Kimmen Sjölander

Kimmen Sjölander (de soltera Warnow) es profesora emérita de la Universidad de California, Berkeley, en el Departamento de Bioingeniería. Es muy conocida por su trabajo en el análisis de secuencias de proteínas .

Sjölander realizó sus estudios de pregrado y posgrado en la Universidad de California, Santa Cruz, en el Departamento de Ciencias de la Computación, obteniendo una licenciatura en 1993 y un doctorado en 1997 bajo la supervisión de David Haussler . ^{[ 1 ]} Fue científica jefa en el Grupo de Aplicaciones Moleculares de 1997 a 1999 (empresa cofundada por Michael Levitt ) y luego científica principal en Informática de Proteínas en Celera Genomics de 1999 a 2001, donde fue miembro del equipo (junto con J. Craig Venter y Gene Myers ) que ensambló y anotó el Genoma Humano. ^{[ 2 ]} Se unió a la facultad de la Universidad de California, Berkeley, en el Departamento de Bioingeniería en 2001 como profesora asistente. Obtuvo la titularidad en 2006 y fue ascendida a catedrática en 2012. ^{[ 1 ]}

Sjölander recibió el premio NSF CAREER ^{[ 1 ]} y el premio Presidencial a la Trayectoria Temprana para Científicos e Ingenieros en 2003. ^{[ 3 ]}

Sjölander es reconocida principalmente por su trabajo en métodos filogenómicos para el análisis de secuencias de proteínas, incluyendo métodos de aprendizaje automático para la predicción de sitios funcionales e identificación de ortólogos, y métodos de modelos ocultos de Markov (HMM) para la predicción de la estructura de proteínas, la clasificación de subfamilias funcionales y ortólogos, la detección de homología remota, el alineamiento de secuencias múltiples y la estimación de árboles filogenéticos. Sus algoritmos se utilizaron en la anotación funcional del genoma humano en Celera Genomics , en las bases de datos y portales bioinformáticos PhyloFacts, y contribuyeron a la base de datos ModBase .

La hermana gemela de Sjölander, Tandy Warnow, es profesora de informática en la Universidad de Illinois Urbana-Champaign .

• Venter, J Craig ; et  al. (2001), "La secuencia del genoma humano", Science , 291 (5507): 1304– 1351, Bibcode : 2001Sci...291.1304V , doi : 10.1126/science.1058040 , PMID 11181995 .

• Krogh, Anders ; Brown, Michael; Mian, Saira; Sjölander, Kimmen; Haussler, David (1994), "Modelos ocultos de Markov en biología computacional: aplicaciones al modelado de proteínas", Journal of Molecular Biology , 235 (5): 1501–1531 , doi : 10.1006/jmbi.1994.1104 , PMID 8107089 .

• Sjolander, Kimmen; Karplus, Kevin ; Brown, Michael; Hughey, Richard; Krogh, Anders ; Mian, Saira; Haussler, David (1996), "Mezclas de Dirichlet: un método para mejorar la detección de homología de secuencias de proteínas débil pero significativa" , Bioinformatics , 12 (4): 327–345 , doi : 10.1093/bioinformatics/12.4.327 , PMID 8902360 .