Etiqueta isobárica para cuantificación relativa y absoluta

Las etiquetas isobáricas para la cuantificación relativa y absoluta ( iTRAQ ) son un método de marcaje isobárico utilizado en proteómica cuantitativa mediante espectrometría de masas en tándem para determinar la cantidad de proteínas de diferentes fuentes en un solo experimento. ^{[ 1 ] [ 2 ] [ 3 ]} Utiliza moléculas marcadas con isótopos estables que pueden unirse covalentemente al extremo N y a las aminas de la cadena lateral de las proteínas.

El método ITRAQ se basa en el marcaje covalente del extremo N-terminal y las aminas de las cadenas laterales de péptidos procedentes de digestiones de proteínas con marcadores de masa variable. Actualmente se utilizan principalmente dos reactivos: 4-plex y 8-plex, que permiten marcar todos los péptidos de diferentes muestras/tratamientos. Estas muestras se combinan y, por lo general, se fraccionan mediante cromatografía líquida y se analizan mediante espectrometría de masas en tándem (MS/MS). A continuación, se realiza una búsqueda en una base de datos utilizando los datos de fragmentación para identificar los péptidos marcados y, por consiguiente, las proteínas correspondientes. La fragmentación del marcador unido genera un ion reportero de baja masa molecular que permite cuantificar relativamente los péptidos y las proteínas de las que proceden. La cuantificación absoluta es posible mediante el uso de péptidos de referencia internos con concentraciones conocidas.

A nivel de péptidos, las señales de los iones reporteros de cada espectro MS/MS permiten calcular la abundancia relativa (proporción) del o los péptidos identificados por dicho espectro. La abundancia de los iones reporteros puede consistir en más de una señal en los datos MS/MS, y estas señales deben integrarse de alguna manera a partir del espectro de histograma.

A nivel proteico, las proporciones combinadas de los péptidos de una proteína representan la cuantificación relativa de dicha proteína.

Los espectros MS/MS se pueden analizar utilizando software disponible gratuitamente: i-Tracker ^{[ 4 ]} y jTraqX ^{[ 5 ] [ 6 ].}