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IGSF6

IGSF6 es una proteína que en humanos está codificada por el gen IGSF6 . [ 5 ] [ 6 ] Modelo IGSF6 predicho por Phyre, visualizado con iCN3D. Descripción general En humanos, el ge...

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IGSF6 es una proteína que en humanos está codificada por el gen IGSF6 . [ 5 ] [ 6 ]

Modelo IGSF6 predicho por Phyre, visualizado con iCN3D.

Descripción general

En humanos, el gen del miembro 6 de la superfamilia de inmunoglobulinas (IGSF6), también conocido como DORA, codifica la proteína CD8 IGSF6 (24 kDa) con ortólogos en mamíferos , aves , reptiles y peces óseos . [ 7 ] IGSF6 se localiza en la cadena complementaria del cromosoma 16 (16p12.2), abarcando 13059 pares de bases, y se encuentra completamente dentro de un intrón del gen METTL9. [ 8 ] Se predice que IGSF6 es un componente integral de la membrana plasmática y contribuye a la respuesta inmune . [ 9 ] También se predice que participa en la señalización de receptores de superficie celular y permite la actividad de receptores de señalización transmembrana. El gen IGSF6 se localizó en un locus asociado con la enfermedad inflamatoria intestinal (EII). Sin embargo, no se encontró asociación entre los polimorfismos de un solo nucleótido (SNP) y la EII en pacientes con la enfermedad. [ 10 ]

Gene

Un alias común para IGSF6 es regulado negativamente por activación ( DORA ). Su localización citogenética se encuentra en el cromosoma 16 (16p12.2). IGSF6 tiene un total de 6 exones . [ 11 ] La extensión del gen es de 13059 pares de bases. [ 12 ]

Proteínas

El punto isoeléctrico (pI) teórico y el peso molecular (pm) de la proteína IGSF6 son 8,9 y 27 kDa, respectivamente, antes de cualquier modificación. El pI de la proteína no es constante, ya que la mitad N-terminal tiene un pI menor que la mitad C-terminal . IGSF6 es neutra a 8,93 y sería negativa alrededor de 7. [ 13 ]

Se utilizó Eukaryotic Linear Motif (ELM) para encontrar motivos proteicos . La lista proporcionada por ELM se obtuvo tras filtrar por dominio globular, estructura y contexto. Los cuatro motivos mostrados están organizados por probabilidad y se conservan en ortólogos de mamíferos . [ 14 ]

Motivos de unión de ELM para IGSF6.

Estructura

Se predice que la estructura secundaria de IGSF6 tiene regiones de bucles, hebras y hélices alfa. [ 15 ] Las regiones de hélice más pronunciadas se encuentran en los aminoácidos 149-178 y 197-218. [ 16 ] [ 17 ] [ 18 ] [ 19 ]

I-TASSER predijo la estructura tridimensional de IGSF6.

IGSF6 contiene un dominio transmembrana desde los aminoácidos 154 al 176. [ 20 ] Los enlaces disulfuro predichos se encontraron usando DiANNA. [ 21 ]

Patrones de enlaces disulfuro predichos por DiANNA.

Regulación a nivel genético

Patrón de expresión

IGSF6 se expresa en gran medida en los glóbulos blancos y los órganos linfoides secundarios, incluidos los ganglios linfáticos y el bazo . [ 22 ] La abundancia de ARNm en 20 tejidos humanos es baja. [ 23 ] Los patrones de expresión tisular evaluados mediante microarrays mostraron una alta expresión en ganglios , monocitos y tejido mieloide . [ 24 ] La hibridación in situ mostró que la regulación de IGSF6 era baja y se expresaba de forma ubicua en el cerebro del ratón. [ 25 ] Las proteínas se localizan en el testículo y la tiroides humanos . [ 26 ]

Factores promotores y de transcripción

La región promotora y los factores de transcripción se muestran en el diagrama del promotor. Los factores de transcripción mostrados estaban altamente conservados en los ortólogos animales de IGSF6.

Diagrama del promotor IGSF6.

Regulación del nivel de proteínas

Se predice que la proteína IGSF6 se encuentra en la membrana plasmática . [ 27 ] [ 28 ] IGSF6 tiene un péptido señal de los aminoácidos 17 a 32. [ 29 ] IGSF6 tiene modificaciones postraduccionales que incluyen sitios de fosforilación y sitios de acetilación de lisina. Los sitios de fosforilación se encuentran en las posiciones de aminoácidos 3, 5, 91, 193, 198, 222 y 236, y estos sitios son importantes en la función enzimática. [ 30 ] Los sitios de acetilación de lisina se encuentran en los aminoácidos 187, 195, 196, 213 y 224, y son importantes en la expresión génica, las interacciones proteína-proteína y el procesamiento y degradación de proteínas. [ 31 ] [ 32 ] IGSF6 tiene un sitio de SUMOilación en el aminoácido 190. [ 33 ]

Homología y evolución

Parálogos

El único parálogo de IGSF6 es el receptor de células T beta variable 28 (TCRBV28). [ 34 ] Las aves son el organismo más distante en el que se encuentra TRBV28, por lo que la duplicación del gen para crear el parálogo ocurrió hace unos 320 millones de años. [ 35 ] TRBV28 es un gen de rápida evolución, ya que evoluciona de manera similar al fibrinógeno alfa .

Tabla de paralogos IGSF6.

Ortólogos

Los ortólogos de IGSF6 se encontraron a través de la proteína NCBI y se ordenaron por fecha mediana de divergencia e identidad de secuencia con la proteína humana. [ 36 ] La proteína IGSF6 se encuentra solo en vertebrados, siendo la proteína IGSF6 de H. sapiens la más distantemente relacionada con la proteína IGSF6 de los peces. La proteína IGSF6 humana está más estrechamente relacionada con la proteína IGSF6 de otros mamíferos. Las proteínas de aves , reptiles , anfibios y peces tienen una similitud de secuencia promedio con la proteína humana del 52%, 50%, 50% y 45% respectivamente. [ 37 ] IGSF6 es un gen de rápida evolución porque evoluciona de manera similar al fibrinógeno alfa.

Tabla de ortólogos de IGSF6.
Gráfico de IGSF6 que muestra la tasa de evolución en comparación con otros genes y proteínas.

Proteínas que interactúan

La proteína con mayor probabilidad de interactuar con IGSF6 es la proteína 9 similar a la metiltransferasa (METTL9), ya que IGSF6 se encuentra en un intrón de METTL9. La mayoría de las proteínas con las que interactúa IGSF6 tienen funciones inmunológicas. [ 38 ]

Proteínas con las que interactúa IGSF6.

Importancia clínica

Se predice que IGSF6 participa en la respuesta inmunológica. Su alta expresión en los glóbulos blancos y los órganos linfoides secundarios respalda esta hipótesis. IGSF6 se ha asociado con diversas enfermedades y afecciones.

Enfermedad inflamatoria intestinal

El gen humano IGSF6 se localizó en un locus asociado con la enfermedad inflamatoria intestinal . Se ha investigado el IGSF6 como un posible indicador de susceptibilidad a la enfermedad inflamatoria intestinal (EII). [ 39 ] Sin embargo, no se encontró asociación entre los polimorfismos de un solo nucleótido (SNP) y la EII en pacientes con la enfermedad. [ 40 ]

Carcinoma de células escamosas de esófago

La expresión combinada de IGSF6 y otros nueve genes se relacionó significativamente con la supervivencia general y libre de enfermedad en pacientes con carcinoma de células escamosas de esófago . [ 41 ]

Esclerosis múltiple

Se encontró que IGSF6 estaba sobreexpresado en la vía de la función de las células mieloides en pacientes con esclerosis múltiple , una enfermedad desmielinizante autoinmune crónica del sistema nervioso central . [ 42 ]

Referencias

  1. 1 2 3 GRCh38: Versión 89 de Ensembl: ENSG00000140749 – Ensembl , mayo de 2017
  2. 1 2 3 GRCm38: Versión 89 de Ensembl: ENSMUSG00000035004 – Ensembl , mayo de 2017
  3. ↑ "Referencia humana de PubMed:" . Centro Nacional de Información Biotecnológica, Biblioteca Nacional de Medicina de EE. UU .
  4. ↑ "Referencia de PubMed sobre el ratón:" . Centro Nacional de Información Biotecnológica, Biblioteca Nacional de Medicina de EE . UU .
  5. ↑ Estructura predicha por Phyre de IGSF6
  6. ↑ iCN3D.
  7. ↑ NCBI (Biblioteca Nacional de Medicina).
  8. ↑ NCBI (Biblioteca Nacional de Medicina IGSF6).
  9. ↑ Entrada genética de IGSF6 en la NCBI (Biblioteca Nacional de Medicina).
  10. ↑ King, K., Moody, A., Fisher, SA, Mirza, MM, Cuthbert, AP, Hampe, J., Sutherland-Craggs, A., Sanderson, J., MacPherson, AJ, Forbes, A., Mansfield, J., Schreiber, S., Lewis, CM, & Mathew, CG (2003). Variación genética en el gen IGSF6 y falta de asociación con la enfermedad inflamatoria intestinal. European journal of immunogenetics : revista oficial de la British Society for Histocompatibility and Immunogenetics, 30(3), 187–190. https://doi.org/10.1046/j.1365-2370.2003.00387.x
  11. ↑ ARNm de IGSF6 de NCBI.
  12. ↑ Navegador del genoma UCSC IGSF6.
  13. ↑ ExPASy pI/Mw para IGSF6Archivado el 4 de junio de 2025 en Wayback Machine .
  14. ↑ Predicción ELM de la proteína IGSF6.
  15. ↑ Resultados de I-Tasser para IGSF6.
  16. ↑ Resultados de I-Tasser para IGSF6.
  17. ↑ Wei Zheng, Chengxin Zhang, Yang Li, Robin Pearce, Eric W. Bell, Yang Zhang. Plegamiento de proteínas no homólogas mediante el acoplamiento de mapas de contacto de aprendizaje profundo con simulaciones de ensamblaje I-TASSER. Cell Reports Methods, 1: 100014 (2021).
  18. ↑ Chengxin Zhang, Peter L. Freddolino y Yang Zhang. COFACTOR: predicción mejorada de la función de las proteínas mediante la combinación de información sobre estructura, secuencia e interacción proteína-proteína. Nucleic Acids Research, 45: W291-299 (2017).
  19. ↑ Jianyi Yang, Yang Zhang. Servidor I-TASSER: nuevo desarrollo para predicciones de estructura y función de proteínas, Nucleic Acids Research, 43: W174-W181, 2015.
  20. ↑ Análisis SAPS de IGSF6.
  21. ↑ DiANNA predijo enlaces disulfuro para IGSF6Archivado el 24 de julio de 2022 en Wayback Machine .
  22. ↑ Entrada del gen IGSF6 en NCBI .
  23. ↑ Entrada del gen IGSF6 en NCBI.
  24. ↑ Perfiles geográficos de IGSF6 del NCBI.
  25. ↑ Atlas cerebral de Allen.
  26. ↑ Anticuerpo IGSF6 de ThermoFischer Scientific.
  27. ↑ Predicción de IGSF6 mediante PSORT II.
  28. ↑ Predicción de DeepLoc IGSF6.
  29. ↑ NCBI (Biblioteca Nacional de Medicina).
  30. ↑ Sitios de fosforilación del GPS.
  31. ↑ Predicción de acetilación mediante GPS-Pail.
  32. ↑ Zencheck, WD, Xiao, H., & Weiss, LM (2012). Modificaciones postraduccionales de la lisina y el citoesqueleto. Ensayos en bioquímica, 52, 135–145. https://doi.org/10.1042/bse0520135
  33. ↑ Predicción de sitios de SUMOilación mediante GPS-SUMOArchivado el 10 de mayo de 2013 en Wayback Machine .
  34. ↑ NCBI Blast.
  35. ↑ Árbol temporal: Divergencia entre humanos y aves.
  36. ↑ Proteína NCBI.
  37. ↑ Alineación de la aguja de relieve.
  38. ↑ Vista de la base de datos de cadenas de las interacciones de la proteína IGSF6.
  39. ↑ Bates, EE, Kissenpfennig, A., Péronne, C., Mattei, MG, Fossiez, F., Malissen, B., & Lebecque, S. (2000). Los genes IGSF6 (DORA) de ratón y humano se localizan en el locus de la enfermedad inflamatoria intestinal 1 y están integrados en un intrón de un gen de función desconocida. Immunogenetics, 52(1-2), 112–120. https://doi.org/10.1007/s002510000259
  40. ↑ King, K., Moody, A., Fisher, SA, Mirza, MM, Cuthbert, AP, Hampe, J., Sutherland-Craggs, A., Sanderson, J., MacPherson, AJ, Forbes, A., Mansfield, J., Schreiber, S., Lewis, CM, & Mathew, CG (2003). Variación genética en el gen IGSF6 y falta de asociación con la enfermedad inflamatoria intestinal. European journal of immunogenetics : revista oficial de la British Society for Histocompatibility and Immunogenetics, 30(3), 187–190. https://doi.org/10.1046/j.1365-2370.2003.00387.x
  41. ↑ Guo, J., Liu, T., Shi, X., Mao, B., Zhang, J., Zhang, H., & Xian, L. (2020). Perfil transcripcional del microambiente inmunitario y su papel predictivo en el pronóstico del carcinoma de células escamosas de esófago. Journal of Clinical Oncology, 38(4), 416–416. https://doi.org/10.1200/jco.2020.38.4_suppl.416
  42. ↑ Ivanova, M., Voronkova, A., Sukhorukov, V., & Zakharova, M. (2021). Diferentes perfiles de expresión génica neuroinflamatoria en esclerosis múltiple altamente activa y benigna. Journal of Neuroimmunology, 358, 577650. https://doi.org/10.1016/j.jneuroim.2021.577650