MetaboLights

MetaboLights ^{[ 1 ]} es un repositorio de datos fundado en 2012 para estudios metabolómicos entre especies y plataformas que proporciona datos de investigación primaria y metadatos para estudios metabolómicos, así como una base de conocimiento para propiedades de metabolitos individuales . ^{[ 2 ] [ 3 ] [ 4 ]} La base de datos es mantenida por el Instituto Europeo de Bioinformática (EMBL-EBI) y su desarrollo es financiado por el Consejo de Investigación de Biotecnología y Ciencias Biológicas (BBSRC). ^{[ 5 ] [ 6 ]} A julio de 2018, la funcionalidad de navegación de MetaboLights consta de 383 estudios, dos plataformas analíticas, espectroscopia de RMN y espectrometría de masas . ^{[ 7 ]}

La anotación semántica se basa en diversas ontologías y vocabularios controlados, incluyendo la ontología de tejidos BRENDA y la taxonomía NCBI . Los datos de la estructura de los metabolitos están vinculados a bases de datos químicas, como ChemSpider , PubChem y ChEBI . Sin embargo, parece que faltan enlaces a bases de datos de metabolitos.

MetaboLights consta de dos componentes:

• un repositorio que permite a la comunidad metabolómica compartir hallazgos experimentales, datos y protocolos para cualquier estudio metabolómico. (Fig. 1-2)

• una capa de referencia de compuestos metabolitos individuales y sus espectros de referencia, que incluye información adicional sobre sus funciones biológicas, ubicaciones, concentraciones y datos brutos de experimentos metabolómicos. (Fig. 3)

The data stored in MetaboLights is available for download from an FTP site and can be reused by the scientific community, where data sharing is considered an integral part of the scientific method.^[8] Copyright and license information, however, is not easily identifiable.

MetaboLights includes user tools for submission of experiments using the ISA-TAB format for metadata tagging of all submissions.^[9] Submitted studies are automatically assigned a stable unique accession number (e.g. MTBLS1) that can be used as a publication reference; MetaboLights is one of the repositories recommended by several scientific journals, including EMBO Journal^[10] and Nature's Scientific Data.^[11] There is also a guided submission process to help meet the Metabolomics Standards Initiative (MSI) recommendations for high quality data submissions for NMR and MS experiments.^[12]