Articulo de referencia

Base de datos de localización

LocDB [1] es una base de datos seleccionada por expertos que recopila anotaciones experimentales sobre la localización subcelular de proteínas en Homo sapiens (humanos) y Arabid...

LocDB [1] es una base de datos seleccionada por expertos que recopila anotaciones experimentales sobre la localización subcelular de proteínas en Homo sapiens (humanos) y Arabidopsis thaliana (Weed). La base de datos también contiene predicciones de localización subcelular a partir de una variedad de métodos de predicción de última generación para todas las proteínas con información experimental.

Las proteínas son los componentes funcionales fundamentales de las células. Son responsables de transformar la información genética en realidad física. Estas macromoléculas median la regulación génica, la catálisis enzimática, el metabolismo celular, la replicación del ADN y el transporte de nutrientes, el reconocimiento y la transmisión de señales. La interpretación de esta riqueza de datos para dilucidar la función de las proteínas en la era posgenómica es un desafío fundamental. Hasta la fecha, incluso en el caso de los organismos mejor estudiados, como la levadura, aproximadamente una cuarta parte de las proteínas siguen sin caracterizarse. Un obstáculo importante para determinar experimentalmente la función de las proteínas es que los estudios requieren enormes recursos. Por lo tanto, la brecha entre la cantidad de secuencias depositadas en bases de datos y la caracterización experimental de las proteínas correspondientes es cada vez mayor. La bioinformática desempeña un papel central en la reducción de esta brecha entre secuencias y funciones mediante el desarrollo de herramientas para una predicción más rápida y eficaz de la función de las proteínas. Este repositorio llena eficazmente la brecha entre las anotaciones y las predicciones experimentales y proporciona un conjunto de datos más grande y más confiable para la prueba de nuevos métodos de predicción. [1]

Véase también

Referencias

  1. ^ abc Rastogi, Shruti; Rost Burkhard (enero de 2011). "LocDB: anotaciones experimentales de localización para Homo sapiens y Arabidopsis thaliana". Nucleic Acids Res . 39 (número de la base de datos). Inglaterra: D230-4. doi :10.1093/nar/gkq927. PMC  3013784 . PMID  21071420.


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