Sistema Integrado de Genomas Microbianos

El sistema Integrated Microbial Genomes (IMG) es una plataforma de exploración y anotación de genomas desarrollada por el Instituto Conjunto del Genoma (JGI) del Departamento de Energía de los Estados Unidos (DOE) . ^[²^]^[³^] IMG contiene todos los genomas microbianos, tanto borradores como completos, secuenciados por el DOE-JGI, integrados con otros genomas disponibles públicamente (incluidos Archaea, Bacteria, Eukarya, Virus y Plásmidos). IMG proporciona a los usuarios un conjunto de herramientas para el análisis comparativo de genomas microbianos en tres dimensiones: genes, genomas y funciones. Los usuarios pueden seleccionarlos y transferirlos a los carros de análisis comparativo según diversos criterios. IMG también incluye una canalización de anotación de genomas que integra información de varias herramientas, como KEGG , Pfam , InterPro y Gene Ontology , entre otras. Los usuarios también pueden escribir o cargar sus propias anotaciones genéticas (denominadas anotaciones genéticas MyIMG) y el sistema IMG les permitirá generar archivos en formato GenBank o EMBL que contengan estas anotaciones.

En versiones sucesivas, IMG se ha expandido para incluir varias herramientas específicas de dominio. El sistema Integrated Microbial Genomes with Microbiome Samples (IMG/M) es una extensión del sistema IMG que proporciona un contexto de análisis comparativo de datos metagenómicos ensamblados con los genomas de aislados disponibles públicamente. ^{[ 4 ]}^{[ 5 ]} El sistema Integrated Microbial Genomes- Expert Review (IMG/ER) proporciona soporte a científicos individuales o grupos de científicos para la anotación funcional y la curación de sus genomas microbianos de interés. ^{[ 2 ]} Los usuarios pueden enviar sus genomas anotados (o solicitar que se aplique primero la canalización de anotación automatizada de IMG) a IMG-ER y proceder con la curación manual y el análisis comparativo en el sistema, a través de un acceso seguro (protegido con contraseña). El IMG-HMP se centra en el análisis de genomas relacionados con el Proyecto Microbioma Humano (HMP) en el contexto de todos los genomas disponibles públicamente en IMG. ^{[ 6 ]} El sistema IMG-ABC es un sistema para el análisis del metabolismo secundario bacteriano y el descubrimiento de clústeres de genes biosintéticos dirigidos. ^{[ 7 ]} El sistema IMG-VR (con la versión actualizada recientemente IMG/VR v.2.0) es la base de datos pública más grande disponible para genomas y metagenomas virales. ^{[ 8 ]}^{[ 9 ]}

Véase también

Referencias

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Enlaces externos

Sitio web oficial
Página principal de IMG/M
Microbios en línea
Genomas microbianos del NCBI
Recursos microbianos integrales de TIGR
La semilla

[pmid22194640-1] Markowitz, Victor M; Chen I-Min A; Palaniappan Krishna; Chu Ken; Szeto Ernest; Grechkin Yuri; Ratner Anna; Jacob Biju; Huang Jinghua; Williams Peter; Huntemann Marcel; Anderson Iain; Mavromatis Konstantinos; Ivanova Natalia N; Kyrpides Nikos C (enero de 2012). "IMG: la base de datos integrada de genomas microbianos y el sistema de análisis comparativo" . Nucleic Acids Research . 40 (1). Inglaterra: D115-22. doi : 10.1093 / nar/gkr1044 . PMC 3245086. PMID 22194640 .

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