Archivo de información cristalográfica macromolecular

El Archivo de Información Cristalográfica Macromolecular ( mmCIF ), también conocido como PDBx/mmCIF, es un formato de archivo de texto estándar para representar datos de estructura macromolecular, desarrollado por la Unión Internacional de Cristalografía (IUCr) y el Banco de Datos de Proteínas ^[1]. Es una extensión del Archivo de Información Cristalográfica (CIF), específicamente para datos macromoleculares, como proteínas y ácidos nucleicos, que incorpora elementos del formato de archivo PDB .

El formato mmCIF está pensado como una alternativa al formato Protein Data Bank (PDB) y ahora es el formato predeterminado utilizado por Protein Data Bank . ^[2]

mmCIF fue diseñado para abordar las limitaciones del formato PDB en términos de capacidad y flexibilidad, especialmente con el creciente tamaño y complejidad de las estructuras macromoleculares que se determinan.

El formato es parte del Marco de Información Cristalográfica más amplio , un sistema de protocolos de intercambio basado en diccionarios de datos y reglas relacionales expresables en diferentes manifestaciones legibles por máquina, incluido, entre otros, el Archivo de Información Cristalográfica original y XML .

Ejemplo

Un ejemplo del formato de archivo mmCIF en estilo clave-valor es: ^[2]

_célula.entrada_id 4HHB
_celda.longitud_a 63.150
_celda.longitud_b 83.590
_celda.longitud_c 53.800
_celda.ángulo_alfa 90,00
_celda.ángulo_beta 99,34
_celda.ángulo_gamma 90,00
_celda.Z_PDB 4

Enlaces externos

Unión Internacional de Cristalografía
wwPDB: Recursos mmCIF
Servicio de conversión PDBx/mmCIF

Referencias

^ Bourne, PE; Berman, HM; McMahon, B; Watenpaugh, KD; Westbrook, JD; Fitzgerald, PM (1997). "Archivo de información cristalográfica macromolecular". Cristalografía macromolecular, parte B. Métodos en enzimología. Vol. 277. págs. 571–90. doi :10.1016/s0076-6879(97)77032-0. ISBN 978-0-12-182178-4. Número de identificación personal 18488325.
^ ab Adams, PD; Afonine, PV; Baskaran, K; Berman, HM; Berrisford, J; Bricogne, G; Brown, director general; Burley, SK; Chen, M; Feng, Z; Flensburgo, C; Gutmanas, A; Hoch, JC; Ikegawa, Y; Kengaku, Y; Krissinel, E; Kurisu, G; Liang, Y; Liebschner, D; Mak, L; Markley, JL; Moriarty, noroeste; Murshudov, GN; Noble, M; Peisach, E; Persikova, yo; Poon, BK; Sobolev, OV; Ulrich, EL; Velankar, S; Vonrhein, C; Westbrook, J; Wojdyr, M; Yokochi, M; Young, JY (1 de abril de 2019). "Anuncio de la presentación obligatoria de archivos en formato PDBx/mmCIF para deposiciones cristalográficas al Protein Data Bank (PDB)". Acta Crystallographica Sección D . 75 (Pt 4): 451–454. doi :10.1107/S2059798319004522. PMC 6465986 . PMID 30988261.

[1] Bourne, PE; Berman, HM; McMahon, B; Watenpaugh, KD; Westbrook, JD; Fitzgerald, PM (1997). "Archivo de información cristalográfica macromolecular". Cristalografía macromolecular, parte B. Métodos en enzimología. Vol. 277. págs. 571–90. doi :10.1016/s0076-6879(97)77032-0. ISBN 978-0-12-182178-4. Número de identificación personal 18488325.

[:0-2] Adams, PD; Afonine, PV; Baskaran, K; Berman, HM; Berrisford, J; Bricogne, G; Brown, director general; Burley, SK; Chen, M; Feng, Z; Flensburgo, C; Gutmanas, A; Hoch, JC; Ikegawa, Y; Kengaku, Y; Krissinel, E; Kurisu, G; Liang, Y; Liebschner, D; Mak, L; Markley, JL; Moriarty, noroeste; Murshudov, GN; Noble, M; Peisach, E; Persikova, yo; Poon, BK; Sobolev, OV; Ulrich, EL; Velankar, S; Vonrhein, C; Westbrook, J; Wojdyr, M; Yokochi, M; Young, JY (1 de abril de 2019). "Anuncio de la presentación obligatoria de archivos en formato PDBx/mmCIF para deposiciones cristalográficas al Protein Data Bank (PDB)". Acta Crystallographica Sección D . 75 (Pt 4): 451–454. doi :10.1107/S2059798319004522. PMC 6465986 . PMID 30988261.