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MADNESS ( Multiresolution Adaptive Numerical Environment for Scientific Simulation ) es un entorno de software de alto nivel para la solución de ecuaciones integrales y diferenc...

MADNESS ( Multiresolution Adaptive Numerical Environment for Scientific Simulation ) es un entorno de software de alto nivel para la solución de ecuaciones integrales y diferenciales en múltiples dimensiones utilizando métodos de análisis armónico rápido y adaptativo con precisión garantizada basada en análisis multirresolución [ 2 ] [ 3 ] y representaciones separadas. [ 4 ]

MADNESS tiene tres componentes principales. En el nivel más bajo se encuentra un entorno de programación paralela a escala peta [ 5 ] que busca aumentar la productividad del programador y el rendimiento/escalabilidad del código, manteniendo la compatibilidad con versiones anteriores de las herramientas de programación actuales, como la interfaz de paso de mensajes y los arreglos globales . Las capacidades numéricas construidas sobre las herramientas paralelas proporcionan un entorno de alto nivel para componer y resolver problemas numéricos en muchas (1-6+) dimensiones. Finalmente, construidas sobre las herramientas numéricas, hay nuevas aplicaciones con un enfoque inicial en química, [ 6 ] [ 7 ] física atómica y molecular, [ 8 ] ciencia de materiales y estructura nuclear. Es de código abierto , tiene un diseño orientado a objetos y está diseñado para ser un programa de procesamiento paralelo para computadoras con hasta millones de núcleos que ya se ejecutan en el Cray XT5 en el Laboratorio Nacional de Oak Ridge y el IBM Blue Gene en el Laboratorio Nacional de Argonne . La multiplicación de matrices pequeñas (en relación con matrices grandes, optimizadas por BLAS ) es el núcleo computacional principal en MADNESS; Por lo tanto, una implementación eficiente en CPU modernas es un esfuerzo de investigación en curso. [ 9 ] [ 10 ] Adaptar el cálculo irregular en MADNESS a plataformas heterogéneas no es trivial debido al tamaño del kernel, que es demasiado pequeño para ser descargado a través de directivas del compilador (por ejemplo, OpenACC ), pero se ha demostrado para sistemas CPU - GPU . [ 11 ] Intel ha declarado públicamente que MADNESS es uno de los códigos que se ejecutan en la arquitectura Intel MIC [ 12 ] [ 13 ] pero aún no se han publicado datos de rendimiento.

La capacidad química de MADNESS incluye la teoría de Hartree-Fock y la teoría funcional de la densidad en química [ 14 ] [ 15 ] (incluyendo derivadas analíticas, [ 16 ] propiedades de respuesta [ 17 ] y teoría funcional de la densidad dependiente del tiempo con potenciales corregidos asintóticamente [ 18 ] ) así como la teoría funcional de la densidad nuclear [ 19 ] y la teoría de Hartree-Fock - Bogoliubov . [ 20 ] [ 21 ] MADNESS y BigDFT son los dos códigos más conocidos que realizan DFT y TDDFT usando wavelets. [ 22 ] También se implementan funciones de onda de muchos cuerpos que requieren representaciones espaciales de seis dimensiones (por ejemplo, MP2 [ 23 ] ). El entorno de ejecución paralelo dentro de MADNESS se ha utilizado para implementar una amplia variedad de características, incluyendo la optimización de grafos. [ 24 ] Desde una perspectiva matemática, MADNESS enfatiza la precisión numérica rigurosa sin pérdida de rendimiento computacional. [ 25 ] Esto es útil no solo en química cuántica y física nuclear, sino también en el modelado de ecuaciones diferenciales parciales . [ 26 ]

MADNESS fue reconocido por los premios R&D 100 en 2011. [ 27 ] [ 28 ] Es un código importante para los centros de supercomputación del Departamento de Energía y es utilizado tanto por las instalaciones de computación de liderazgo en el Laboratorio Nacional Argonne [ 29 ] como en el Laboratorio Nacional Oak Ridge [ 30 ] para evaluar la estabilidad y el rendimiento de sus supercomputadoras más recientes. Tiene usuarios en todo el mundo, incluidos Estados Unidos y Japón. [ 31 ] MADNESS ha sido un código fundamental para la química computacional en el programa DOE INCITE [ 32 ] en la Instalación de Computación de Liderazgo de Oak Ridge [ 33 ] y se destaca como uno de los códigos importantes para ejecutar en la arquitectura Cray Cascade. [ 34 ]

Véase también

Referencias

  1. "Versión 0.10" . 6 de julio de 2015. Consultado el 14 de marzo de 2018 .
  2. Beylkin, Gregory; Fann, George; Harrison, Robert J.; Kurcz, Christopher; Monzón, Lucas (2012). "Representación multirresolución de operadores con condiciones de contorno en dominios simples" . Applied and Computational Harmonic Analysis . 33 (1): 109– 139. doi : 10.1016/j.acha.2011.10.001 .
  3. Fann, George; Beylkin, Gregory; Harrison, Robert J.; Jordan, Kirk E. (2004). "Operadores singulares en bases de multiwavelets". IBM Journal of Research and Development . 48 (2): 161– 171. doi : 10.1147/rd.482.0161 . S2CID 7385463 . 
  4. Beylkin, Gregory; Cramer, Robert; Fann, George; Harrison, Robert J. (2007). "Representaciones separadas multirresolución de operadores singulares y débilmente singulares" . Análisis armónico aplicado y computacional . 23 (2): 235– 253. doi : 10.1016/j.acha.2007.01.001 .
  5. Thornton, W. Scott; Vence, Nicholas; Harrison, Robert E. (2009). "Introducción al marco numérico MADNESS para computación a escala peta" (PDF) . Actas de la Conferencia del Grupo de Usuarios de Cray .
  6. Fosso-Tande, Jacob; Harrison, Robert (2013). "Modelos de solvatación implícita en una base multiwavelet de multirresolución". Chemical Physics Letters . 561–562 : 179–184 . Bibcode : 2013CPL...561..179F . doi : 10.1016/j.cplett.2013.01.065 .
  7. Fosso-Tande, Jacob; Harrison, Robert (2013). "Efectos de confinamiento de la solvatación en una molécula fisisorbida en una partícula continua polarizable". Química Computacional y Teórica . 1017 : 22–30 . doi : 10.1016/j.comptc.2013.05.006 .
  8. Vence, Nicholas; Harrison, Robert; Krstic, Predrag (2012). "Dinámica electrónica de attosegundos: un enfoque multirresolución" . Physical Review A. 85 ( 3): 0303403. Bibcode : 2012PhRvA..85c3403V . doi : 10.1103/PhysRevA.85.033403 .
  9. Stock, Kevin; Henretty, Thomas; Murugandi, I.; Sadayappan, P.; Harrison, Robert J. (2011). Generación de código SIMD basada en modelos para un núcleo tensorial multirresolución . Simposio Internacional de Procesamiento Paralelo y Distribuido IEEE 2011. págs. 1058–1067 . doi : 10.1109/IPDPS.2011.101 . ISBN  978-1-61284-372-8. S2CID 17880870 . 
  10. Shin, Jaewook; Hall, Mary W. ; Chame, Jacqueline; Chen, Chun; Hovland, Paul D. (2009). "Autotuning y especialización: Aceleración de la multiplicación de matrices para matrices pequeñas con tecnología de compiladores" (PDF) . Actas del Cuarto Taller Internacional sobre Optimización Automática del Rendimiento .
  11. Slavici, Vlad; Varier, Raghu; Cooperman, Gene; Harrison, Robert J. (septiembre de 2012). Adaptación de cálculos irregulares a grandes clústeres CPU-GPU en el marco MADNESS (PDF) . Conferencia Internacional IEEE de Computación en Clúster de 2012. págs. 1–9 . doi : 10.1109/CLUSTER.2012.42 . ISBN  978-0-7695-4807-4. S2CID 5637880 . 
  12. Reinders, James (20 de septiembre de 2012). "Soporte del coprocesador Intel Xeon Phi mediante herramientas de software" .
  13. Morgan, Timothy Prickett (16 de noviembre de 2011). "Acción del coprocesador MIC de teraflops de Intel en un hotel" . The Register .
  14. Harrison, Robert J.; Fann, George I.; Yanai, Takeshi; Gan, Zhengting; Beylkin, Gregory (2004). "Química cuántica multirresolución: teoría básica y aplicaciones iniciales" . The Journal of Chemical Physics . 121 (23): 11587– 11598. Bibcode : 2004JChPh.12111587H . doi : 10.1063/1.1791051 . PMID 15634124. Recuperado el 15 de mayo de 2019 . 
  15. Yanai, Takeshi; George I., Fann; Gan, Zhengting; Harrison, Robert J.; Beylkin, Gregory (2004). "Química cuántica multirresolución: intercambio de Hartree-Fock" . The Journal of Chemical Physics . 121 (14): 6680– 6688. Bibcode : 2004JChPh.121.6680Y . doi : 10.1063/1.1790931 . PMID 15473723. Recuperado el 15 de mayo de 2019 . 
  16. Yanai, Takeshi; George I., Fann; Gan, Zhengting; Harrison, Robert J.; Beylkin, Gregory (2004). "Química cuántica multirresolución: Derivadas analíticas para la teoría funcional de Hartree-Fock y densidad" . The Journal of Chemical Physics . 121 (7): 2866– 2876. Bibcode : 2004JChPh.121.2866Y . doi : 10.1063/1.1768161 . PMID 15291596. Recuperado el 15 de mayo de 2019 . 
  17. Sekino, Hideo; Maeda, Yasuyuki; Yanai, Takeshi; Harrison, Robert J. (2008). "Evaluación de la propiedad de respuesta de la teoría funcional de la densidad y el límite del conjunto base mediante una base multiwavelet de multirresolución" . The Journal of Chemical Physics . 129 (3): 034111– 034117. Bibcode : 2008JChPh.129c4111S . doi : 10.1063/1.2955730 . PMID 18647020. Recuperado el 15 de mayo de 2019 . 
  18. Yanai, Takeshi; Harrison, Robert J.; Handy, Nicholas C. (2005). "Química cuántica multirresolución en bases de multiwavelets: teoría funcional de la densidad dependiente del tiempo con potenciales corregidos asintóticamente en densidad local y aproximaciones de gradiente generalizado" . Molecular Physics . 103 ( 2–3 ): 413–424 . Bibcode : 2005MolPh.103..413Y . doi : 10.1080/00268970412331319236 . S2CID 96910088 . 
  19. "Funcional de densidad de energía nuclear universal de la colaboración UNEDF SciDAC" . Archivado del original el 3 de abril de 2013. Consultado el 19 de noviembre de 2012 .
  20. Pei, JC; Fann, GI; Harrison, RJ; Nazarewicz, W.; Hill, J.; Galindo, D.; Jia, J. (2012). "Solucionadores de Hartree-Fock-Bogoliubov en el espacio de coordenadas para sistemas de Fermi superfluidos en cajas grandes". Journal of Physics: Conference Series . 402 (1) 012035. arXiv : 1204.5254 . Bibcode : 2012JPhCS.402a2035P . doi : 10.1088/1742-6596/402/1/012035 . S2CID 119215739 . 
  21. Pei, JC; Stoitsov, MV; Fann, GI; Nazarewicz, W.; Schunck, N.; Xu, FR (diciembre de 2008). "Enfoque de Hartree-Fock-Bogoliubov de espacio de coordenadas deformado para núcleos débilmente ligados y grandes deformaciones". Physical Review C . 78 (6): 064306– 064317. arXiv : 0807.3036 . Bibcode : 2008PhRvC..78f4306P . doi : 10.1103/PhysRevC.78.064306 . S2CID 119281109 . 
  22. Natarajan, Bhaarathi; Genovese, Luigi; Casida, Mark E.; Deutsch, Thierry; Burchak, Olga N.; Philouze, Christian; Balakirev, Maxim Y. (2012). "Teoría funcional de la densidad dependiente del tiempo de respuesta lineal basada en ondículas". Chemical Physics . 402 : 29– 40. arXiv : 1108.3475 . Bibcode : 2012CP....402...29N . doi : 10.1016/j.chemphys.2012.03.024 . S2CID 96589229 . 
  23. Bischoff, Florian A.; Harrison, Robert J.; Valeev, Edward F. (2012). "Cálculo de funciones de onda de muchos cuerpos con precisión garantizada: La función de onda de Moller-Plesset de primer orden para el estado fundamental del átomo de helio" . The Journal of Chemical Physics . 137 (10): 104103– 104112. Bibcode : 2012JChPh.137j4103B . doi : 10.1063/1.4747538 . PMID 22979846. Recuperado el 15 de mayo de 2019 . 
  24. Sullivan, Blair D.; Weerapurage, Dinesh P.; Groer, Christopher S. (2012). Algoritmos paralelos para la optimización de grafos mediante descomposiciones de árboles (Informe técnico). doi : 10.2172/1042920 . OSTI 1042920 . 
  25. Harrison, Robert J.; Fann, George I. (2007). "VELOCIDAD y PRECISIÓN en QUÍMICA CUÁNTICA" . SciDAC Review . 1 (3): 54– 65. Archivado del original el 3 de agosto de 2012. Recuperado el 19 de noviembre de 2012 .
  26. Reuter, Matthew G.; Hill, Judith C.; Harrison, Robert J. (2012). "Resolución de EDP en geometrías irregulares con métodos de multirresolución I: Condiciones de contorno de Dirichlet embebidas" . Computer Physics Communications . 183 (1): 1– 7. Bibcode : 2012CoPhC.183....1R . doi : 10.1016/j.cpc.2011.07.001 .
  27. "Marco de trabajo gratuito para la simulación científica" . Revista R&D . 14 de agosto de 2011. Consultado el 26 de noviembre de 2012 .
  28. "MADNESS nombrada ganadora del premio R&D 100" .
  29. "Simulaciones numéricas precisas de fenómenos químicos involucrados en la producción y almacenamiento de energía con MADNESS y MPQC" .
  30. "Preparación para la aplicación en ORNL" (PDF) .
  31. "Lejos de casa: una estudiante japonesa de posgrado viaja a la Universidad de Texas para estudiar química computacional" .{{cite web}}: CS1 maint: servicio de archivado obsoleto ( enlace )
  32. "Simulaciones de química y materiales aceleran la producción y el almacenamiento de energía limpia" . 1 de junio de 2011. Archivado del original el 6 de agosto de 2011.
  33. Bland, A.; Kendall, R.; Kothe, D.; Rogers, J.; Shipman, G. (2010). "Jaguar: El ordenador más potente del mundo" (PDF) . Actas de la Conferencia del Grupo de Usuarios de Cray . Archivado del original (PDF) el 24 de diciembre de 2012.
  34. "Cray presenta la supercomputadora XC30 de 100 petaflops" . 8 de noviembre de 2012.