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Una rueda helicoidal es un tipo de gráfico o representación visual que se utiliza para ilustrar las propiedades de las hélices alfa en las proteínas .
La secuencia de aminoácidos que componen una región helicoidal de la estructura secundaria de la proteína se traza de manera rotatoria donde el ángulo de rotación entre aminoácidos consecutivos es de 100°, de modo que la representación final mira hacia abajo sobre el eje helicoidal.
Polaridad y características
El diagrama revela si los aminoácidos hidrófobos se concentran en un lado de la hélice, generalmente con aminoácidos polares o hidrófilos en el otro. Esta disposición es común en las hélices alfa dentro de las proteínas globulares , donde una cara de la hélice está orientada hacia el núcleo hidrófobo y una cara está orientada hacia la superficie expuesta al solvente . También se revelan patrones específicos característicos de los pliegues de proteínas y los motivos de acoplamiento de proteínas , como en la identificación de las regiones de dimerización de cremallera de leucina y las bobinas enrolladas . Este diagrama de proyección a menudo se denomina "rueda de Edmundson" en honor a su inventor. [1]
Dibujo de ruedas helicoidales
Las ruedas helicoidales se pueden dibujar mediante una variedad de paquetes de software, incluidos helixvis [2] en R , heliquest en R o mediante el servidor HELIQUEST. [3]
Referencias
- ^ Schiffer M, Edmundson AB (1967). "Uso de ruedas helicoidales para representar las estructuras de proteínas e identificar segmentos con potencial helicoidal". Biophysical Journal . 7 (2): 121–35. Bibcode :1967BpJ.....7..121S. doi :10.1016/S0006-3495(67)86579-2. PMC 1368002 . PMID 6048867.
- ^ Wadhwa, R; Subramanian, V; Stevens-Truss, R (2018). "Visualización de péptidos alfa-helicoidales en R con helixvis". Revista de software de código abierto . 3 (31): 1008. Bibcode :2018JOSS....3.1008W. doi : 10.21105/joss.01008 .
- ^ Gautier, R; Douguet, D; Antonny, B; Drin, G (2008). "HELIQUEST: un servidor web para examinar secuencias con propiedades alfa-helicoidales específicas". Bioinformática . 24 (18): 2101–2102. doi : 10.1093/bioinformatics/btn392 . PMID 18662927.
Lectura adicional
- Mount DM (2004). Bioinformática: análisis de secuencias y genomas (2.ª edición). Cold Spring Harbor, Nueva York: Cold Spring Harbor Laboratory Press. ISBN 0-87969-712-1.
Enlaces externos
- Ruedas menos tradicionales y más coloridas Archivado 2019-07-15 en Wayback Machine. (requiere Macromedia Flash )
- Bobina de dibujo 1.0
- Proyecciones de ruedas helicoidales, UC Riverside
- NetWheels, proyecciones de ruedas helicoidales y redes de alta calidad Archivado el 22 de febrero de 2020 en Wayback Machine
- Ruedas helicoidales de alta calidad en R