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Articulo de referencia

Base de datos de mostaza

Mustard es una base de datos que rastrea los determinantes de resistencia antimicrobiana (ARD) . El método que utiliza para rastrear los ARD es su propio método adaptado del mod...

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Mustard es una base de datos que rastrea los determinantes de resistencia antimicrobiana (ARD) . El método que utiliza para rastrear los ARD es su propio método adaptado del modelado de homología de proteínas llamado modelado comparativo por pares (PCM), que aumenta la especificidad de la predicción de proteínas, especialmente para homólogos de proteínas distantemente relacionados. [ 1 ] Usando PCM, 6095 ARD de 20 familias en la microbiota intestinal humana. Las bases de datos de resistencia a antibióticos utilizadas fueron ResFinder , [ 2 ] ARG-ANNOT , [ 3 ] la ahora desaparecida Clínica Lahey, [ 4 ] el sitio web de Marilyn Roberts para genes de resistencia a tetraciclina y macrólidos [ 5 ] y metagenómica. [ 6 ] [ 7 ] [ 8 ]

Véase también

Referencias

  1. ↑ Ehrlich, S. Dusko; Kennedy, Sean P.; Doré, Joël; Haimet, Florence; Weiszer, Kevin; Levenez, Florence; Letur, Aline; Léjard, Véronique; Léonard, Pierre (enero de 2019). "Predicción del resistoma intestinal mediante un método basado en la estructura tridimensional" (PDF) . Nature Microbiology . 4 (1): 112– 123. doi : 10.1038/s41564-018-0292-6 . ISSN 2058-5276 . PMID 30478291. S2CID 53757858 .   
  2. ↑ Zankari, E.; Hasman, H.; Cosentino, S.; Vestergaard, M.; Rasmussen, S.; Lund, O.; Aarestrup, FM; Larsen, MV (2012-07-10). "Identificación de genes de resistencia antimicrobiana adquirida" . Journal of Antimicrobial Chemotherapy . 67 (11): 2640– 2644. doi : 10.1093/ jac /dks261 . ISSN 0305-7453 . PMC 3468078. PMID 22782487 .   
  3. ↑ Gupta, Sushim Kumar; Padmanabhan, Babu Roshan; Diene, Seydina M.; Lopez-Rojas, Rafael; Kempf, Marie; Landraud, Luce; Rolain, Jean-Marc (2013-10-21). "ARG-ANNOT, una nueva herramienta bioinformática para descubrir genes de resistencia a antibióticos en genomas bacterianos" . Antimicrobial Agents and Chemotherapy . 58 (1): 212– 220. doi : 10.1128/aac.01310-13 . ISSN 0066-4804 . PMC 3910750. PMID 24145532 .   
  4. ↑ "RED-DB" . Consultado el 27 de julio de 2019 .
  5. ↑ "Sitio web de Marilyn Roberts" .
  6. ^ Allen, Heather K; Moe, Lucas A; Rodbumrer, Jitsupang; Gaarder, Andra; Handelsman, Jo (9 de octubre de 2008). "La metagenómica funcional revela diversas β-lactamasas en un suelo remoto de Alaska" . La Revista ISME . 3 (2): 243– 251. doi : 10.1038/ismej.2008.86 . ISSN 1751-7362 . PMID 18843302 . S2CID 16496336 .   
  7. ↑ Moore, Aimée M.; Patel, Sanket; Forsberg, Kevin J.; Wang, Bin; Bentley, Gayle; Razia, Yasmin; Qin, Xuan; Tarr, Phillip I.; Dantas, Gautam (2013-11-13). "La microbiota fecal pediátrica alberga genes de resistencia a antibióticos diversos y novedosos" . PLOS ONE . 8 (11) e78822. Bibcode : 2013PLoSO...878822M . doi : 10.1371/journal.pone.0078822 . ISSN 1932-6203 . PMC 3827270. PMID 24236055 .   
  8. ↑ Sommer, MOA; Dantas, G.; Church, GM (27 de agosto de 2009). "Caracterización funcional del reservorio de resistencia a los antibióticos en la microflora humana" . Science . 325 ( 5944): 1128– 1131. Bibcode : 2009Sci...325.1128S . doi : 10.1126/science.1176950 . ISSN 0036-8075 . PMC 4720503. PMID 19713526 .