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Articulo de referencia

Base de datos de investigación sobre la influenza

La Base de Datos de Investigación de la Influenza ( IRD ) [ 1 ] [ 2 ] [ 3 ] es una base de datos y un recurso de análisis integrador y completo de acceso público para buscar, an...

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La Base de Datos de Investigación de la Influenza ( IRD ) [ 1 ] [ 2 ] [ 3 ] es una base de datos y un recurso de análisis integrador y completo de acceso público para buscar, analizar, visualizar, guardar y compartir datos para la investigación del virus de la influenza. IRD es uno de los cinco Centros de Recursos Bioinformáticos (BRC) financiados por el Instituto Nacional de Alergias y Enfermedades Infecciosas (NIAID), un componente de los Institutos Nacionales de Salud (NIH), que es una agencia del Departamento de Salud y Servicios Humanos de los Estados Unidos .

Tipos de datos en IRD

  • Datos de segmentos, proteínas y cepas
  • Datos de vigilancia animal
  • Datos clínicos humanos
  • Epítopos inmunes determinados y predichos experimentalmente
  • Características de la secuencia [ 4 ]
  • Dominios y motivos proteicos predichos
  • Anotaciones de Gene Ontology
  • Puntuación de conservación de secuencia calculada
  • Clasificación de clados para secuencias HA de influenza aviar H5N1 altamente patógena
  • Estructuras proteicas 3D
  • Datos de cebadores de PCR recopilados de la literatura
  • Datos experimentales procedentes de experimentos de laboratorio y ensayos clínicos.
  • Datos de características fenotípicas recopilados de la literatura.
  • Datos serológicos
  • Datos del factor huésped

Herramientas de análisis y visualización en IRD

  • BLAST: proporciona bases de datos IRD personalizadas para identificar la(s) secuencia(s) más relacionada(s).
  • Búsqueda de péptidos cortos: permite a los usuarios encontrar secuencias de péptidos en proteínas objetivo.
  • Identificación de mutaciones puntuales: identifica proteínas de la gripe que tienen aminoácidos particulares en posiciones especificadas por el usuario.
  • Alineamiento de secuencias múltiples : permite a los usuarios alinear secuencias de segmentos/proteínas utilizando MUSCLE.
  • Visualización de alineación de secuencias: utiliza JalView para la visualización de la alineación de secuencias.
  • Construcción de árboles filogenéticos : calcula un árbol utilizando diversos algoritmos y modelos evolutivos.
  • Visualización de árboles filogenéticos: permite la visualización codificada por colores de los metadatos de las cepas en un árbol generado con uno de los diversos algoritmos y/o modelos evolutivos disponibles y visualizado con Archaeopteryx.
  • Visualización de la estructura proteica en 3D: integra archivos de estructura proteica PDB con puntuación de conservación de secuencia y características de secuencia IRD, y proporciona un visualizador interactivo de la estructura proteica en 3D mediante Jmol.
  • Análisis de tipo de variante de característica de secuencia (SFVT): [ 4 ] proporciona un repositorio centralizado de regiones funcionales y calcula automáticamente toda la variación de secuencia observada dentro de cada región definida.
  • Herramienta de análisis comparativo de secuencias basada en metadatos (Meta-CATS): un análisis estadístico comparativo automatizado para identificar posiciones que difieren significativamente entre grupos de secuencias definidos por el usuario.
  • Análisis de variación de secuencia (SNP): análisis de variación de secuencia precalculado en todas las secuencias IRD; también permite a los usuarios calcular el grado de variación de secuencia en secuencias especificadas por el usuario.
  • Cebadores/sondas de PCR: proporciona un repositorio de cebadores de uso común para la identificación del virus de la influenza y calcula los polimorfismos de todas las secuencias IRD relacionadas en las posiciones de los cebadores.
  • Diseño de cebadores de PCR: permite el diseño de cebadores de PCR para secuencias IRD y secuencias proporcionadas por el usuario.
  • Anotación de secuencia: determina el tipo de influenza, el número de segmento y el subtipo (para los segmentos 4 y 6) de la secuencia de nucleótidos proporcionada por el usuario, y traduce la secuencia de nucleótidos.
  • Clasificación de clados de HPAI H5N1: predice el clado de secuencias HA H5 altamente patógenas.
  • ReadSeq: convierte entre varios formatos de secuencia
  • Herramienta de envío de datos: permite a los usuarios enviar secuencias de influenza, características de secuencia y datos experimentales en línea.
  • Herramientas de análisis externas: muestra una lista y descripción de herramientas de terceros para análisis más especializados.
  • Entorno de trabajo personal para guardar y compartir datos y análisis.

Referencias

  1. ↑ Base de datos de investigación sobre la gripe del IRD BRC
  2. ↑ Squires, RB, Noronha, J., Hunt, V., et al. Base de datos de investigación sobre la influenza: un recurso bioinformático integrado para la investigación y vigilancia de la influenza. Influenza Other Respi Viruses. (2012) 6(6): 404–416. doi:10.1111/j.1750-2659.2011.00331.x
  3. ↑ Squires B., Macken C., Garcia-Sastre A. et al. BioHealthBase: soporte informático para la elucidación de las interacciones huésped-patógeno y la virulencia del virus de la influenza. Nucleic Acids Res. (2008) 36 (supl. 1): D497-D503. doi: 10.1093/nar/gkm905
  4. 1 2 Noronha, JM, Liu, M, Squires, RB, et al. Análisis del tipo de variante de característica de secuencia de influenza (Flu-SFVT): evidencia del papel de NS1 en la restricción del rango de hospedadores de la influenza. J Virol. (2012) 86(10): 5857-5866. doi:10.1128/JVI.06901-11
  • Sitio web oficial
  • Centros de Recursos Bioinformáticos. Página del NIAID que describe los objetivos y actividades de los BRC.