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Articulo de referencia

Comité Internacional de Taxonomía de Virus

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El Comité Internacional de Taxonomía de Virus ( ICTV ) autoriza y organiza la clasificación taxonómica y la nomenclatura de los virus . [ 1 ] [ 2 ] [ 3 ] El ICTV desarrolla un esquema taxonómico universal para los virus y, por lo tanto, tiene los medios para describir, nombrar y clasificar adecuadamente cada taxón de virus. Los miembros del Comité Internacional de Taxonomía de Virus son considerados virólogos expertos . [ 4 ] El ICTV se formó a partir de la División de Virología de la Unión Internacional de Sociedades Microbiológicas y está gobernado por ella . [ 5 ] El trabajo detallado, como la identificación de nuevos taxones y la delimitación de los límites de especies, géneros, familias, etc., generalmente lo realizan grupos de estudio de expertos en las familias. [ 2 ]

Historia

El Comité Internacional de Nomenclatura de Virus (CIVV) se estableció en 1966, en el Congreso Internacional de Microbiología de Moscú, para estandarizar la nomenclatura de los taxones virales. [ 6 ] El CIVV publicó su primer informe en 1971. [ 6 ] Para los virus que infectan vertebrados , el primer informe incluyó 19 géneros, 2 familias y otros 24 grupos no clasificados. [ 7 ]

El ICNV pasó a llamarse Comité Internacional de Taxonomía de Virus en 1974. [ 6 ]

Estructura organizativa

La organización se divide en un comité ejecutivo, que incluye miembros y ejecutivos con cargos electos de duración determinada, así como los responsables designados directamente de siete subcomités. Cada responsable de subcomité, a su vez, designa numerosos «grupos de estudio», cada uno compuesto por un presidente y un número variable de miembros dedicados a la taxonomía de un taxón específico, como un orden o una familia. Esta estructura puede visualizarse de la siguiente manera: [ 8 ]

Comité ejecutivo
  • Presidente
  • Vicepresidente
  • Secretarias
    • Secretaria de negocios
    • Secretario de Propuestas
    • Secretaria de datos
  • Presidentes – puestos: 7 (uno por cada subcomité)
  • Miembros electos – cargos: 11
Subcomités
  • Subcomité de Virus y Retrovirus de ADN Animal – grupos de estudio: 18
  • Subcomité de virus de ARN bicatenario y monocatenario en animales: grupos de estudio: 24
  • Subcomité de virus de ARN monocatenario positivo en animales – grupos de estudio: 16
  • Subcomité de Virus Bacterianos – grupos de estudio: 20
  • Subcomité de Virus Arqueales – grupos de estudio: 11
  • Subcomité de Virus Fúngicos y de Protistas – grupos de estudio: 12
  • Subcomité de Virus Vegetales – grupos de estudio: 22

Objetivos

Los objetivos del Comité Internacional de Taxonomía de Virus son: [ 9 ] : §3

  1. Desarrollar una taxonomía de virus acordada internacionalmente.
  2. Establecer nombres acordados internacionalmente para los taxones de virus.
  3. Comunicar a los virólogos las decisiones adoptadas en relación con la clasificación y la nomenclatura de los virus mediante la celebración de reuniones y la publicación de informes.
  4. Mantener un índice oficial de nombres acordados para los taxones de virus.
  5. Estudiar los efectos del virus en la sociedad moderna y su comportamiento.

Principios de nomenclatura

Los principios esenciales de nomenclatura de virus del ICTV son: [ 10 ] : §2.1

  • Estabilidad
  • Para evitar o rechazar el uso de nombres que puedan causar error o confusión.
  • Para evitar la creación innecesaria de nombres

El sistema de clasificación universal de virus del ICTV utiliza una versión ligeramente modificada del sistema de clasificación biológica estándar . Solo reconoce los taxones orden, familia, subfamilia, género y especie. Cuando no se sabe con certeza cómo clasificar una especie en un género, pero su clasificación en una familia es clara, se clasificará como una especie no asignada de esa familia. Muchos taxones permanecen sin clasificar. También hay, en GenBank, secuencias asignadas a 3142 "especies" que no se tienen en cuenta en el informe del ICTV (debido a la forma en que funciona GenBank, sin embargo, el número real de especies propiamente dichas es probablemente significativamente menor). [ 2 ] Se espera que el número de secuencias virales no identificadas aumente a medida que la tasa de secuenciación de virus aumente drásticamente. [ 2 ] En 2017, el ICTV respaldó una propuesta para adaptar la clasificación de virus con el fin de mantenerse al día con el crecimiento de las secuencias disponibles. [ 11 ]

El ICTV ha tenido un éxito notable en lograr la estabilidad desde su creación en 1962. Por ejemplo, todos los géneros y familias reconocidos en la década de 1980 seguían en uso en 2005. [ 2 ]

Nomenclatura y cambio de taxones

Las propuestas de nuevos nombres, cambios de nombre y el establecimiento y la ubicación taxonómica de taxones son gestionadas por el comité ejecutivo del ICTV en forma de propuestas. Se consulta a todos los subcomités y grupos de estudio pertinentes del ICTV antes de tomar una decisión. [ 10 ] : §3.8,3.19

El nombre de un taxón no tiene estatus oficial hasta que haya sido aprobado por el ICTV, y los nombres solo se aceptarán si están vinculados a taxones jerárquicos aprobados. [ 10 ] : §2.4,3.7 Si no se propone un nombre adecuado para un taxón, este puede ser aprobado y el nombre puede quedar sin decidir hasta la adopción de un nombre internacional aceptable, cuando se proponga y acepte uno por el ICTV. Los nombres no deben transmitir un significado para el taxón que parezca excluir virus que legítimamente pertenecen a ese taxón, excluir miembros que algún día podrían pertenecer a ese taxón, o incluir virus que pertenecen a diferentes taxones. [ 10 ] : §3.17

No existe un principio de prioridad para la virología, por lo que un nombre de uso actual no puede ser invalidado alegando prioridad. [ 10 ] : §3.10

Reglas para los taxones

Especies

Desde 2020, [ 12 ] el Código Viral exige el uso de nombres binomiales para las nuevas especies: un género seguido de un epíteto específico. [ 10 ] : §3.21 El nombre de una especie debe proporcionar una identificación apropiadamente inequívoca de la especie. [ 10 ] : §3.22

Antes de eso, estaba vigente un sistema de nomenclatura más flexible: el nombre de una especie debía constar de la menor cantidad de palabras posible, pero no podía consistir únicamente en el nombre del huésped y la palabra «virus» . Se podían usar números, letras o combinaciones de estos como epítetos de especies cuando dichos números y letras ya se usaban ampliamente. Sin embargo, los números de serie, letras o combinaciones de estos recién designados no eran aceptables solos como epítetos de especies. Si ya existía una serie de números o letras, se podía continuar. [ 10 ]

Genera

Un género de virus es un grupo de especies relacionadas que comparten algunas propiedades significativas y que a menudo solo difieren en el rango de hospedadores y la virulencia. El nombre del género debe ser una sola palabra que termine en el sufijo -virus . La aprobación de un nuevo género debe ir acompañada de la aprobación de una especie tipo . [ 10 ] : §3.24

Subfamilias

Una subfamilia es un grupo de géneros que comparten ciertas características comunes. El taxón se utilizará únicamente cuando sea necesario para resolver un problema jerárquico complejo. El nombre de una subfamilia debe ser una sola palabra que termine en el sufijo -virinae . [ 10 ] : §3.24

Familias

Una familia es un grupo de géneros, estén o no organizados en subfamilias, que comparten ciertas características comunes entre sí. El nombre de una familia debe ser una sola palabra que termine en el sufijo -viridae . [ 10 ] : §3.24

Órdenes

Una orden es un grupo de familias que comparten ciertas características comunes. El nombre de una orden debe ser una sola palabra que termine en el sufijo -virales . [ 10 ] : §3.24

Reglas para agentes subvirales

Las reglas relativas a la clasificación de virus también se aplicarán a la clasificación de viroides . Las terminaciones formales para los taxones de viroides son la palabra viroid para especies, el sufijo -viroid para géneros, el sufijo -viroinae para subfamilias, si este taxón fuera necesario, y -viroidae para familias. [ 10 ] : §3.26 Se utiliza un sistema similar para satélites y viriformes, sustituyendo -vir- en las terminaciones taxonómicas normales por -satellit- y -viriform- . [ 10 ] : §3.26

Los retrotransposones se consideran virus en la clasificación y nomenclatura. Los priones no se clasifican como virus, sino que se les asigna una clasificación arbitraria que resulta útil para los investigadores en los campos específicos. [ 13 ]

Reglas de ortografía

  1. En el uso taxonómico formal, los nombres aceptados de órdenes, familias, subfamilias y géneros de virus se imprimen en cursiva y las primeras letras de los nombres se escriben con mayúscula. [ 14 ]
  2. Los nombres de las especies se imprimen en cursiva y la primera letra de la primera palabra se escribe con mayúscula. Las demás palabras no se escriben con mayúscula, salvo que sean nombres propios o partes de nombres propios.
  3. En el uso formal, el nombre del taxón debe preceder al término que designa la unidad taxonómica.

Clasificación de los virus descubiertos mediante metagenómica.

Reconociendo la importancia de la metagenómica viral , el ICTV reconoce que los genomas ensamblados a partir de datos metagenómicos representan virus reales y fomenta su clasificación oficial siguiendo los mismos procedimientos que los utilizados para los virus aislados y caracterizados mediante enfoques de virología clásica. [ 15 ] [ 16 ]

Informes de ICTV

El ICTV ha publicado informes de taxonomía de virus aproximadamente dos veces por década desde 1971 (enumerados a continuación - "Informes"). El noveno informe del ICTV se publicó en diciembre de 2011; [ 17 ] el contenido ahora está disponible gratuitamente a través del sitio web del ICTV. [ 18 ] A partir de 2017, el décimo informe del ICTV se publicó en línea en el sitio web del ICTV [ 19 ] [ 20 ] y es de acceso gratuito con capítulos individuales actualizados de forma continua. La taxonomía de 2018 en adelante está disponible en línea, [ 21 ] incluyendo una hoja de cálculo de Excel descargable con todas las especies reconocidas.

Base de datos ICTVdb

ICTVdb es una base de datos de especies y aislados que se concibió como complemento de la base de datos taxonómica del ICTV. El desarrollo de ICTVdb ha contado con el apoyo del ICTV desde 1991 y, en un principio, tenía como objetivo facilitar la investigación taxonómica. La base de datos clasifica los virus principalmente según sus características químicas, tipo genómico , replicación de ácidos nucleicos , enfermedades, vectores y distribución geográfica, entre otras. [ 22 ]

La base de datos fue desarrollada en la Universidad Nacional de Australia con el apoyo de la Fundación Nacional de Ciencias de EE. UU . y patrocinada por la Colección Americana de Cultivos Tipo . Utiliza el sistema DELTA (Description Language for Taxonomy ), un estándar mundial para el intercambio de datos taxonómicos, desarrollado en la Organización de Investigación Científica e Industrial de la Commonwealth de Australia (CSIRO). DELTA puede almacenar una amplia diversidad de datos y traducirlos a un lenguaje adecuado para informes tradicionales y publicaciones web. Por ejemplo, ICTVdB no contiene información de secuencias genómicas, pero puede convertir datos DELTA al formato NEXUS. [ 23 ] También puede manejar grandes cantidades de datos y es adecuada para compilar largas listas de propiedades de virus, comentarios de texto e imágenes.

ICTVdB ha crecido en concepto y capacidad hasta convertirse en un importante recurso de referencia y herramienta de investigación; en 1999 recibía más de 30.000 visitas diarias combinadas en línea desde su sitio principal en la Universidad Nacional de Australia y dos sitios espejo ubicados en el Reino Unido y Estados Unidos. [ 24 ]

En 2011, el ICTV decidió suspender el proyecto y el sitio web ICTVdb. Esta decisión se tomó tras constatarse que la taxonomía del sitio estaba desactualizada y que parte de la información era inexacta debido a problemas en la consulta y el procesamiento de la base de datos para la generación de la salida en lenguaje natural del sitio web ICTVdb. El ICTV inició conversaciones sobre la mejor manera de solucionar estos problemas, pero decidió que el plazo para las actualizaciones y la corrección de errores era demasiado largo, por lo que lo mejor era cerrar el sitio en lugar de seguir difundiendo información inexacta. [ 25 ] En agosto de 2013, la base de datos seguía suspendida. [ 3 ] Según algunas opiniones, «el ICTV también debería promover el uso de una base de datos pública que reemplace la base de datos del ICTV como repositorio de los metadatos principales de los virus individuales, y debería publicar resúmenes de los Informes del ICTV en dicha base de datos, de modo que sean de "acceso abierto"». [ 3 ] La base de datos se reactivó en 2017. [ 20 ]

Informes

  • Virus, Comité Internacional de Nomenclatura de; Wildy, Peter (1971). Clasificación y nomenclatura de los virus . 1er informe. Agotado .
  • Virus, Comité Internacional de Taxonomía de; Fenner, Frank (1976). Clasificación y nomenclatura de los virus . 2.º informe. ISBN 978-3805524186.
  • Virus, Comité Internacional de Taxonomía de; Matthews, Richard Ellis Ford; Sección de Virología, Asociación Internacional de Sociedades Microbiológicas (1979). Clasificación y nomenclatura de virus . 3er informe. ISBN 978-3805505239.
  • Ellis, Richard; Matthews, Ford, eds. (1982). Clasificación y nomenclatura de los virus . 4.º informe. Karger. pág.  199. ISBN 9783805535571.
  • Virus, Comité Internacional de Taxonomía de; Francki, RI B (1991). Clasificación y nomenclatura de los virus . 5.º informe. ISBN 978-3211822869.
  • Murphy, Frederik A (1995). Taxonomía de virus: clasificación y nomenclatura de virus . 6.º informe. ISBN 978-3211825945.
  • Comité Internacional de Taxonomía de Virus; Van Regenmortel, MH V; Fauquet, C. M; Bishop, DH L (2000). Taxonomía de virus: clasificación y nomenclatura de virus . 7.º informe. ISBN 978-0123702005.
  • Fauquet, CM, ed. (2005). Taxonomía de virus: clasificación y nomenclatura de virus . 8.º informe. Elsevier/Academic Press. ISBN 978-0080575483.
  • King, Andrew MQ; Lefkowitz, Elliot; Adams, Michael J.; et  al., eds. (2011). Taxonomía de virus: clasificación y nomenclatura de virus . 9.º informe. Elsevier/Academic Press. pág.  1338. ISBN 9780123846846.También disponible en línea. [ 18 ]
  • Décimo Informe ICTV (en línea) [ 19 ]

Véase también

Referencias

  1. ↑ King, Andrew MQ; Lefkowitz, E.; Adams, MJ; Carstens, EB (2012). Clasificación y nomenclatura de la taxonomía de virus: Noveno informe del Comité Internacional de Taxonomía de Virus . Elsevier. ISBN 978-0-12-384684-6Archivado del original el 10 de diciembre de 2017. Consultado el 13 de abril de 2017 .
  2. 1 2 3 4 5 Fauquet, CM; Fargette, D. (2005). " Comité Internacional de Taxonomía de Virus y las 3142 especies no asignadas" . Virology Journal . 2 : 64. doi : 10.1186/1743-422X-2-64 . PMC 1208960. PMID 16105179 .  
  3. 1 2 3 Gibbs, AJ (2013). "La taxonomía viral necesita una limpieza de primavera; su era de exploración ha terminado" . Virology Journal . 10 : 254. doi : 10.1186/1743-422X-10-254 . PMC 3751428. PMID 23938184 .  
  4. ↑ "Banca diversa: los orígenes de ICTVdB" . 13 de noviembre de 2005. Archivado del original el 13 de noviembre de 2005. Consultado el 6 de abril de 2018 .
  5. ↑ "Unión Internacional de Sociedades Microbiológicas (IUMS)" . Archivado del original el 30 de septiembre de 2007. Consultado el 22 de junio de 2006 .
  6. 1 2 3 Kuhn, Jens H. (2021). "Taxonomía de virus". Enciclopedia de Virología . Vol. 1. págs. 28–37 . doi : 10.1016/B978-0-12-809633-8.21231-4 . ISBN   9780128145166. PMC 7157452 . 
  7. ↑ "Historial de versiones de taxonomía | ICTV" . ictv.global . Consultado el 16 de diciembre de 2024 .
  8. ↑ "Comité Internacional de Taxonomía de Virus (ICTV)" . ictv.global . Consultado el 13 de septiembre de 2023 .
  9. ↑ "Estatutos del Comité Internacional de Taxonomía de Virus (ICTV)" . ICTV . Marzo de 2023.
  10. 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 "Código Internacional de Clasificación y Nomenclatura de Virus (ICVCN)" . ICTV . Marzo de 2021.
  11. ^ Simmonds, Peter; Adams, Mike J.; Benkő, Mária; Breitbart, Mya; Brister, J. Rodney; Carstens, Eric B.; Davison, Andrew J.; Delwart, Eric; Gorbalenya, Alexander E.; Harrach, Balázs; Casco, Roger; Rey, Andrés MQ; Koonin, Eugenio V.; Krupovic, Mart; Kuhn, Jens H. (marzo de 2017). "Taxonomía de virus en la era de la metagenómica" . Revisiones de la naturaleza Microbiología . 15 (3): 161– 168. doi : 10.1038/nrmicro.2016.177 . hdl : 1887/114573 . ISSN 1740-1526 . PMID 28134265 .  
  12. ↑ Chappell, Bill (1 de agosto de 2022). "Los críticos dicen que 'viruela del mono' es un nombre racista. Pero no va a desaparecer pronto" . NPR . Recuperado el 18 de diciembre de 2023. Y si bien el ICTV dice que un cambio en el nombre formal del virus de la viruela del mono podría ocurrir en el próximo año o dos, la revisión no sería una respuesta al brote actual. En cambio, es parte de una revisión amplia de las convenciones de nomenclatura para todas las especies de virus, incluida la viruela del mono, luego de que el ICTV adoptara cambios en 2020 para estandarizar su formato de nomenclatura.
  13. ↑ "Priones fúngicos | ICTV" . ictv.global . Consultado el 16 de diciembre de 2024 .
  14. ↑ Ali, Muhammad (2016). " Hacia una nomenclatura coherente de los virus de las plantas" . Virologica Sinica . 31 (3): 197– 198. doi : 10.1007/s12250-016-3741-5 . PMC 8193424. PMID 27052507. S2CID 10162214 .   
  15. ^ Simmonds P, Adams MJ, Benkő M, Breitbart M , Brister JR, Carstens EB, Davison AJ, Delwart E, Gorbalenya AE, Harrach B, Hull R, King AMQ, Koonin EV, Krupovic M, Kuhn JH, Lefkowitz EJ, Nibert ML, Orton R, Roossinck MJ, Sabanadzovic S, Sullivan MB, Suttle CA, Tesh RB, van der Vlugt RA, Varsani A, Zerbini FM (2017). "Declaración de consenso: taxonomía de virus en la era de la metagenómica" (PDF) . Revisiones de la naturaleza Microbiología . 15 (3): 161– 168. doi : 10.1038/nrmicro.2016.177 . PMID 28134265 . Archivado (PDF) del original el 23 de julio de 2018. Consultado el 18 de octubre de 2019 . 
  16. ↑ Adams MJ, Lefkowitz EJ, King AM, Harrach B, Harrison RL, Knowles NJ, Kropinski AM, Krupovic M, Kuhn JH, Mushegian AR, Nibert ML, Sabanadzovic S, Sanfaçon H, Siddell SG, Simmonds P, Varsani A, Zerbini FM, Orton RJ, Smith DB, Gorbalenya AE, Davison AJ (2017). "50 años del Comité Internacional de Taxonomía de Virus: progreso y perspectivas" ( PDF) . Archives of Virology . 162 (5): 1441– 1446. doi : 10.1007/s00705-016-3215-y . PMID 28078475. Archivado (PDF) del original el 23 de julio de 2018 . Consultado el 17 de septiembre de 2019 . 
  17. ↑ King, Andrew MQ; et al., eds. (2012). Taxonomía de virus : clasificación y nomenclatura de virus : noveno informe del Comité Internacional de Taxonomía de Virus . Londres: Academic Press. ISBN    978-0123846846Archivado del original el 11 de septiembre de 2014. Consultado el 9 de diciembre de 2014 .
  18. 1 2 "Taxonomía de virus: Clasificación y nomenclatura de virus; Noveno informe del ICTV (2011)" . Comité Internacional de Taxonomía de Virus (ICTV) . Archivado del original el 2 de abril de 2019. Recuperado el 18 de octubre de 2019 .– no incluye el contenido de la parte III (contiene el estatuto y el Código de la ICTV)
  19. 1 2 "Taxonomía de virus: Clasificación y nomenclatura de virus; Décimo informe del ICTV" . Comité Internacional de Taxonomía de Virus (ICTV) . Archivado del original el 1 de julio de 2019. Consultado el 18 de octubre de 2019 .
  20. 1 2 Lefkowitz, EJ; Dempsey, DM; Hendrickson, RC; Orton, RJ; Siddell, SG; Smith, DB (4 de enero de 2018). "Taxonomía de virus: la base de datos del Comité Internacional de Taxonomía de Virus (ICTV)" . Nucleic Acids Research . 46 (D1): D708– D717. doi : 10.1093/nar/gkx932 . PMC 5753373. PMID 29040670 .  
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  23. ↑ Maddison DR, Swofford DL, Maddison WP (diciembre de 1997). "NEXUS: un formato de archivo extensible para información sistemática" . Syst . Biol . 46 (4): 590– 621. doi : 10.1093/sysbio/46.4.590 . PMID 11975335. S2CID 30267491 .  
  24. ↑ "Banca diversa: los orígenes de ICTVdB" . 13 de noviembre de 2005. Archivado del original el 13 de noviembre de 2005. Consultado el 18 de octubre de 2019 .
  25. ↑ Gibbs, Adrian J (agosto de 2013). "La taxonomía viral necesita una limpieza de primavera; su era de exploración ha terminado" . Virology Journal . 10 (1): 254. doi : 10.1186/1743-422X-10-254 . ISSN 1743-422X . PMC 3751428. PMID 23938184 .   
  • Sitio web oficial
  • "Historia del ICTVdB" (PDF) . Archivado del original (PDF) el 7 de septiembre de 2006. Consultado el 22 de junio de 2006 .
  • Centro de Recursos de Bioinformática Viral
  • Gibbs, Adrian J (9 de agosto de 2013). " La taxonomía viral necesita una limpieza a fondo; su era de exploración ha terminado" . Virology Journal . 10 : 254. doi : 10.1186/1743-422X-10-254 . PMC 3751428. PMID 23938184. Resumen : El Comité Internacional de Taxonomía de Virus ha modificado recientemente su definición aprobada de especie viral y también ha interrumpido el trabajo en su base de datos de descripción de virus.  
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