MEROPS

Las familias de peptidasas se construyen mediante comparaciones de secuencias de aminoácidos. Una familia se forma alrededor de un ejemplo tipo , la secuencia de una peptidasa o inhibidor bien caracterizado. Todas las demás secuencias de la familia deben estar relacionadas con el ejemplo tipo de la familia, ya sea directamente o a través de una relación transitiva que involucre una o más secuencias que ya se ha demostrado que pertenecen a la familia. Normalmente, se utiliza FastA o BlastP para establecer relaciones de secuencia, considerando un valor esperado de 0,001 o inferior como estadísticamente significativo . Se utilizan búsquedas HMMER o psi-blast para añadir secuencias que están distantemente relacionadas con una familia. Cada familia se identifica mediante una letra que representa el tipo catalítico de las peptidasas que contiene, seguida de un número único arbitrario.

Algunas familias se dividen en subfamilias debido a la evidencia de una divergencia muy antigua dentro de la familia. Esta divergencia corresponde a más de 150 mutaciones puntuales aceptadas por cada 100 residuos de aminoácidos.

La similitud en las estructuras tridimensionales respalda la evidencia de que muchas familias comparten un ancestro común con otras. El término "clan" se utiliza para describir este grupo de familias. Un clan también se organiza en torno a un ejemplo tipo, que es la estructura de una peptidasa o inhibidor bien caracterizado. Una familia se incluye en un clan si se puede demostrar que la estructura terciaria de un miembro de la familia está relacionada con la del ejemplo tipo del clan. Normalmente, se utiliza DALI para establecer la pertenencia a un clan, y una puntuación z de 6,00 unidades de desviación estándar o superior se considera estadísticamente significativa. En el caso de las peptidasas, otra evidencia que indica que las familias están relacionadas cuando no hay una estructura terciaria incluye el mismo orden de residuos catalíticos en las secuencias.