MEGAN

MEGAN ( MEtaGenome ANalyzer ) es un programa informático que permite el análisis optimizado de grandes conjuntos de datos metagenómicos . ^{[ 1 ] [ 2 ]}

La metagenómica es el análisis de secuencias genómicas de una muestra ambiental, generalmente no cultivada . Uno de sus objetivos a largo plazo es inventariar y medir la extensión y el papel de la biodiversidad microbiana en el ecosistema, basándose en descubrimientos que indican que la diversidad de organismos microbianos y agentes virales en el medio ambiente es mucho mayor de lo que se estimaba anteriormente. ^{[ 3 ]} MEGAN es un ejemplo de una herramienta que permite investigar conjuntos de datos muy grandes de muestras ambientales (utilizando técnicas de secuenciación de escopeta en particular). Está diseñada para muestrear e investigar la biodiversidad desconocida de muestras ambientales donde no se pueden utilizar técnicas más precisas con muestras más pequeñas y mejor conocidas.

Los fragmentos de ADN de una muestra metagenómica, como agua de mar o suelo, se comparan con bases de datos de secuencias de ADN conocidas mediante BLAST u otra herramienta de comparación de secuencias para ensamblar los segmentos en secuencias discretas y comparables. Posteriormente, se utiliza MEGAN para comparar las secuencias resultantes con las secuencias genéticas de GenBank en NCBI . ^{[ 4 ]} Este programa se utilizó para investigar el ADN de un mamut lanudo recuperado del permafrost siberiano ^{[ 5 ]} y el conjunto de datos del Mar de los Sargazos. ^{[ 6 ]}

La metagenómica es el estudio del contenido genómico de muestras del mismo hábitat, con el objetivo de determinar el papel y el alcance de la diversidad de especies. Se utilizan comúnmente tanto la secuenciación dirigida como la aleatoria, y se realizan comparaciones con bases de datos de secuencias. ^{[ 1 ]} Los avances recientes en la tecnología de secuenciación han llevado a un aumento en el número de muestras metagenómicas. MEGAN es una herramienta para analizar datos metagenómicos. La primera versión de MEGAN se lanzó en 2007, ^{[ 1 ]} y la versión más reciente es MEGAN6. ^{[ 7 ]} Si bien la versión inicial podía analizar el contenido taxonómico de un solo conjunto de datos, las versiones posteriores pueden manejar múltiples conjuntos de datos e incluyen nuevas características como la consulta de diferentes bases de datos y el empleo de algoritmos actualizados.

El análisis MEGAN comienza con la recopilación de lecturas de cualquier plataforma de secuenciación masiva. A continuación, las lecturas se comparan con bases de datos de secuencias mediante BLAST o herramientas similares. Posteriormente, MEGAN asigna un identificador de taxón a los resultados de lectura procesados ​​según la taxonomía del NCBI, creando un archivo MEGAN que contiene la información necesaria para el análisis estadístico y gráfico. Finalmente, se puede ejecutar el algoritmo del ancestro común más bajo (LCA) para inspeccionar las asignaciones, analizar los datos y crear resúmenes basados ​​en diferentes niveles de taxonomía del NCBI. El algoritmo LCA identifica el ancestro común más bajo entre diferentes especies. ^{[ 1 ] [ 2 ]}

• megan-ce en GitHub
• megan7 en GitHub