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dominio proteico

Piruvato quinasa , una proteína con tres dominios ( PDB : 1PKN ) . En biología molecular , un dominio proteico es una región de la cadena polipeptídica de una proteína que se au...

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Piruvato quinasa , una proteína con tres dominios ( PDB : 1PKN ) .

En biología molecular , un dominio proteico es una región de la cadena polipeptídica de una proteína que se autoestabiliza y se pliega independientemente del resto. Cada dominio forma una estructura tridimensional plegada y compacta . Muchas proteínas constan de varios dominios, y un dominio puede aparecer en diversas proteínas. La evolución molecular utiliza los dominios como bloques de construcción, y estos pueden recombinarse en diferentes disposiciones para crear proteínas con distintas funciones. En general, los dominios varían en longitud desde aproximadamente 50 aminoácidos hasta 250 aminoácidos. [ 1 ] Los dominios más cortos, como los dedos de zinc , se estabilizan mediante iones metálicos o puentes disulfuro . Los dominios suelen formar unidades funcionales, como el dominio EF-mano de unión al calcio de la calmodulina . Debido a su estabilidad independiente, los dominios pueden intercambiarse mediante ingeniería genética entre una proteína y otra para crear proteínas quiméricas .

Fondo

El concepto de dominio fue propuesto por primera vez en 1973 por Wetlaufer tras estudios cristalográficos de rayos X de la lisozima de gallina [ 2 ] y la papaína [ 3 ] , y estudios limitados de proteólisis de inmunoglobulinas . [ 4 ] [ 5 ] Wetlaufer definió los dominios como unidades estables de estructura proteica que podían plegarse de forma autónoma. En el pasado, los dominios se han descrito como unidades de:

Cada definición es válida y a menudo se superpondrá, es decir, un dominio estructural compacto que se encuentra entre diversas proteínas probablemente se pliegue de forma independiente dentro de su entorno estructural. La naturaleza suele reunir varios dominios para formar proteínas multidominio y multifuncionales con una gran cantidad de posibilidades. [ 9 ] En una proteína multidominio, cada dominio puede cumplir su propia función de forma independiente o de manera concertada con sus vecinos. Los dominios pueden servir como módulos para construir grandes ensamblajes como partículas virales o fibras musculares, o pueden proporcionar sitios catalíticos o de unión específicos, como se encuentra en enzimas o proteínas reguladoras.

Ejemplo: Piruvato quinasa

Un ejemplo apropiado es la piruvato quinasa (véase la primera figura), una enzima glucolítica que desempeña un papel importante en la regulación del flujo de fructosa-1,6-bifosfato a piruvato. Contiene un dominio de unión a nucleótidos totalmente β (en azul), un dominio de unión a sustrato α/β (en gris) y un dominio regulador α/β (en verde oliva), [ 10 ] conectados por varios enlaces polipeptídicos. [ 11 ] Cada dominio de esta proteína se encuentra en diversos conjuntos de familias de proteínas . [ 12 ]

El dominio central de unión al sustrato del barril α/β es uno de los plegamientos enzimáticos más comunes . Se observa en muchas familias de enzimas diferentes que catalizan reacciones completamente no relacionadas. [ 13 ] El barril α/β se denomina comúnmente barril TIM , en honor a la triosa fosfato isomerasa, cuya primera estructura de este tipo se resolvió. [ 14 ] Actualmente se clasifica en 26 familias homólogas en la base de datos de dominios CATH. [ 15 ] El barril TIM se forma a partir de una secuencia de motivos β-α-β cerrados por enlaces de hidrógeno entre la primera y la última hebra, formando un barril de ocho hebras. Existe debate sobre el origen evolutivo de este dominio. Un estudio ha sugerido que una única enzima ancestral podría haber divergido en varias familias, [ 16 ] mientras que otro sugiere que una estructura estable del barril TIM ha evolucionado mediante evolución convergente. [ 17 ]

El barril TIM en la piruvato quinasa es "discontinuo", lo que significa que se requiere más de un segmento del polipéptido para formar el dominio. Esto probablemente sea el resultado de la inserción de un dominio en otro durante la evolución de la proteína. Se ha demostrado a partir de estructuras conocidas que aproximadamente una cuarta parte de los dominios estructurales son discontinuos. [ 18 ] [ 19 ] El dominio regulador del barril β insertado es "continuo", compuesto por un único segmento de polipéptido.

Unidades de estructura proteica

La estructura primaria (cadena de aminoácidos) de una proteína codifica en última instancia su conformación tridimensional (3D) plegada única. [ 20 ] El factor más importante que rige el plegamiento de una proteína en una estructura 3D es la distribución de cadenas laterales polares y no polares. [ 21 ] El plegamiento es impulsado por el enterramiento de cadenas laterales hidrofóbicas en el interior de la molécula para evitar el contacto con el entorno acuoso. Generalmente, las proteínas tienen un núcleo de residuos hidrofóbicos rodeado por una capa de residuos hidrofílicos. Dado que los enlaces peptídicos en sí mismos son polares, se neutralizan mediante enlaces de hidrógeno entre sí cuando están en el entorno hidrofóbico. Esto da lugar a regiones del polipéptido que forman patrones estructurales 3D regulares llamados estructura secundaria . Hay dos tipos principales de estructura secundaria: hélices α y láminas β .

Se ha descubierto que algunas combinaciones simples de elementos de estructura secundaria ocurren con frecuencia en la estructura de las proteínas y se denominan superestructuras secundarias o motivos . Por ejemplo, el motivo de horquilla β consiste en dos hebras β antiparalelas adyacentes unidas por un pequeño bucle. Está presente en la mayoría de las estructuras β antiparalelas, tanto como una cinta aislada como formando parte de láminas β más complejas. Otra superestructura secundaria común es el motivo β-α-β, que se utiliza frecuentemente para conectar dos hebras β paralelas. La hélice α central conecta los extremos C-terminales de la primera hebra con los extremos N-terminales de la segunda, empaquetando sus cadenas laterales contra la lámina β y, por lo tanto, protegiendo los residuos hidrofóbicos de las hebras β de la superficie.

La asociación covalente de dos dominios representa una ventaja funcional y estructural, ya que aumenta la estabilidad en comparación con las mismas estructuras asociadas de forma no covalente. [ 22 ] Otras ventajas son la protección de los intermediarios dentro de las hendiduras enzimáticas interdominios que, de otro modo, podrían ser inestables en entornos acuosos, y una relación estequiométrica fija de la actividad enzimática necesaria para una serie de reacciones secuenciales. [ 23 ]

La alineación estructural es una herramienta importante para determinar dominios.

Estructura terciaria

Several motifs pack together to form compact, local, semi-independent units called domains.[6] The overall 3D structure of the polypeptide chain is referred to as the protein's tertiary structure. Domains are the fundamental units of tertiary structure, each domain containing an individual hydrophobic core built from secondary structural units connected by loop regions. The packing of the polypeptide is usually much tighter in the interior than the exterior of the domain producing a solid-like core and a fluid-like surface.[24] Core residues are often conserved in a protein family, whereas the residues in loops are less conserved, unless they are involved in the protein's function. Protein tertiary structure can be divided into four main classes based on the secondary structural content of the domain.[25]

  • All-α domains have a domain core built exclusively from α-helices. This class is dominated by small folds, many of which form a simple bundle with helices running up and down.
  • All-β domains have a core composed of antiparallel β-sheets, usually two sheets packed against each other. Various patterns can be identified in the arrangement of the strands, often giving rise to the identification of recurring motifs, for example the Greek key motif.[26]
  • α+β domains are a mixture of all-α and all-β motifs. Classification of proteins into this class is difficult because of overlaps to the other three classes and therefore is not used in the CATH domain database.[15]
  • α/β domains are made from a combination of β-α-β motifs that predominantly form a parallel β-sheet surrounded by amphipathic α-helices. The secondary structures are arranged in layers or barrels.

Limits on size

Domains have limits on size.[27] The size of individual structural domains varies from 36 residues in E-selectin to 692 residues in lipoxygenase-1,[18] but the majority, 90%, have fewer than 200 residues[28] with an average of approximately 100 residues.[29] Very short domains, less than 40 residues, are often stabilised by metal ions or disulfide bonds. Larger domains, greater than 300 residues, are likely to consist of multiple hydrophobic cores.[30]

Quaternary structure

Muchas proteínas poseen una estructura cuaternaria , compuesta por varias cadenas polipeptídicas que se asocian para formar una molécula oligomérica. Cada cadena polipeptídica de dicha proteína se denomina subunidad. La hemoglobina, por ejemplo, consta de dos subunidades α y dos β. Cada una de las cuatro cadenas presenta un plegamiento de globina totalmente α con un bolsillo para el grupo hemo.

Intercambio de dominios

El intercambio de dominios es un mecanismo para la formación de ensamblajes oligoméricos. [ 31 ] En el intercambio de dominios, un elemento secundario o terciario de una proteína monomérica se reemplaza por el mismo elemento de otra proteína. El intercambio de dominios puede abarcar desde elementos de estructura secundaria hasta dominios estructurales completos. También representa un modelo de evolución para la adaptación funcional mediante oligomerización, por ejemplo, enzimas oligoméricas que tienen su sitio activo en las interfaces de las subunidades. [ 32 ]

Los dominios como módulos evolutivos

La naturaleza es una persona que modifica y no una inventora, [ 33 ] las nuevas secuencias se adaptan de secuencias preexistentes en lugar de inventarse. Los dominios son el material común que usa la naturaleza para generar nuevas secuencias; pueden pensarse como unidades genéticamente móviles, denominadas "módulos". A menudo, los extremos C y N de los dominios están cerca en el espacio, lo que permite que se "encajen" fácilmente en las estructuras parentales durante el proceso de evolución. Muchas familias de dominios se encuentran en las tres formas de vida: Archaea , Bacteria y Eukarya . [ 34 ] Los módulos de proteínas son un subconjunto de dominios de proteínas que se encuentran en una variedad de proteínas diferentes con una estructura particularmente versátil. Ejemplos se pueden encontrar entre las proteínas extracelulares asociadas con la coagulación, la fibrinólisis, el complemento, la matriz extracelular, las moléculas de adhesión de la superficie celular y los receptores de citocinas. [ 35 ] Cuatro ejemplos concretos de módulos de proteínas generalizados son los siguientes dominios: SH2 , inmunoglobulina , fibronectina tipo 3 y el kringle . [ 36 ]

Molecular evolution gives rise to families of related proteins with similar sequence and structure. However, sequence similarities can be extremely low between proteins that share the same structure. Protein structures may be similar because proteins have diverged from a common ancestor. Alternatively, some folds may be more favored than others as they represent stable arrangements of secondary structures and some proteins may converge towards these folds over the course of evolution. There are currently more than 200,000 experimentally determined protein 3D structures deposited within the Protein Data Bank (PDB).[37] However, this set contains many identical or very similar structures. All proteins should be classified to structural families to understand their evolutionary relationships. Structural comparisons are best achieved at the domain level. For this reason many algorithms have been developed to automatically assign domains in proteins with known 3D structure (see § Domain definition from structural co-ordinates).

The CATH domain database classifies domains into approximately 800 fold families; ten of these folds are highly populated and are referred to as 'super-folds'. Super-folds are defined as folds for which there are at least three structures without significant sequence similarity.[38] The most populated is the α/β-barrel super-fold, as described previously.

Multidomain proteins

The majority of proteins, two-thirds in unicellular organisms and more than 80% in metazoa, are multidomain proteins.[39] However, other studies concluded that 40% of prokaryotic proteins consist of multiple domains while eukaryotes have approximately 65% multi-domain proteins.[40]

Many domains in eukaryotic multidomain proteins can be found as independent proteins in prokaryotes,[41] suggesting that domains in multidomain proteins have once existed as independent proteins. For example, vertebrates have a multi-enzyme polypeptide containing the GAR synthetase, AIR synthetase and GAR transformylase domains (GARs-AIRs-GARt; GAR: glycinamide ribonucleotide synthetase/transferase; AIR: aminoimidazole ribonucleotide synthetase). In insects, the polypeptide appears as GARs-(AIRs)2-GARt, in yeast GARs-AIRs is encoded separately from GARt, and in bacteria each domain is encoded separately.[42]

(scrollable image) Attractin-like protein 1 (ATRNL1) is a multi-domain protein found in animals, including humans.[43][44] Each unit is one domain, e.g. the EGF or Kelch domains.

Origin

Multidomain proteins are likely to have emerged from selective pressure during evolution to create new functions. Various proteins have diverged from common ancestors by different combinations and associations of domains. Modular units frequently move about, within and between biological systems through mechanisms of genetic shuffling:

  • transposition of mobile elements including horizontal transfers (between species);[45]
  • gross rearrangements such as inversions, translocations, deletions and duplications;
  • homologous recombination;
  • slippage of DNA polymerase during replication.

Types of organization

Insertions of similar PH domain modules (maroon) into two different proteins.

The simplest multidomain organization seen in proteins is that of a single domain repeated in tandem.[46] The domains may interact with each other (domain-domain interaction) or remain isolated, like beads on string. The giant 30,000 residue muscle protein titin comprises about 120 fibronectin-III-type and Ig-type domains.[47] In the serine proteases, a gene duplication event has led to the formation of a two β-barrel domain enzyme.[48] The repeats have diverged so widely that there is no obvious sequence similarity between them. The active site is located at a cleft between the two β-barrel domains, in which functionally important residues are contributed from each domain. Genetically engineered mutants of the chymotrypsinserine protease were shown to have some proteinase activity even though their active site residues were abolished and it has therefore been postulated that the duplication event enhanced the enzyme's activity.[48]

Modules frequently display different connectivity relationships, as illustrated by the kinesins and ABC transporters. The kinesin motor domain can be at either end of a polypeptide chain that includes a coiled-coil region and a cargo domain.[49] ABC transporters are built with up to four domains consisting of two unrelated modules, ATP-binding cassette and an integral membrane module, arranged in various combinations.

No solo se recombinan los dominios, sino que existen muchos ejemplos de un dominio insertado en otro. Las similitudes de secuencia o estructurales con otros dominios demuestran que los homólogos de los dominios insertados y parentales pueden existir de forma independiente. Un ejemplo es el de los "dedos" insertados en el dominio "palma" dentro de las polimerasas de la familia Pol I. [ 50 ] Dado que un dominio puede insertarse en otro, siempre debe haber al menos un dominio continuo en una proteína multidominio. Esta es la principal diferencia entre las definiciones de dominios estructurales y dominios evolutivos/funcionales. Un dominio evolutivo se limitará a una o dos conexiones entre dominios, mientras que los dominios estructurales pueden tener conexiones ilimitadas, dentro de un criterio dado de la existencia de un núcleo común. Varios dominios estructurales podrían asignarse a un dominio evolutivo.

Un superdominio consta de dos o más dominios conservados de origen nominalmente independiente, pero que posteriormente se heredan como una única unidad estructural/funcional. [ 51 ] Este superdominio combinado puede aparecer en diversas proteínas que no están relacionadas únicamente por duplicación génica. Un ejemplo de superdominio es el par de dominios PTP - C2 en PTEN , tensina , auxilina y la proteína de membrana TPTE2. Este superdominio se encuentra en proteínas de animales, plantas y hongos. Una característica clave del superdominio PTP-C2 es la conservación de residuos de aminoácidos en la interfaz del dominio.

Los dominios son unidades de plegado autónomas.

Plegable

Plegamiento de proteínas: el problema sin resolver  : Desde el trabajo pionero de Anfinsen a principios de la década de 1960, [ 20 ] el objetivo de comprender completamente el mecanismo por el cual un polipéptido se pliega rápidamente en su conformación nativa estable sigue siendo esquivo. Muchos estudios experimentales de plegamiento han contribuido mucho a nuestra comprensión, pero los principios que rigen el plegamiento de proteínas todavía se basan en los descubiertos en los primeros estudios de plegamiento. Anfinsen demostró que el estado nativo de una proteína es termodinámicamente estable, y que la conformación se encuentra en un mínimo global de su energía libre.

Folding is a directed search of conformational space allowing the protein to fold on a biologically feasible time scale. The Levinthal paradox states that if an averaged sized protein would sample all possible conformations before finding the one with the lowest energy, the whole process would take billions of years.[52] Proteins typically fold within 0.1 and 1000 seconds. Therefore, the protein folding process must be directed some way through a specific folding pathway. The forces that direct this search are likely to be a combination of local and global influences whose effects are felt at various stages of the reaction.[53]

Advances in experimental and theoretical studies have shown that folding can be viewed in terms of energy landscapes,[54][55] where folding kinetics is considered as a progressive organisation of an ensemble of partially folded structures through which a protein passes on its way to the folded structure. This has been described in terms of a folding funnel, in which an unfolded protein has a large number of conformational states available and there are fewer states available to the folded protein. A funnel implies that for protein folding there is a decrease in energy and loss of entropy with increasing tertiary structure formation. The local roughness of the funnel reflects kinetic traps, corresponding to the accumulation of misfolded intermediates. A folding chain progresses toward lower intra-chain free-energies by increasing its compactness. The chain's conformational options become increasingly narrowed ultimately toward one native structure.

Advantage of domains in protein folding

The organisation of large proteins by structural domains represents an advantage for protein folding, with each domain being able to individually fold, accelerating the folding process and reducing a potentially large combination of residue interactions. Furthermore, given the observed random distribution of hydrophobic residues in proteins,[56] domain formation appears to be the optimal solution for a large protein to bury its hydrophobic residues while keeping the hydrophilic residues at the surface.[57][58]

However, the role of inter-domain interactions in protein folding and in energetics of stabilisation of the native structure, probably differs for each protein. In T4 lysozyme, the influence of one domain on the other is so strong that the entire molecule is resistant to proteolytic cleavage. In this case, folding is a sequential process where the C-terminal domain is required to fold independently in an early step, and the other domain requires the presence of the folded C-terminal domain for folding and stabilisation.[59]

It has been found that the folding of an isolated domain can take place at the same rate or sometimes faster than that of the integrated domain,[60] suggesting that unfavourable interactions with the rest of the protein can occur during folding. Several arguments suggest that the slowest step in the folding of large proteins is the pairing of the folded domains.[30] This is either because the domains are not folded entirely correctly or because the small adjustments required for their interaction are energetically unfavourable,[61] such as the removal of water from the domain interface.

Domains and protein flexibility

Protein domain dynamics play a key role in a multitude of molecular recognition and signaling processes. Protein domains, connected by intrinsically disordered flexible linker domains, induce long-range allostery via protein domain dynamics. The resultant dynamic modes cannot be generally predicted from static structures of either the entire protein or individual domains.

Domain definition from structural co-ordinates

The importance of domains as structural building blocks and elements of evolution has brought about many automated methods for their identification and classification in proteins of known structure. Automatic procedures for reliable domain assignment is essential for the generation of the domain databases, especially as the number of known protein structures is increasing. Although the boundaries of a domain can be determined by visual inspection, construction of an automated method is not straightforward. Problems occur when faced with domains that are discontinuous or highly associated.[62] The fact that there is no standard definition of what a domain really is has meant that domain assignments have varied enormously, with each researcher using a unique set of criteria.[63]

A structural domain is a compact, globular sub-structure with more interactions within it than with the rest of the protein.[64] Therefore, a structural domain can be determined by two visual characteristics: its compactness and its extent of isolation.[65] Measures of local compactness in proteins have been used in many of the early methods of domain assignment[66][67][68][69] and in several of the more recent methods.[28][70][71][72][73]

Methods

One of the first algorithms[66] used a Cα-Cα distance map together with a hierarchical clustering routine that considered proteins as several small segments, 10 residues in length. The initial segments were clustered one after another based on inter-segment distances; segments with the shortest distances were clustered and considered as single segments thereafter. The stepwise clustering finally included the full protein. Go[69] also exploited the fact that inter-domain distances are normally larger than intra-domain distances; all possible Cα-Cα distances were represented as diagonal plots in which there were distinct patterns for helices, extended strands and combinations of secondary structures.

The method by Sowdhamini and Blundell clusters secondary structures in a protein based on their Cα-Cα distances and identifies domains from the pattern in their dendrograms.[62] As the procedure does not consider the protein as a continuous chain of amino acids there are no problems in treating discontinuous domains. Specific nodes in these dendrograms are identified as tertiary structural clusters of the protein, these include both super-secondary structures and domains. The DOMAK algorithm is used to create the 3Dee domain database.[71] It calculates a 'split value' from the number of each type of contact when the protein is divided arbitrarily into two parts. This split value is large when the two parts of the structure are distinct.

The method of Wodak and Janin[74] was based on the calculated interface areas between two chain segments repeatedly cleaved at various residue positions. Interface areas were calculated by comparing surface areas of the cleaved segments with that of the native structure. Potential domain boundaries can be identified at a site where the interface area was at a minimum. Other methods have used measures of solvent accessibility to calculate compactness.[28][75][76]

The PUU algorithm[19] incorporates a harmonic model used to approximate inter-domain dynamics. The underlying physical concept is that many rigid interactions will occur within each domain and loose interactions will occur between domains. This algorithm is used to define domains in the FSSP domain database.[70]

Swindells (1995) developed a method, DETECTIVE, for identification of domains in protein structures based on the idea that domains have a hydrophobic interior. Deficiencies were found to occur when hydrophobic cores from different domains continue through the interface region.

RigidFinder is a novel method for identification of protein rigid blocks (domains and loops) from two different conformations. Rigid blocks are defined as blocks where all inter residue distances are conserved across conformations.

The method RIBFIND developed by Pandurangan and Topf identifies rigid bodies in protein structures by performing spacial clustering of secondary structural elements in proteins.[77] The RIBFIND rigid bodies have been used to flexibly fit protein structures into cryo electron microscopy density maps.[78]

A general method to identify dynamical domains, that is protein regions that behave approximately as rigid units in the course of structural fluctuations, has been introduced by Potestio et al.[79] and, among other applications was also used to compare the consistency of the dynamics-based domain subdivisions with standard structure-based ones. The method, termed PiSQRD, is publicly available in the form of a webserver.[80] The latter allows users to optimally subdivide single-chain or multimeric proteins into quasi-rigid domains[79][80] based on the collective modes of fluctuation of the system. By default the latter are calculated through an elastic network model;[81] alternatively pre-calculated essential dynamical spaces can be uploaded by the user.

Example domains

  • Armadillo repeats: named after the β-catenin-like Armadillo protein of the fruit fly Drosophila melanogaster.
  • Basic leucine zipper domain (bZIP domain): found in many DNA-binding eukaryotic proteins. One part of the domain contains a region that mediates sequence-specific DNA-binding properties and the Leucine zipper that is required for the dimerization of two DNA-binding regions. The DNA-binding region comprises a number of basic aminoacids such as arginine and lysine.
  • Cadherin repeats: Cadherins function as Ca2+-dependent cell–cell adhesion proteins. Cadherin domains are extracellular regions which mediate cell-to-cell homophilic binding between cadherins on the surface of adjacent cells.
  • Death effector domain (DED): allows protein–protein binding by homotypic interactions (DED-DED). Caspaseproteases trigger apoptosis via proteolytic cascades. Pro-caspase-8 and pro-caspase-9 bind to specific adaptor molecules via DED domains, which leads to autoactivation of caspases.
  • EF hand: a helix-turn-helixstructural motif found in each structural domain of the signaling proteincalmodulin and in the muscle protein troponin-C.
  • Foldon domain: A small protein domain from fibritin in T4 bacteriophage that can cause proteins to trimerize.
  • Immunoglobulin-like domains: found in proteins of the immunoglobulin superfamily (IgSF).[82] They contain about 70-110 amino acids and are classified into different categories (IgV, IgC1, IgC2 and IgI) according to their size and function. They possess a characteristic fold in which two beta sheets form a "sandwich" that is stabilized by interactions between conserved cysteines and other charged amino acids. They are important for protein–protein interactions in processes of cell adhesion, cell activation, and molecular recognition. These domains are commonly found in molecules with roles in the immune system.
  • Phosphotyrosine-binding domain (PTB): PTB domains usually bind to phosphorylated tyrosine residues. They are often found in signal transduction proteins. PTB-domain binding specificity is determined by residues to the amino-terminal side of the phosphotyrosine. Examples: the PTB domains of both SHC and IRS-1 bind to a NPXpY sequence. PTB-containing proteins such as SHC and IRS-1 are important for insulin responses of human cells.
  • Pleckstrin homology domain (PH): PH domains bind phosphoinositides with high affinity. Specificity for PtdIns(3)P, PtdIns(4)P, PtdIns(3,4)P2, PtdIns(4,5)P2, and PtdIns(3,4,5)P3 have all been observed. Given the fact that phosphoinositides are sequestered to various cell membranes (due to their long lipophilic tail) the PH domains usually causes recruitment of the protein in question to a membrane where the protein can exert a certain function in cell signalling, cytoskeletal reorganization or membrane trafficking.
  • Src homology 2 domain (SH2): SH2 domains are often found in signal transduction proteins. SH2 domains confer binding to phosphorylated tyrosine (pTyr). Named after the phosphotyrosine binding domain of the src viral oncogene, which is itself a tyrosine kinase. See also: SH3 domain.
  • Zinc fingerDNA-binding domain (ZnF_GATA): ZnF_GATA domain-containing proteins are typically transcription factors that usually bind to the DNA sequence [AT]GATA[AG] of promoters.

Domains of unknown function

Una gran fracción de dominios tiene una función desconocida. Un dominio de función desconocida (DUF) es un dominio proteico cuya función no está caracterizada. Estas familias se han recopilado en la base de datos Pfam utilizando el prefijo DUF seguido de un número, como por ejemplo DUF2992 y DUF1220. Actualmente existen más de 3000 familias DUF en la base de datos Pfam, lo que representa más del 20 % de las familias conocidas. [ 83 ] Sorprendentemente, el número de DUF en Pfam ha aumentado del 20 % (en 2010) al 22 % (en 2019), principalmente debido a un número creciente de nuevas secuencias genómicas . La versión 32.0 de Pfam (2019) contenía 3961 DUF. [ 84 ]         

Véase también

Referencias

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Bases de datos de dominio estructural

  • Dominios conservados en el sitio web del Centro Nacional de Biotecnología
  • 3Dee
  • CATETERISMO
  • DALI
  • Definición y asignación de dominios estructurales en proteínas en la Wayback Machine (archivado el 11 de septiembre de 2006).
  • Navegador de clanes PFAM

Bases de datos de dominios de secuencia

  • InterPro
  • Pfam en los archivos web de la Biblioteca del Congreso (archivado el 6 de mayo de 2011)
  • PROSITE
  • Dominación profesional
  • ELEGANTE
  • Base de datos de dominios conservados del NCBI
  • Biblioteca SUPERFAMILY de HMM que representan superfamilias y base de datos de anotaciones (de superfamilia y familia) para todos los organismos completamente secuenciados.

Bases de datos de dominios funcionales

  • dcGO: Una base de datos integral de ontologías centradas en dominios específicos sobre funciones, fenotipos y enfermedades.