Articulo de referencia

Heng Li

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Heng Li es un científico chino especializado en bioinformática . Es profesor asociado en el departamento de Informática Biomédica de la Facultad de Medicina de Harvard y en el departamento de Ciencia de Datos del Instituto de Cáncer Dana-Farber . [ 3 ] [ 4 ] [ 5 ] Anteriormente fue investigador científico en el Instituto Broad en Cambridge, Massachusetts, junto con David Reich y David Altshuler . [ 6 ] El trabajo de Li ha realizado varias contribuciones importantes en el campo de la secuenciación de próxima generación .

Educación

Li se especializó en física en la Universidad de Nanjing de 1997 a 2001. [ 7 ] Recibió su doctorado del Instituto de Física Teórica de la Academia China de Ciencias en 2006. Su tesis, titulada "Construcción de la base de datos TreeFam ", fue dirigida por Wei-Mou Zheng. [ 2 ]

Investigación

Li participó en varios proyectos mientras trabajaba en el Instituto de Genómica de Beijing de 2002 a 2006. Estos incluyeron el estudio del acabado del arroz, [ 8 ] la secuenciación del gusano de seda , [ 9 ] y la variación genética en pollos. [ 10 ]

De 2006 a 2009, Li trabajó como becario postdoctoral de investigación con Richard M. Durbin en el Wellcome Trust Sanger Institute . [ 11 ] Durante este tiempo, Li hizo varias contribuciones importantes al campo de la secuenciación de próxima generación (NGS) a través del desarrollo de software como las utilidades SAMtools NGS, [ 12 ] el alineador Burrows–Wheeler (BWA), [ 13 ] MAQ, [ 14 ] TreeSoft y TreeFam. [ 15 ]

Li se unió al Broad Institute en 2009, trabajando en el laboratorio principal de la facultad de David Altshuler , [ 11 ] [ 16 ] que investiga el descubrimiento y la comprensión de las causas genéticas de las enfermedades.

A octubre de 2025, los artículos de Li sobre SAMtools [ 12 ] y BWA [ 13 ] (alineación de secuencias mediante la transformada de Burrows-Wheeler ) han sido citados más de 50 000 veces. [ 17 ]

Premios

En 2012, Li ganó el premio Benjamin Franklin [ 1 ] en bioinformática . Li se convirtió en el cuarto exmiembro del laboratorio de Richard Durbin en ganar el premio, después de Sean Eddy , Ewan Birney y Alex Bateman . [ 18 ] Li ha sido miembro de la ISCB desde 2023.

Personal

Li vive en Boston con su esposa, su hija y dos gatos. [ 6 ]

Referencias

  1. 1 2 "Heng Li de Broad gana el premio Benjamin Franklin 2012 - Bio-IT World" . Archivado del original el 1 de abril de 2012.
  2. 1 2 Li, Heng (2006). Construcción de la base de datos TreeFam (PDF) (tesis doctoral). Academia China de Ciencias.
  3. "Heng Li | Departamento de Informática Biomédica" . dbmi.hms.harvard.edu . Consultado el 30 de octubre de 2018 .
  4. "El reconocido biólogo computacional Heng Li se une al profesorado" . harvard.edu . Consultado el 30 de octubre de 2018 .
  5. "HLi Lab - Inicio" . hlilab.github.io . Consultado el 30 de octubre de 2018 .
  6. 1 2 "Página web de Heng Li" . sourceforge.net . Archivado del original el 19 de abril de 2012.
  7. https://www.linkedin.com/in/lh3lh3
  8. Yu, Jun; et al. (2005). "Los genomas de Oryza sativa: una historia de duplicaciones" . PLOS Biology . 3 (2): e38. doi : 10.1371/journal.pbio.0030038 . PMC 546038. PMID 15685292 .   
  9. Xia, Q; et al. (10 de diciembre de 2004). "Una secuencia preliminar del genoma del gusano de seda domesticado (Bombyx mori)". Science . 306 (5703): 1937– 40. Bibcode : 2004Sci...306.1937X . doi : 10.1126/science.1102210 . PMID 15591204 . S2CID 7227719 .   {{cite journal}}: |first94=tiene nombre genérico ( ayuda )
  10. Ka-Shu Wong, Gane; et al. (9 de diciembre de 2004). "Un mapa de variación genética para el pollo con 2,8 millones de polimorfismos de un solo nucleótido" . Nature . 432 (7018): 717– 722. Bibcode : 2004Natur.432..717B . doi : 10.1038/nature03156 . PMC 2263125. PMID 15592405 .   
  11. 1 2 "ResearcherID: Heng Li" . researcherid.com . Consultado el 11 de septiembre de 2014 .
  12. 1 2 Li, H. ; Handsaker, B.; Wysoker, A.; Fennell, T.; Ruan, J.; Homer, N.; Marth, G.; Abecasis, G. ; Durbin, R. ; Subgrupo de Procesamiento de Datos del Proyecto 1000 Genomas (2009). "El formato de alineación/mapeo de secuencias y SAMtools" . Bioinformática . 25 (16): 2078– 2079. doi : 10.1093/bioinformatics/btp352 . PMC 2723002 . PMID 19505943 .  {{cite journal}}: CS1 maint: nombres numéricos: lista de autores ( enlace )
  13. 1 2 Li, H. ; Durbin, R. (2009). "Alineación rápida y precisa de lecturas cortas con la transformada de Burrows-Wheeler" . Bioinformatics . 25 ( 14): 1754– 1760. doi : 10.1093/bioinformatics/btp324 . PMC 2705234. PMID 19451168 .  
  14. Li, H. ; Ruan, J.; Durbin, R. (2008). "Mapeo de lecturas cortas de secuenciación de ADN y llamada de variantes utilizando puntuaciones de calidad de mapeo" . Genome Research . 18 (11): 1851– 1858. doi : 10.1101/gr.078212.108 . PMC 2577856 . PMID 18714091 .  
  15. Li, H. ; Coghlan, A.; Ruan, J.; Coin, LJ; Hériché, JK; Osmotherly, L.; Li, R.; Liu, T.; Zhang, Z.; Bolund, L.; Wong, GK; Zheng, W.; Dehal, P.; Wang, J.; Durbin, R. (2006). "TreeFam: Una base de datos curada de árboles filogenéticos de familias de genes animales" . Nucleic Acids Research . 34 (90001): D572– D580. doi : 10.1093 / nar/gkj118 . PMC 1347480. PMID 16381935 .  
  16. "Miembros actuales del laboratorio - Laboratorio Altshuler" . broadinstitute.org . 25 de mayo de 2010. Consultado el 11 de septiembre de 2014 .
  17. "Heng Li - Citas en Google Scholar" . scholar.google.co.uk . Consultado el 16 de abril de 2015 .
  18. "Heng Li reconoce su linaje Durbin al aceptar el Premio Franklin" . bio-itworld.com . Archivado del original el 30 de marzo de 2013. Consultado el 11 de septiembre de 2014 .
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