Hispanopedia WikiEl Registro MIRIAM , un subproducto de las Directrices MIRIAM , es una base de datos de espacios de nombres e información asociada que se utiliza para crear identificadores uniformes de recursos ( URI). Contiene el conjunto de espacios de nombres aprobados por la comunidad para bases de datos y recursos que sirven, principalmente, al ámbito de las ciencias biológicas. Estos espacios de nombres compartidos, combinados con identificadores de "recopilación de datos", pueden utilizarse para crear identificadores únicos globales para el conocimiento almacenado en repositorios de datos. Para obtener más información sobre el uso de URI para anotar modelos, consulte la especificación de SBML Nivel 2 Versión 2 (y posteriores).
Una «colección de datos» se define como un conjunto de datos generados por un proveedor. Un «recurso» se define como un distribuidor de esos datos. Esta descripción permite asociar numerosos recursos a una sola colección, lo que posibilita una representación precisa de cómo se encuentra disponible la información biológica en la World Wide Web ; a menudo, la misma información, procedente de una única colección de datos, puede estar presente en diferentes recursos, o la información principal puede complementarse con otros datos.
- Nombre de la colección de datos: Ontología genética
- Identificador de recopilación de datos: MIR:00000022
- Sinónimos de recopilación de datos: IR
- Patrón de identificador de recopilación de datos: ^GO:\d{7}$
- Espacio de nombres de recopilación de datos: urn:miriam:obo.go
- URL raíz de la recopilación de datos: http://identifiers.org/obo.go/
- Recopilación de datos 'URN raíz': urn:miriam:obo.go :
- recursos de la colección:
- recurso n.° 1
- Identificador de recurso: MIR:00100012
- Sitio web donde se encuentra el recurso: http://www.ebi.ac.uk/ego/
- URL de acceso al recurso (tokenizada): https://www.ebi.ac.uk/ego/DisplayGoTerm?selected=$1
- Descripción del recurso: QuickGO ( navegador de ontología genética )
- Institución de recursos: Instituto Europeo de Bioinformática, Reino Unido
- recurso n.° 2
- [...]
- recurso n.° 1
El Registro MIRIAM es un recurso curado, de libre acceso y abierto a todos. Se pueden enviar propuestas para nuevas colecciones a través del sitio web. [ 1 ]
Identificadores que utilizan el sistema MIRIAM
Las directrices de MIRIAM exigen el uso de identificadores de recursos uniformes en la anotación de los componentes del modelo. Estos se crean utilizando la lista compartida de espacios de nombres definida en el Registro MIRIAM.
MIRIAM URIs
Utilizando los espacios de nombres definidos en el Registro MIRIAM, es posible crear identificadores tanto en formato URN como URL. Esto requiere un identificador único específico de la colección, así como un espacio de nombres para delimitar globalmente el espacio de información. Tanto el espacio de nombres como la raíz de cada URI se proporcionan para cada colección de datos en el Registro. Ambos formatos derivan del mismo espacio de nombres. Por ejemplo:
- forma de urna:
urn:miriam:pubmed:16333295 - formulario URL:
https://identifiers.org/pubmed/16333295
En este ejemplo, el identificador específico de la colección es 16333295 y el espacio de nombres es pubmed .
El formato URN de los identificadores requiere el uso de servicios web o métodos programáticos para acceder al registro referenciado. Esto significa que no basta con introducir el URN en un navegador para obtener la información. El formato URL es directamente resoluble y se basa en una capa de resolución proporcionada por Identifiers.org .
Funcionalidades de soporte y disponibilidad
Para permitir el uso eficiente del Registro MIRIAM y la rápida adopción del esquema de anotación, se proporcionan varias características de apoyo. [ 2 ] Estas incluyen servicios web , una interfaz de sitio web [ 3 ] para acceder al propio Registro y una biblioteca Java [ 4 ].
El Registro MIRIAM es desarrollado por el Equipo de Servicios de Proteómica del Instituto Europeo de Bioinformática . El código fuente de todo el proyecto, incluidas las funciones de soporte, está disponible en SourceForge.net . [ 5 ]
El Registro MIRIAM es utilizado por varios proyectos mundiales como BioModels Database , [ 6 ] [ 7 ] SABIO-RK, [ 8 ] COPASI, [ 9 ] Una lista más completa se puede encontrar en el sitio web. [ 10 ]
Véase también
Referencias
- ↑ "Página de envío de nuevas colecciones" . Ebi.ac.uk. Consultado el 9 de octubre de 2012 .
- ↑ Laibe, Camille; Le Novère, Nicolas (2007). " Recursos MIRIAM: Herramientas para generar y resolver referencias cruzadas robustas en biología de sistemas" . BMC Systems Biology . 1 : 58. doi : 10.1186/1752-0509-1-58 . PMC 2259379. PMID 18078503 .
- ↑ "Sitio web de recursos de MIRIAM" . Ebi.ac.uk. Consultado el 9 de octubre de 2012 .
- ↑ Li, C.; Courtot, M.; Le Novere, N.; Laibe, C. (2009). "Servicios web BioModels.net, un conjunto de herramientas gratuito e integrado para software de modelado computacional" . Briefings in Bioinformatics . 11 (3): 270– 7. doi : 10.1093/bib/bbp056 . PMC 2913671. PMID 19939940 .
- ↑ Juty, Nick; Le Novère, Nicolas; Laibe, Camille (dic. 2011). "Identifiers.org y el Registro MIRIAM: recursos comunitarios para proporcionar identificación persistente" . Nucleic Acids Research . 40 (número especial de bases de datos): D580–586. doi : 10.1093 / nar/gkr1097 . ISSN 1362-4962 . PMC 3245029. PMID 22140103 .
- ↑ Li, C; Donizelli, M; Rodriguez, N; Dharuri, H; Endler, L; Chelliah, V; Li, L; He, E; Henry, A; Stefan, Melanie I; Snoep, Jacky L; Hucka, Michael; Le Novère, Nicolas; Laibe, Camille (2010). "Base de datos BioModels: un recurso mejorado, curado y anotado para modelos cinéticos cuantitativos publicados" . BMC Systems Biology . 4 : 92. doi : 10.1186/1752-0509-4-92 . PMC 2909940. PMID 20587024 .
- ↑ "Sitio web de la base de datos de biomodelos" . Ebi.ac.uk. Consultado el 9 de octubre de 2012 .
- ↑ SDBV. "Célula virtual de la base de datos de cinética de reacciones SABIO" . Sabio.villa-bosch.de. Archivado del original el 3 de febrero de 2006. Consultado el 9 de octubre de 2012 .
- ↑ "Simulador de ruta compleja y editor SBML" . Copasi.org . Consultado el 9 de octubre de 2012 .
- ↑ "Uso de MIRIAM" . Ebi.ac.uk. Consultado el 9 de octubre de 2012 .
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