PubMed Central

PubMed Central ( PMC ) es un repositorio digital gratuito que archiva artículos académicos de texto completo de acceso abierto publicados en revistas de ciencias biomédicas y de la vida. Como una de las principales bases de datos de investigación desarrolladas por el Centro Nacional de Información Biotecnológica (NCBI), PubMed Central es más que un repositorio de documentos. Las contribuciones a PMC se indexan y formatean para incluir metadatos mejorados , ontología médica e identificadores únicos que enriquecen los datos estructurados XML de cada artículo. ^{[ 1 ]} El contenido de PMC se puede vincular a otras bases de datos del NCBI y se puede acceder a él mediante los sistemas de búsqueda y recuperación Entrez , lo que mejora aún más la capacidad del público para descubrir, leer y ampliar su conocimiento biomédico. ^{[ 2 ]}

PubMed Central es distinto de PubMed . ^{[ 3 ]} PubMed Central es un archivo digital gratuito de artículos completos, accesible para cualquier persona desde cualquier lugar a través de un navegador web (con diversas disposiciones para su reutilización). Por el contrario, aunque PubMed es una base de datos de búsqueda de citas y resúmenes biomédicos, el artículo completo reside en otro lugar (impreso o en línea, gratuito o detrás de un muro de pago para suscriptores ).

PubMed Central comenzó como E-biomed , propuesto inicialmente en mayo de 1999 por el entonces director de los NIH, Harold Varmus . ^{[ 4 ]} La idea le llegó "abruptamente" en diciembre de 1998, inspirado por el uso temprano de arXiv para preprints después de una presentación de Pat Brown de Stanford y David Lipman , director del NCBI : ^{[ ​​5 ] [ 6 ]}

Pero mi perspectiva cambió drásticamente una mañana de diciembre de 1998, cuando me reuní con Pat Brown para tomar un café en la cafetería que antes era la famosa panadería Tassajara, en la esquina de Cole y Parnassus, durante una visita a San Francisco. [...] Unas semanas antes de nuestro encuentro, Pat se había enterado de los métodos que utilizaban el físico Paul Ginsparg y sus colegas en Los Alamos para que físicos y matemáticos compartieran su trabajo a través de Internet. Publicaban "preprints" (artículos aún no enviados ni aceptados para su publicación) en un sitio web de acceso público (llamado LanX o arXiv) para que cualquiera pudiera leerlos y analizarlos. [...] Cuanto más pensaba en esto, más me convencía de que una reestructuración radical de los métodos para publicar, transmitir, almacenar y utilizar informes de investigación biomédica podría ser posible y beneficiosa. Con entusiasmo e ingenuidad política, escribí un extenso manifiesto, proponiendo la creación de un sistema en línea financiado por los NIH, llamado E-biomed.

El objetivo de E-biomed era proporcionar acceso gratuito a toda la investigación biomédica. Los artículos enviados a E-biomed podían seguir dos caminos: publicarse inmediatamente como preimpresión o mediante un proceso tradicional de revisión por pares . Este proceso se asemejaría al de las revistas científicas contemporáneas , con un comité editorial externo que mantendría el control sobre la revisión, la selección y la publicación de los artículos, que de otro modo serían de libre acceso en el servidor central de E-biomed. Varmus pretendía aprovechar las nuevas posibilidades que ofrecía la comunicación digital de resultados científicos, imaginando un diálogo continuo sobre el trabajo publicado, documentos versionados y formatos enriquecidos con múltiples niveles de detalle. ^{[ 4 ]}

La propuesta de crear un índice central de investigación biomédica representó un cambio radical con respecto a las normas editoriales vigentes. Antes de internet, los índices de publicaciones funcionaban en gran medida como los ISBN : asignados por agencias de registro a editores secundarios. La idea de que cualquiera pudiera poseer su propio espacio de direcciones a través de un nombre de dominio y crear su propio sistema de indexación era una idea completamente nueva. ^{[ 7 ] [ 8 ]} Las principales editoriales comerciales habían comenzado a experimentar con un sistema de indexación para artículos científicos compartidos entre editoriales ya en 1993, y se vieron impulsadas a actuar tras la propuesta de E-biomed. En la Conferencia Anual de STM de Frankfurt de octubre de 1999, varias editoriales lideradas por Springer-Verlag llegaron a un consenso apresurado en la sala de conferencias para lanzar su prototipo competidor: ^{[ 9 ]}

En la reunión de la Junta Directiva de la asociación STM, celebrada la tarde del lunes 11 de octubre, antes de la inauguración de la feria el miércoles, el debate se centró en una iniciativa emergente de la Biblioteca Nacional de Medicina de EE. UU. (NLM) llamada E-Biomed (más tarde PubMed Central), propuesta por Harold Varmus de los Institutos Nacionales de Salud en la primavera de 1999. Varmus concibió un archivo digital de revistas, accesible gratuitamente y con el valor añadido de la interconexión de referencias. «Llegamos a un consenso en que las editoriales debían ser las encargadas de la interconexión», declaró Bob Campbell, presidente de la reunión. «Dado que estábamos, por así decirlo, "en una etapa más temprana del proceso", deberíamos poder enlazar nuestros artículos antes que la NLM como parte del proceso de producción. Stefan von Holtzbrinck dio el pistoletazo de salida ofreciéndose a enlazar las publicaciones de Nature con las de cualquier otra editorial. Decidimos anunciar una iniciativa general de interconexión de referencias para STM. Fue, por supuesto, solo una estrategia, ya que no teníamos ni plan ni prototipo».

Un pequeño grupo liderado por Arnoud de Kemp de Springer-Verlag se reunió en una sala contigua inmediatamente después de la reunión de la Junta Directiva para redactar el anuncio, que se distribuyó a todos los asistentes a la reunión anual de la STM al día siguiente y se publicó en una revista para miembros de la STM. [...] El beneficio potencial del servicio que se convertiría en CrossRef fue evidente de inmediato. Organizaciones como AIP e IOP (Instituto de Física) habían comenzado a enlazar las publicaciones de las demás, y la imposibilidad de replicar tales acuerdos puntuales en toda la industria era obvia. Como Tim Ingoldsby comentó más tarde: «Todos esos acuerdos de enlace nos iban a matar».

Bajo la presión de un enérgico cabildeo por parte de editoriales comerciales y sociedades científicas que temían la pérdida de ganancias, ^{[ 10 ]} los funcionarios de los NIH anunciaron una propuesta revisada de PubMed Central en agosto de 1999. ^{[ 5 ]} PMC recibiría envíos de editoriales, en lugar de autores como en E-biomed. Se permitían muros de pago con embargo temporal de hasta un año para las publicaciones. PMC solo permitiría trabajos revisados ​​por pares, no preprints. ^{[ 11 ]} El sistema de enlaces entonces sin nombre, dirigido por editoriales, se convirtió poco después en CrossRef y en el sistema DOI más amplio . Varmus, Brown y otros, incluido Michael Eisen, fundaron la Public Library of Science ( PLoS ) en 2001, llegando a la conclusión de que "si realmente queremos cambiar la publicación de la investigación científica, debemos publicar nosotros mismos". ^{[ 12 ]}

Lanzado en febrero de 2000, el repositorio ha crecido rápidamente, ya que la Política de Acceso Público de los NIH está diseñada para que toda la investigación financiada por los Institutos Nacionales de la Salud (NIH) sea de libre acceso para cualquier persona. Además, muchas editoriales colaboran con los NIH para proporcionar acceso gratuito a sus trabajos. A finales de 2007, se promulgó la Ley de Asignaciones Consolidadas de 2008 (HR 2764), que incluía una disposición que obligaba a los NIH a modificar sus políticas y exigir la inclusión en PubMed Central de copias electrónicas completas de sus investigaciones revisadas por pares y los resultados de las investigaciones financiadas por los NIH. Estos artículos deben incluirse en un plazo de 12 meses desde su publicación. Esta es la primera vez que el gobierno de EE. UU. exige a una agencia que proporcione acceso abierto a la investigación, y representa una evolución de la política de 2005, en la que los NIH solicitaban a los investigadores que añadieran voluntariamente sus investigaciones a PubMed Central. ^{[ 13 ]}

La versión británica del sistema PubMed Central, denominada UK PubMed Central (UKPMC) , fue desarrollada por el Wellcome Trust y la Biblioteca Británica como parte de un grupo de nueve entidades financiadoras de investigación del Reino Unido. Este sistema se puso en marcha en enero de 2007. El 1 de noviembre de 2012, pasó a llamarse Europe PubMed Central . El miembro canadiense de la red internacional PubMed Central, PubMed Central Canada , se lanzó en octubre de 2009.

El lenguaje de marcado de artículos de revistas «NLM Journal Publishing Tag Set» de la Biblioteca Nacional de Medicina está disponible gratuitamente. ^{[ 14 ]} La Asociación de Editores de Sociedades Científicas y Profesionales comenta que «es probable que se convierta en el estándar para preparar contenido académico tanto para libros como para revistas». ^{[ 15 ]} Existe un DTD relacionado disponible para libros. ^{[ 16 ]} La Biblioteca del Congreso y la Biblioteca Británica han anunciado su apoyo al DTD de la NLM. ^{[ 17 ]} También ha sido popular entre los proveedores de servicios de revistas. ^{[ 18 ]}

Con la publicación de planes de acceso público para muchas agencias más allá de los NIH, PMC está en proceso de convertirse en el repositorio de una mayor variedad de artículos. ^{[ 19 ]} Esto incluye contenido de la NASA, con la interfaz denominada "PubSpace". ^{[ 20 ] [ 21 ]}

A diciembre de 2018 El archivo PMC contenía más de 5,2 millones de artículos, ^{[ 22 ]} con contribuciones de editores o autores que depositaban sus manuscritos en el repositorio según la Política de Acceso Público de los NIH . Datos anteriores muestran que de enero de 2013 a enero de 2014 los depósitos iniciados por los autores superaron los 103.000 artículos durante un período de 12 meses. ^{[ 23 ]} PMC identifica a unas 4.000 revistas que participan de alguna manera para depositar su contenido publicado en el repositorio PMC. ^{[ 24 ]} Algunos editores retrasan la publicación de sus artículos en PubMed Central durante un tiempo determinado después de la publicación, denominado "período de embargo", que varía de unos pocos meses a unos pocos años según la revista. (Los embargos de seis a doce meses son los más comunes). PubMed Central es un ejemplo clave de "distribución externa sistemática por un tercero", ^{[ 25 ]} que algunos editores pretenden prohibir mediante contratos privados.

Los editores envían los artículos a PubMed Central en formato XML o SGML , utilizando diversos DTD de artículos . Los editores más antiguos y grandes pueden tener sus propios DTD internos, pero muchos utilizan el DTD de publicación de revistas de la NLM (véase más arriba).

Los artículos recibidos se convierten mediante XSLT al formato DTD de intercambio y archivado de la NLM, muy similar. Este proceso puede revelar errores que se notifican al editor para su corrección. Los gráficos también se convierten a formatos y tamaños estándar. Tanto el original como el convertido se archivan. El formato convertido se traslada a una base de datos relacional, junto con los archivos asociados de gráficos, multimedia u otros datos relacionados. Muchos editores también proporcionan versiones en PDF de sus artículos, que se publican sin modificaciones. ^{[ 26 ]}

Las citas bibliográficas se analizan y se vinculan automáticamente con los resúmenes correspondientes en PubMed, los artículos en PubMed Central y los recursos en los sitios web de las editoriales. Los enlaces de PubMed también dirigen a PubMed Central. Las referencias que no se pueden resolver, como las de revistas o artículos específicos que aún no están disponibles en alguna de estas fuentes, se registran en la base de datos y se activan automáticamente cuando los recursos están disponibles.

Un sistema de indexación interno proporciona capacidad de búsqueda y reconoce la terminología biológica y médica , como los nombres genéricos frente a los nombres comerciales de los medicamentos , y los nombres alternativos de organismos, enfermedades y partes anatómicas.

Cuando un usuario accede a un número de una revista, se genera automáticamente un índice al recuperar todos los artículos, cartas, editoriales, etc., de dicho número. Al acceder a un elemento concreto, como un artículo, PubMed Central convierte el marcado NLM a HTML para su entrega y proporciona enlaces a los objetos de datos relacionados. Esto es posible gracias a que la variedad de datos entrantes se ha convertido previamente a DTD y formatos gráficos estándar.

En un proceso de envío independiente, los autores financiados por los NIH pueden depositar artículos en PubMed Central mediante el Sistema de Envío de Manuscritos de los NIH (NIHMS). Los artículos enviados de esta manera suelen pasar por un proceso de marcado XML para su conversión al formato DTD de la NLM.

Las reacciones a PubMed Central dentro de la comunidad de publicación académica varían desde un entusiasmo genuino por parte de algunos, ^{[ 27 ]} hasta una preocupación cautelosa por parte de otros. ^{[ 28 ]}

Si bien PMC es un socio bienvenido para los editores de acceso abierto por su capacidad para aumentar el descubrimiento y la difusión del conocimiento biomédico, esa misma verdad hace que otros se preocupen por la desviación del tráfico de la versión publicada oficial , las consecuencias económicas de una menor cantidad de lectores, así como el efecto en el mantenimiento de una comunidad de académicos dentro de las sociedades científicas. ^{[ 29 ] [ 30 ]} Un análisis de 2013 encontró evidencia sólida de que los repositorios públicos de artículos publicados eran responsables de "atraer a un número significativo de lectores de los sitios web de las revistas" y que "el efecto de PMC está creciendo con el tiempo". ^{[ 30 ]}

El estudio de Antelman sobre la publicación de acceso abierto encontró que en filosofía, ciencias políticas, ingeniería eléctrica y electrónica y matemáticas, los artículos de acceso abierto tuvieron un mayor impacto en la investigación. ^{[ 31 ]} Un ensayo aleatorio encontró un aumento en las descargas de contenido de artículos de acceso abierto, sin ventaja en las citas sobre el acceso por suscripción un año después de la publicación. ^{[ 32 ]}

La política de los NIH y el trabajo en materia de repositorios de acceso abierto inspiraron una directiva presidencial en 2013 que también impulsó la acción en otras agencias federales.

En marzo de 2020, PubMed Central aceleró sus procedimientos de depósito para el texto completo de las publicaciones sobre el coronavirus . La NLM lo hizo a petición de la Oficina de Política Científica y Tecnológica de la Casa Blanca y de científicos internacionales para mejorar el acceso de científicos, proveedores de atención médica, innovadores en minería de datos , investigadores de IA en el ámbito de la salud y el público en general. ^{[ 33 ]}

El PMCID ( identificador de PubMed Central ), también conocido como número de referencia PMC, es un identificador bibliográfico para la base de datos de acceso abierto PubMed Central, al igual que el PMID es el identificador bibliográfico para la base de datos PubMed . Sin embargo, ambos identificadores son distintos. Consiste en "PMC" seguido de una cadena de números. El formato es: ^{[ 34 ]}

• PMCID: PMC 1852221

Los autores que soliciten subvenciones de los NIH deben incluir el PMCID en su solicitud.

• PubMed Central de Europa
• JATS (tecnología)
• MEDLINE , una base de datos bibliográfica internacional de ciencias de la vida e información biomédica.
• PMID (Identificador de PubMed)
• PubMed Canadá Central
• Redalyc (proyecto similar centrado en América Latina)
• SciELO (servicio similar)

• Sitio web oficial