Hispanopedia Wiki
Articulo de referencia

MODELADOR

{{cite web\n | url = https://www.salilab.org/modeller/news.html\n | title = MODELLER News\n | website = salilab.org\n | access-date = 2022-11-02\n}} "},"latest preview version":...

Hispanopedia WikiContenido en espanolLectura gratuita

Modeller , a menudo estilizado como MODELLER , es un programa informático utilizado para el modelado por homología para producir modelos de estructuras terciarias y cuaternarias (más raras) de proteínas . [ 2 ] [ 3 ] Implementa un método inspirado en la espectroscopia de resonancia magnética nuclear de proteínas (RMN de proteínas), denominado satisfacción de restricciones espaciales , mediante el cual se utiliza un conjunto de criterios geométricos para crear una función de densidad de probabilidad para la ubicación de cada átomo en la proteína. El método se basa en una alineación de secuencia de entrada entre la secuencia de aminoácidos objetivo que se va a modelar y una proteína plantilla cuya estructura ha sido resuelta.

El programa también incorpora funciones limitadas para la predicción de la estructura ab initio de las regiones de bucle de las proteínas, que a menudo son muy variables incluso entre proteínas homólogas y, por lo tanto, difíciles de predecir mediante el modelado por homología.

Modeller fue escrito originalmente y actualmente es mantenido por Andrej Sali en la Universidad de California, San Francisco . [ 4 ] Se ejecuta en los sistemas operativos Unix , Linux , macOS y Windows . Es software gratuito para uso académico. Accelrys distribuye interfaces gráficas de usuario (GUI) y versiones comerciales . El servidor web ModWeb para el modelado comparativo de estructuras de proteínas se basa en Modeller y otras herramientas para el modelado automático de estructuras de proteínas, con la opción de depositar los modelos resultantes en ModBase . Debido a la popularidad de Modeller, existen varias GUI de terceros disponibles para MODELLER:

  • EasyModeller es software gratuito y es una de las primeras interfaces gráficas de usuario de terceros para Modeller. [ 5 ] La versión más reciente (EasyModeller 4.0) es compatible con los sistemas operativos Linux y Windows .
  • UCSF Chimera tiene una interfaz sencilla para Modeller.
  • PyMod es un complemento gratuito y de código abierto para PyMOL y tiene una interfaz completa para Modeller. [ 6 ] [ 7 ] Es compatible con Linux , Windows y macOS .
  • MaxMod es una interfaz gráfica de usuario independiente para MODELLER en Windows . [ 8 ]

Véase también

Referencias

  1. ↑ "Noticias de MODELLER" . salilab.org . Consultado el 2 de noviembre de 2022 .
  2. ↑ Fiser A, Sali A (2003). "Modeller: Generación y refinamiento de modelos de estructura proteica basados ​​en homología". Cristalografía macromolecular, parte D. Métodos en enzimología. Vol. 374. págs. 461–91 . doi : 10.1016/S0076-6879(03)74020-8 . ISBN   9780121827779. PMID 14696385 . 
  3. ^ Martí-Renom MA, Stuart AC, Fiser A, Sánchez R, Melo F, Sali A (2000). "Modelado comparativo de estructuras proteicas de genes y genomas". Estructura Annu Rev Biophys Biomol . 29 : 291– 325. doi : 10.1146/annurev.biophys.29.1.291 . PMID 10940251 . 
  4. ↑ Sali A, Blundell TL (diciembre de 1993). "Modelado comparativo de proteínas mediante la satisfacción de restricciones espaciales". J. Mol. Biol . 234 (3): 779– 815. doi : 10.1006/jmbi.1993.1626 . PMID 8254673 . 
  5. ↑ Kuntal, BK, Aparoy, P., & Reddanna, P. (2010). EasyModeller: Una interfaz gráfica para MODELLER. BMC research notes, 3(1), 1.
  6. ↑ Janson G, Zhang C, Prado MG, Paiardini A (2017). "PyMod 2.0: mejoras en el análisis de secuencia-estructura de proteínas y modelado de homología dentro de PyMOL" . Bioinformatics . 33 (3): 444– 446. doi : 10.1093/bioinformatics/btw638 . PMID 28158668 . 
  7. ↑ Bramucci E, Paiardini A, Bossa F, Pascarella S (2012). "PyMod: búsquedas de similitud de secuencias, alineamientos de estructura de secuencias múltiples y modelado de homología dentro de PyMOL" . BMC Bioinformatics . 13 (Supl. 4): S2. doi : 10.1186/1471-2105-13-S4-S2 . PMC 3303726. PMID 22536966 .  
  8. ↑ Parida BK, Panda PK, Misra N, Mishra BK (2015). "MaxMod: una nueva interfaz basada en un modelo oculto de Markov para MODELLER para una mejor predicción de modelos 3D de proteínas". Journal of Molecular Modeling . 21 (2): 1– 10. doi : 10.1007/s00894-014-2563-3 . PMID 25636267 . S2CID 30626573 .  
  • Sitio web oficial
  • ModWeb
  • EasyModeller - Una interfaz gráfica de usuario para Modeller.
  • Interfaz UCSF Chimera para Modeller
  • PyMod - Un complemento de PyMOL para Modeller
  • MINT - Una interfaz gráfica de usuario para modeladores
  • MaxMod : una interfaz gráfica de usuario independiente para Modeller en Windows.