Informática del genoma del ratón

Mouse Genome Informatics ( MGI ) es una base de datos y recurso bioinformático gratuito en línea, alojado por The Jackson Laboratory , con financiación del National Human Genome Research Institute (NHGRI), el National Cancer Institute (NCI) y el Eunice Kennedy Shriver National Institute of Child Health and Human Development (NICHD). ^{[ 1 ]} MGI proporciona acceso a datos sobre la genética, la genómica y la biología del ratón de laboratorio para facilitar el estudio de la salud y las enfermedades humanas. ^{[ 2 ] [ 3 ]} La base de datos integra múltiples proyectos, incluyendo la base de datos Mouse Models of Human Cancer , la base de datos Mouse Genome Database y la base de datos Mouse Gene Expression Database (GXD). ^{[ 4 ]} A partir de 2018, MGI contiene datos seleccionados de más de 230.000 publicaciones. ^{[ 5 ]}

El recurso MGI se publicó por primera vez en línea en 1994 ^{[ 5 ]} y es una colección de datos, herramientas y análisis creados y adaptados para su uso en el ratón de laboratorio , un organismo modelo ampliamente utilizado . Es "la fuente autorizada de nombres oficiales para genes, alelos y cepas de ratón", que siguen las directrices establecidas por el Comité Internacional de Nomenclatura Genética Estandarizada para Ratones. ^{[ 6 ]} La historia y el enfoque de las instalaciones de investigación y producción del Laboratorio Jackson generan un conocimiento profundo e inmenso que los investigadores pueden aprovechar para avanzar en sus investigaciones. Una comunidad dedicada de investigadores de ratones en todo el mundo también enriquece y contribuye a este conocimiento. Esta es una herramienta indispensable para cualquier investigador que utilice el ratón como organismo modelo para su investigación, y para los investigadores interesados ​​en genes que comparten homología con los genes del ratón. En el sitio web de MGI también se encuentran disponibles diversos recursos de apoyo para la investigación con ratones, incluidas colecciones de animales y software gratuito para la gestión de colonias. ^{[ 7 ]}

La base de datos del genoma del ratón recopila y organiza anotaciones funcionales y fenotípicas completas para genes y alelos de ratón . ^{[ 8 ]} Este es un proyecto financiado por el NHGRI que contribuye a la base de datos de informática del genoma del ratón.

La base de datos de expresión genética es un recurso comunitario de información sobre la expresión génica durante el desarrollo del ratón. ^{[ 9 ]}

MGI surgió de un proyecto financiado por el Centro Nacional de Investigación del Genoma Humano en 1989 para combinar las bases de datos de varios científicos del Laboratorio Jackson y crear una herramienta para visualizar datos sobre el genoma del ratón. ^{[ 10 ]} El resultado de ese proyecto, liderado por Joseph H. Nadeau, Larry E. Mobraaten y Janan T. Eppig, se denominó "Enciclopedia del Genoma del Ratón" y se distribuyó mediante disquetes semestralmente a unos 300 científicos de todo el mundo. ^{[ 10 ]} En 1992, ese grupo se unió al equipo responsable del desarrollo de la "Base de Datos Genómica del Ratón", liderado por Muriel T. Davisson y Thomas H. Roderick, para iniciar el proyecto "Informática del Genoma del Ratón". ^{[ 10 ]} Ese proyecto dio como resultado la primera publicación en línea de la "Base de Datos del Genoma del Ratón" en 1994. ^{[ 10 ]}

• FlyBase
• Base de datos del genoma de la rata
• Base de datos del genoma de Saccharomyces
• Base de gusanos
• Xenbase
• Red de información sobre el pez cebra

• Bult, Carol J.; Blake, Judith A.; Smith, Cynthia L.; Kadin, James A.; Richardson, Joel E.; Mouse Genome Database Group (2019-01-08). "Mouse Genome Database (MGD) 2019" . Nucleic Acids Research . 47 (D1): D801– D806. doi : 10.1093 / nar/gky1056 . ISSN 1362-4962 . PMC 6323923. PMID 30407599 .   

• Página principal de Informática del Genoma del Ratón
• Smith, Constance M.; Hayamizu, Terry F.; Finger, Jacqueline H.; Bello, Susan M.; McCright, Ingeborg J.; Xu, Jingxia; Baldarelli, Richard M.; Beal, Jonathan S.; Campbell, Jeffrey; Corbani, Lori E.; Frost, Pete J. (2019-01-08). "La base de datos de expresión génica del ratón (GXD): actualización de 2019" . Nucleic Acids Research . 47 (D1): D774– D779. doi : 10.1093/nar/ gky922 . ISSN 1362-4962 . PMC 6324054. PMID 30335138 .   
• Publicaciones de informática del genoma del ratón
• Tutorial del taller Puertas Abiertas
• Base de datos de expresión genética (GXD)