Archivo de información cristalográfica macromolecular

El archivo de información cristalográfica macromolecular ( mmCIF ), también conocido como PDBx/mmCIF, es un formato de archivo de texto estándar para representar datos de estructura macromolecular, desarrollado por la Unión Internacional de Cristalografía (IUCr) y el Protein Data Bank . ^{[ 1 ]} Es una extensión del archivo de información cristalográfica (CIF), específicamente para datos macromoleculares, como proteínas y ácidos nucleicos, que incorpora elementos del formato de archivo PDB .

mmCIF se concibió como una alternativa al formato Protein Data Bank (PDB) y ahora es el formato predeterminado utilizado por Protein Data Bank . ^{[ 2 ]}

El formato mmCIF se diseñó para solucionar las limitaciones del formato PDB en términos de capacidad y flexibilidad, especialmente ante el creciente tamaño y complejidad de las estructuras macromoleculares que se están determinando.

Este formato forma parte del marco de información cristalográfica más amplio , un sistema de protocolos de intercambio basado en diccionarios de datos y reglas relacionales que se pueden expresar en diferentes formatos legibles por máquina, incluyendo, entre otros, el archivo de información cristalográfica original y XML .

Ejemplo

Un ejemplo del formato de archivo mmCIF de estilo clave-valor es: ^{[ 2 ]}

_cell.entry_id 4HHB _cell.length_a 63.150 _cell.length_b 83.590 _cell.length_c 53.800 _celda.ángulo_alfa 90.00 _celda.ángulo_beta 99.34 _celda.ángulo_gamma 90.00 _celda.Z_PDB 4

Enlaces externos

Unión Internacional de Cristalografía
wwPDB: Recursos mmCIF
Servicio de conversión PDBx/mmCIF

Referencias

↑ Bourne, PE; Berman, HM; McMahon, B; Watenpaugh, KD; Westbrook, JD; Fitzgerald, PM (1997). "Archivo de información cristalográfica macromolecular". Cristalografía macromolecular, parte B. Métodos en enzimología. Vol. 277. págs. 571–90 . doi : 10.1016/s0076-6879(97)77032-0 . ISBN 978-0-12-182178-4. PMID 18488325 .
^ Adams , PD; Afonine, PV; Baskaran, K; Berman, HM; Berrisford, J; Bricogne, G; Brown, director general; Burley, SK; Chen, M; Feng, Z; Flensburgo, C; Gutmanas, A; Hoch, JC; Ikegawa, Y; Kengaku, Y; Krissinel, E; Kurisu, G; Liang, Y; Liebschner, D; Mak, L; Markley, JL; Moriarty, noroeste; Murshudov, GN; Noble, M; Peisach, E; Persikova, yo; Poon, BK; Sobolev, OV; Ulrich, EL; Velankar, S; Vonrhein, C; Westbrook, J; Wojdyr, M; Yokochi, M; Young, JY (1 de abril de 2019). "Anuncio de la presentación obligatoria de archivos en formato PDBx/mmCIF para depósitos cristalográficos en el Protein Data Bank (PDB)" . Acta Crystallographica Sección D. 75 ( Pt 4): 451–454 . doi : 10.1107/S2059798319004522 . PMC 6465986. PMID 30988261 .

[1] Bourne, PE; Berman, HM; McMahon, B; Watenpaugh, KD; Westbrook, JD; Fitzgerald, PM (1997). "Archivo de información cristalográfica macromolecular". Cristalografía macromolecular, parte B. Métodos en enzimología. Vol. 277. págs. 571–90 . doi : 10.1016/s0076-6879(97)77032-0 . ISBN 978-0-12-182178-4. PMID 18488325 .

[:0-2] Adams , PD; Afonine, PV; Baskaran, K; Berman, HM; Berrisford, J; Bricogne, G; Brown, director general; Burley, SK; Chen, M; Feng, Z; Flensburgo, C; Gutmanas, A; Hoch, JC; Ikegawa, Y; Kengaku, Y; Krissinel, E; Kurisu, G; Liang, Y; Liebschner, D; Mak, L; Markley, JL; Moriarty, noroeste; Murshudov, GN; Noble, M; Peisach, E; Persikova, yo; Poon, BK; Sobolev, OV; Ulrich, EL; Velankar, S; Vonrhein, C; Westbrook, J; Wojdyr, M; Yokochi, M; Young, JY (1 de abril de 2019). "Anuncio de la presentación obligatoria de archivos en formato PDBx/mmCIF para depósitos cristalográficos en el Protein Data Bank (PDB)" . Acta Crystallographica Sección D. 75 ( Pt 4): 451–454 . doi : 10.1107/S2059798319004522 . PMC 6465986. PMID 30988261 .

[ 1 ]