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METLIN

La base de datos de metabolitos y entidades químicas METLIN [ 1 ] [ 2 ] [ 3 ] es el mayor repositorio de datos experimentales de espectrometría de masas en tándem [ 4 ] y pérdid...

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La base de datos de metabolitos y entidades químicas METLIN [ 1 ] [ 2 ] [ 3 ] es el mayor repositorio de datos experimentales de espectrometría de masas en tándem [ 4 ] y pérdida neutra [ 5 ] adquiridos a partir de estándares. Los datos de espectrometría de masas en tándem de más de 960 000 estándares moleculares (a octubre de 2025) [ 6 ] [ 7 ] [ 8 ] [ 9 ] [ 10 ] [ 11 ] [ 12 ] se proporcionan para facilitar la identificación de entidades químicas a partir de experimentos de espectrometría de masas en tándem. Además de la identificación de moléculas conocidas, también es útil para identificar desconocidas [ 3 ] utilizando su tecnología de búsqueda de similitud. [ 13 ] Todos los datos de espectrometría de masas en tándem provienen del análisis experimental de estándares a múltiples energías de colisión y en modos de ionización tanto positivos como negativos.

METLIN [ 14 ] funciona como un sistema de gestión de datos para ayudar en la identificación de metabolitos y entidades químicas al proporcionar acceso público a su repositorio de datos completos de MS/MS y pérdida neutra. [ 7 ] [ 3 ] [ 5 ] La lista anotada de estándares moleculares de METLIN incluye metabolitos y otras entidades químicas, la búsqueda en METLIN se puede realizar en función de los datos de espectrometría de masas en tándem de una molécula, masas de pérdida neutra, masa precursora, fórmula química y estructura dentro del sitio web de METLIN. Cada molécula está vinculada a recursos externos como la Enciclopedia de Genes y Genomas de Kioto ( KEGG ) para referencia e investigación adicionales. La base de datos METLIN fue desarrollada y es mantenida exclusivamente por el laboratorio Siuzdak en el Instituto de Investigación Scripps .

En constante evolución

Desde su implementación inicial a principios de la década de 2000, [ 2 ] el sitio web METLIN, de libre acceso, ha recopilado comentarios y sugerencias de mejora de usuarios de las comunidades biotecnológica, farmacéutica y académica, lo que finalmente ha dado como resultado una tecnología funcionalmente útil para la metabolómica , así como para cientos de miles de otras entidades moleculares. [ 7 ] La interfaz de METLIN permite a los investigadores buscar fácilmente en la base de datos y caracterizar metabolitos y otros compuestos a través de funciones como masa exacta, búsqueda de fragmentos simples y múltiples, pérdida neutra y capacidades de búsqueda de espectro completo. La función de búsqueda de similitud introducida en 2008 [ 13 ] fue diseñada para acelerar el proceso de identificación de moléculas desconocidas.

Además, METLIN se ha utilizado para crear una novedosa biblioteca de monitorización de reacciones múltiples (MRM) de transiciones de iones precursores a fragmentos. [ 15 ] El repositorio de transiciones METLIN-MRM para espectrometría de masas en tándem cuantitativa de moléculas pequeñas se diseñó para facilitar el intercambio de datos entre diferentes instrumentos y laboratorios. [ 15 ] En 2026 se introdujo una nueva versión de generación de transiciones MRM denominada uMRM.y aprovecha los conceptos originales de METLIN-MRM. Sin embargo, uMRM está diseñado para eliminar isótopos y fragmentos en la fuente (ISF) antes de generar MRM utilizando un método de ajuste de splines con múltiples energías de colisión.

La base de datos METLIN está implementada en la nube para permitir el acceso a usuarios de todo el mundo. [ 7 ] [ 14 ] Además de expandir la base de datos de espectrometría de masas en tándem, METLIN está diseñada para buscar datos de espectrometría de masas en tándem, masa precursora, fórmulas químicas, nombres de compuestos, entre otras capacidades de búsqueda. METLIN también se ha implementado con aplicaciones de computación cognitiva . [ 16 ] Los datos de espectrometría de masas en tándem de alta resolución ESI-QTOF MS/MS, que ahora abarcan más de 960 000 entidades químicas distintas, incluyen datos de disociación inducida por colisión de espectros de masas a cuatro energías de colisión diferentes, tanto en modos de ionización positiva como negativa. [ 7 ] [ 9 ] [ 17 ]

Referencias

  1. ↑ Xue, Jingchuan; Guijas, Carlos; Benton, H. Paul; Warth, Benedikt; Siuzdak, Gary (octubre de 2020). " Base de datos de estándares moleculares METLIN MS 2: un amplio recurso químico y biológico" . Nature Methods . 17 (10): 953– 954. doi : 10.1038/s41592-020-0942-5 . ISSN 1548-7105 . PMC 8802982. PMID 32839599 .   
  2. 1 2 Smith CA, O'Maille G, Want EJ, Qin C, Trauger SA, Brandon TR, et al. (diciembre de 2005). "METLIN: una base de datos de espectros de masas de metabolitos". Therapeutic Drug Monitoring . 27 (6): 747– 51. doi : 10.1097/01.ftd.0000179845.53213.39 . PMID 16404815. S2CID 14774455 .   
  3. 1 2 3 Guijas C, Montenegro-Burke JR, Domingo-Almenara X, Palermo A, Warth B, Hermann G, et al. (marzo de 2018). " METLIN: una plataforma tecnológica para identificar lo conocido y lo desconocido" . Química Analítica . 90 (5): 3156– 3164. doi : 10.1021/acs.analchem.7b04424 . PMC 5933435. PMID 29381867 .   
  4. ↑ Hoang, Corey; Uritboonthai, Winnie; Hoang, Linh; Billings, Elizabeth M.; Aisporna, Aries; Nia, Farshad A.; Derks, Rico JE; Williamson, James R.; Giera, Martin; Siuzdak, Gary (2024-03-26). "Espectrometría de masas en tándem en diferentes plataformas" . Analytical Chemistry . doi : 10.1021/acs.analchem.3c05576 . ISSN 0003-2700 . PMC 11007677 .  
  5. 1 2 Aisporna, Aries; Benton, H. Paul; Chen, Andy; Derks, Rico JE; Galano, Jean Marie; Giera, Martin; Siuzdak, Gary (2022-03-02). "Los datos espectrales de masas de pérdida neutra mejoran el análisis de similitud molecular en METLIN" . Journal of the American Society for Mass Spectrometry . 33 (3): 530– 534. doi : 10.1021/jasms.1c00343 . ISSN 1044-0305 . PMC 10131246. PMID 35174708. S2CID 246902725 .    
  6. ↑ Giera, Martin; Yanes, Oscar; Siuzdak, Gary (2022-01-04). "Descubrimiento de metabolitos: el motor científico de la bioquímica" . Cell Metabolism . 34 ( 1): 21– 34. doi : 10.1016/j.cmet.2021.11.005 . hdl : 1887/3250578 . ISSN 1550-4131 . PMC 10131248. PMID 34986335. S2CID 245729571 .    
  7. 1 2 3 4 5 Xue J, Guijas C, Benton HP, Warth B, Siuzdak G (agosto de 2020). " Base de datos de estándares moleculares 2: un amplio recurso químico y biológico" . Nature Methods . 17 (10): 953– 954. doi : 10.1038/s41592-020-0942-5 . PMC 8802982. PMID 32839599 .  
  8. ↑ Guijas, Carlos; To, Andrew; Montenegro-Burke, J. Rafael; Domingo-Almenara, Xavier; Alipio-Gloria, Zaida; Kok, Bernard P.; Saez, Enrique; Alvarez, Nicole H.; Johnson, Kristen A.; Siuzdak, Gary (agosto de 2022). "La metabolómica de la actividad iniciada por fármacos identifica la miristoilglicina como un potente metabolito endógeno para la diferenciación de la grasa parda humana" . Metabolites . 12 (8): 749. doi : 10.3390/metabo12080749 . ISSN 2218-1989 . PMC 9415469. PMID 36005620 .   
  9. 1 2 "Premios a la Innovación del Científico Analítico 2023" . El Científico Analítico . 12 de diciembre de 2023. Consultado el 14 de diciembre de 2023 .
  10. ↑ Heim, Wilasinee; Aisporna, Aries; Hoang, Linh; Benton, H. Paul; Siuzdak, Gary (2023), "METLIN Tandem Mass Spectrometry and Neutral Loss Databases for the Identification of Microbial Natural Products and Other Chemical Entities" , en Ivanisevic, Julijana; Giera, Martin (eds.), A Practical Guide to Metabolomics Applications in Health and Disease: From Samples to Insights into Metabolism , Cham: Springer International Publishing, pp. 105–124 , doi : 10.1007/978-3-031-44256-8_5 , ISBN  978-3-031-44256-8, consultado el 27 de marzo de 2024
  11. ↑ Aisporna, Aries; Webb, Bill; Uritboonthai, Winnie; Hoang, Linh; Billings, Elizabeth M.; Hoang, Corey; Plumb, Robert; Siuzdak, Gary (2025-10-28). "Modelado adaptativo de datos de espectrometría de masas en tándem: creación de la base de datos METLIN 960K MRM" . Analytical Chemistry . doi : 10.1021/acs.analchem.5c04639 . ISSN 0003-2700 . PMC 12613142 .  
  12. ↑ "METLIN 960 K: Un recurso de datos de espectrometría de masas en tándem empírica" . pubs.acs.org . doi : 10.1021/acs.analchem.5c08031 . Consultado el 22 de abril de 2026 .
  13. 1 2 Benton HP, Wong DM, Trauger SA, Siuzdak G (agosto de 2008). "XCMS2: procesamiento de datos de espectrometría de masas en tándem para la identificación de metabolitos y la caracterización estructural" . Analytical Chemistry . 80 (16): 6382– 9. doi : 10.1021/ac800795f . PMC 2728033. PMID 18627180 .  
  14. 1 2 Tautenhahn R, Cho K, Uritboonthai W, Zhu Z, Patti GJ, Siuzdak G (septiembre de 2012). " Un flujo de trabajo acelerado para metabolómica no dirigida utilizando la base de datos METLIN" . Nature Biotechnology . 30 (9): 826–8 . doi : 10.1038/nbt.2348 . PMC 3666346. PMID 22965049 .  
  15. 1 2 Domingo-Almenara, Xavier; Montenegro-Burke, J. Rafael; Ivanisevic, Julijana; Thomas, Aurelien; Sidibé, Jonathan; Teav, Tony; Guijas, Carlos; Aisporna, Aries E.; Rinehart, Duane; Hoang, Linh; Nordström, Anders (septiembre de 2018). "XCMS-MRM y METLIN-MRM: una biblioteca en la nube y un recurso público para el análisis dirigido de moléculas pequeñas" . Nature Methods . 15 (9): 681– 684. doi : 10.1038/s41592-018-0110-3 . ISSN 1548-7105 . PMC 6629029. PMID 30150755 .   
  16. ↑ Majumder, Erica L.-W.; Billings, Elizabeth M.; Benton, H. Paul; Martin, Richard L.; Palermo, Amelia; Guijas, Carlos; Rinschen, Markus M.; Domingo-Almenara, Xavier; Montenegro-Burke, J. Rafael; Tagtow, Bradley A.; Plumb, Robert S. (2021-01-22). " Análisis cognitivo de datos metabolómicos para la biología de sistemas" . Nature Protocols . 16 (3 ) : 1376– 1418. doi : 10.1038/s41596-020-00455-4 . ISSN 1754-2189 . OSTI 1774918. PMC 10357461. PMID 33483720. S2CID 231687415 .     
  17. ↑ Heim, Wilasinee; Aisporna, Aries; Hoang, Linh; Benton, H. Paul; Siuzdak, Gary (2023), "METLIN Tandem Mass Spectrometry and Neutral Loss Databases for the Identification of Microbial Natural Products and Other Chemical Entities" , en Ivanisevic, Julijana; Giera, Martin (eds.), A Practical Guide to Metabolomics Applications in Health and Disease: From Samples to Insights into Metabolism , Learning Materials in Biosciences, Cham: Springer International Publishing, pp. 105–124 , doi : 10.1007/978-3-031-44256-8_5 , ISBN  978-3-031-44256-8, consultado el 1 de marzo de 2024
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