Modelo de transición hélice-bobina

Los modelos de transición hélice-bobina son técnicas formalizadas en mecánica estadística desarrolladas para describir conformaciones de polímeros lineales en solución. Los modelos se aplican generalmente, aunque no exclusivamente, a polipéptidos como una medida de la fracción relativa de la molécula en una conformación de hélice alfa frente a un giro o bobina aleatoria . El principal atractivo de investigar la formación de la hélice alfa es que se encuentran muchas de las características del plegamiento de proteínas pero en su versión más simple. ^{[ 1 ] [ 2 ]} La mayoría de los modelos hélice-bobina contienen parámetros para la probabilidad de nucleación de la hélice a partir de una región de bobina y la propagación de la hélice a lo largo de la secuencia una vez nucleada; debido a que los polipéptidos son direccionales y tienen extremos N-terminal y C-terminal distintos , los parámetros de propagación pueden diferir en cada dirección.

Los dos estados son

• Estado de hélice: caracterizado por un patrón de rotación común mantenido unido por enlaces de hidrógeno (ver hélice alfa ).
• estado de bobina: conglomerado de una secuencia de átomos ordenados aleatoriamente (ver bobina aleatoria ).

Entre los modelos de transición más comunes se encuentran el modelo de Zimm-Bragg y el modelo de Lifson-Roig , así como sus extensiones y variaciones.

Energía de la hélice de polialanina huésped en solución acuosa:

${\displaystyle \Delta G_{\text{folding}}=(m-2)\Delta H_{\alpha }-mT\Delta S}$

donde m es el número de residuos en la hélice. ^{[ 3 ]}