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Articulo de referencia

Análisis VNTR de múltiples loci

Secuencia de ácido nucleico repetida en tándem (arriba) frente a secuencia intercalada (abajo) El análisis de repeticiones en tándem de múltiples loci ( MLVA ) es un método empl...

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Secuencia de ácido nucleico repetida en tándem (arriba) frente a secuencia intercalada (abajo)

El análisis de repeticiones en tándem de múltiples loci ( MLVA ) es un método empleado para el análisis genético de microorganismos específicos , como bacterias patógenas , que aprovecha el polimorfismo de secuencias de ADN repetidas en tándem . Una " VNTR " es una "repetición en tándem de número variable". Este método es bien conocido en la ciencia forense, ya que constituye la base de la huella genética en humanos. Aplicado a bacterias, contribuye a la microbiología forense , permitiendo rastrear el origen de una cepa específica, lo que lo convierte en una técnica útil para la vigilancia de brotes .

En un MLVA típico, se amplifican varios loci bien seleccionados y caracterizados (en términos de tasa de mutación y diversidad) mediante reacción en cadena de la polimerasa ( PCR ), de modo que se pueda medir el tamaño de cada locus, generalmente mediante electroforesis de los productos de amplificación junto con fragmentos de ADN de referencia (un llamado marcador de tamaño de ADN). Se puede utilizar un equipo de electroforesis diferente según la precisión requerida para la estimación del tamaño y la configuración del laboratorio local, desde la electroforesis básica en gel de agarosa hasta los dispositivos de electroforesis capilar más sofisticados y de alto rendimiento. [ 1 ] A partir de esta estimación del tamaño, se puede deducir el número de unidades repetidas en cada locus. La información resultante es un código que se puede comparar fácilmente con bases de datos de referencia una vez que el ensayo se ha armonizado y estandarizado. [ 2 ] [ 3 ]

MLVA se ha convertido en una importante herramienta de tipificación de primera línea en varios patógenos donde se podría lograr dicha armonización, incluidos Mycobacterium tuberculosis , [ 4 ] Bacillus anthracis , [ 5 ] Brucella . [ 6 ] [ 7 ]

Algunos sitios web asociados a MLVA

  • https://web.archive.org/web/20141225151444/http://tandemrepeat.u-psud.fr/
  • http://minisatellites.u-psud.fr/ Archivado el 4 de enero de 2019 en Wayback Machine
  • http://mlva.u-psud.fr/ Archivado el 28/11/2007 en Wayback Machine
  • http://www.mlva.eu/
  • http://www.umcutrecht.nl/subsite/MLVA/
  • http://miru-vntrplus.org/
  • http://www.pasteur.fr/recherche/genopole/PF8/mlva/
  • http://mlva.net/
  • https://web.archive.org/web/20130927082141/http://microgeno.org/

Software para análisis de datos MLVA

  • GeneMapper: Un software comercial para la normalización y la determinación del tamaño de los picos de una determinada marca de máquinas de electroforesis capilar.
  • BioNumerics es una solución bioinformática comercial para almacenar y analizar un amplio conjunto de datos biológicos, incluyendo MLVA y, en general, conjuntos de datos de caracteres. Permite realizar normalización, determinación del tamaño, corrección del tamaño, asignación del número de repeticiones y análisis de clústeres en datos MLVA.

Referencias

  1. ↑ Vergnaud G, Pourcel C (2009). "Análisis de repeticiones en tándem de número variable en múltiples loci". Epidemiología molecular de microorganismos . Métodos de biología molecular. Vol.  551. págs. 141–158 . doi : 10.1007/978-1-60327-999-4_12 . ISBN  978-1-60327-998-7. PMID 19521873 . 
  2. ↑ Grissa I, Bouchon P, Pourcel C, Vergnaud G (2008). "Recursos en línea para estudios de microevolución bacteriana mediante tipificación MLVA o CRISPR". Biochimie . 90 (4): 660– 8. doi : 10.1016/j.biochi.2007.07.014 . PMID 17822824 . 
  3. ↑ Nadon CA, Trees E, Ng LK, Møller Nielsen E, Reimer A, Maxwell N, Kubota KA, Gerner-Smidt P, el Grupo de Trabajo de Armonización de MLVA (2013). "Desarrollo y aplicación de métodos MLVA como herramienta para la vigilancia interlaboratorio" . Euro Surveill . 18 (35) 20565. doi : 10.2807/1560-7917.es2013.18.35.20565 . PMC 5667538. PMID 24008231 .  
  4. ↑ Blouin Y, Hauck Y, Soler C, Fabre M, Vong R, Dehan C, Cazajous G, Massoure PL, Kraemer P, Jenkins A, Garnotel E, Pourcel C, Vergnaud G (2012). "Importancia de la identificación en el Cuerno de África de un clado de Mycobacterium tuberculosis con ramificación excepcionalmente profunda" . PLOS ONE . 7 ( 12) e52841. doi : 10.1371/journal.pone.0052841 . PMC 3531362. PMID 23300794 .  
  5. ↑Thierry S, Tourterel C, Le Flèche P, Derzelle S, Dekhil N, Mendy C, Colaneri C, Vergnaud G, Madani N (2014). "Genotyping of French Bacillus anthracis strains based on 31-loci multi locus VNTR analysis: epidemiology, marker evaluation, and update of the internet genotype database". PLOS ONE. 9 (6) e95131. doi:10.1371/journal.pone.0095131. PMC 4046976. PMID 24901417.
  6. ↑Scholz HC, Vergnaud G (2013). "Molecular characterisation of Brucella species". Rev. Sci. Tech. 32 (1): 149–62. doi:10.20506/rst.32.1.2189. PMID 23837373.
  7. ↑Lindstedt BA, Torpdahl M, Vergnaud G, Le Hello S, Weill FX, Tietze E, Malorny B, Prendergast DM, Ní Ghallchoir E, Lista RF, Schouls LM, Söderlund R, Börjesson S, Åkerström S (2013). "Use of multilocus variable-number tandem repeat analysis (MLVA) in eight European countries, 2012". Euro Surveill. 18 (4): 20385. doi:10.2807/ese.18.04.20385-en. hdl:11250/219465. PMID 23369388.