosina en el dinucleótido CG central no está metilada; la representación de Hpa II está enriquecida con la fracción hipometilada del genoma. La representación de Msp I sirve como control para detectar cambios en el número de copias y dificultades en la amplificación por PCR .

Recientemente se demostró que los patrones de metilación de la citosina tienden a ser concordantes en regiones cortas (~1 kb). [ 2 ] Por lo tanto, los patrones representados por los sitios Hpa II tienden a ser representativos de otros dinucleótidos CG localmente.

El análisis de los datos HELP implica análisis de calidad y normalización. Recientemente se publicó un flujo de trabajo analítico escrito en el lenguaje de programación R para permitir el procesamiento de los datos HELP. [ 3 ]

Referencias

  1. 1 2 Khulan B, Thompson RF, Ye K, et  al. (agosto de 2006). "Perfilado comparativo de isosquizómeros de metilación de citosina: el ensayo HELP" . Genome Research . 16 (8): 1046– 55. doi : 10.1101/gr.5273806 . PMC 1524864. PMID 16809668 .  
  2. ↑ Eckhardt F, Lewin J, Cortese R, et al. (diciembre de 2006). "Perfil de metilación del ADN de los cromosomas humanos 6, 20 y 22" . Nature Genetics . 38 (12): 1378–85 . doi : 10.1038/ng1909 . PMC 3082778. PMID 17072317 .   
  3. ↑ Thompson RF, Reimers M, Khulan B, et al. (mayo de 2008). "Un flujo de trabajo analítico para representaciones genómicas utilizadas en estudios de metilación de citosina" . Bioinformatics . 24 ( 9): 1161–7 . doi : 10.1093/bioinformatics/btn096 . PMC 5061929. PMID 18353789 .   
  • El protocolo para el ensayo HELP