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Articulo de referencia

Centro Nacional de Informática Biomédica Integrativa

El Centro Nacional de Informática Biomédica Integrativa (NCIBI) es uno de los siete Centros Nacionales de Computación Biomédica financiados por la Hoja de Ruta para la Investiga...

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El Centro Nacional de Informática Biomédica Integrativa (NCIBI) es uno de los siete Centros Nacionales de Computación Biomédica financiados por la Hoja de Ruta para la Investigación Médica de los Institutos Nacionales de la Salud (NIH). [ 1 ] [ 2 ] El centro tiene su sede en la Universidad de Michigan y forma parte del Centro de Medicina Computacional y Bioinformática . La misión del NCIBI es crear entornos de conocimiento específicos para la investigación biomédica molecular, con el fin de orientar experimentos y generar nuevos conocimientos a partir del análisis de enfermedades complejas. Fue fundado en octubre de 2005.

El Centro desarrolla métodos computacionales para acceder e integrar eficazmente datos biológicos. Los Proyectos Biológicos Impulsores (PBI) constituyen el punto de partida para el desarrollo, lanzamiento y prueba de herramientas. Los PBI actuales incluyen la fusión genética en el cáncer, las principales complicaciones orgánicas de la diabetes , la nutrición y la obesidad , y las asociaciones de enfermedades comórbidas del trastorno bipolar . Además de probar la funcionalidad de las herramientas, un equipo independiente se dedica a evaluar su usabilidad e interacción con el usuario.

Una vez desarrolladas y validadas las herramientas, el Centro difunde datos y software en toda la Universidad y la comunidad de investigación biomédica en general. Se utilizan diversos mecanismos, como vídeos de capacitación, [ 3 ] tutoriales [ 4 ] y demostraciones y presentaciones en congresos científicos destacados, para compartir los datos y el software del NCIBI a nivel nacional e internacional. [ 5 ]

Herramientas disponibles

Además de las herramientas que se enumeran a continuación, los datos enriquecidos que contienen muchas bases de datos del NCIBI están disponibles en la pestaña Bases de datos de la página Pruebe nuestras herramientas. [ 6 ]

Análisis exploratorio

Búsqueda de literatura conceptual

Véase también

Notas

  1. ↑ Fondo Común de los NIH, Bioinformática y Biología Computacional
  2. ↑ Centros Nacionales de Computación Biomédica, Resumen
  3. ↑ Canal de YouTube de NCIBI
  4. ↑ Talleres virtuales de NCIBI
  5. ↑ Presentaciones de NCIBI
  6. ↑ Página de prueba de herramientas de NCIBI
  7. ^ Sartor, MA; Mahavisno, V.; Keshamouni, VG; Cavalcoli, J.; Wright, Z.; Karnovsky, A.; Kuick, R.; Jagadish, HV; Mirel, B. (2009). "ConceptGen: una herramienta de mapeo de relaciones y enriquecimiento de conjuntos de genes" . Bioinformática . 26 (4): 456– 63. doi : 10.1093/bioinformatics/btp683 . PMC 2852214 . PMID 20007254 .  
  8. ↑ Gao, J.; Tarcea, VG; Karnovsky, A.; Mirel, BR; Weymouth, TE; Beecher, CW; Cavalcoli, JD; Athey, BD; Omenn, GS (2010). "Metscape: un complemento de Cytoscape para visualizar e interpretar datos metabolómicos en el contexto de redes metabólicas humanas" . Bioinformatics . 26 ( 7): 971–3 . doi : 10.1093/bioinformatics/btq048 . PMC 2844990. PMID 20139469 .  
  9. ↑ Gao, J.; Ade, AS; Tarcea, VG; Weymouth, TE; Mirel, BR; Jagadish, HV; States, DJ (2008). " Integración y anotación del interactoma mediante el complemento MiMI para cytoscape" . Bioinformatics . 25 (1): 137–8 . doi : 10.1093/bioinformatics/btn501 . PMC 2638934. PMID 18812364 .  
  10. ↑ Tarcea, VG; Weymouth, T.; Ade, A.; Bookvich, A.; Gao, J.; Mahavisno, V.; Wright, Z.; Chapman, A.; Jayapandian, M. (2009). "Interacciones moleculares de Michigan r2: de proteínas interactuantes a vías metabólicas" . Nucleic Acids Research . 37 (número especial de base de datos): D642–6. doi : 10.1093/nar/gkn722 . PMC 2686565. PMID 18978014 .  
  11. ↑ States, DJ; Ade, AS; Wright, ZC; Bookvich, AV; Athey, BD (2009). "MiSearch herramienta de búsqueda adaptativa de PubMed" . Bioinformatics . 25 ( 7): 974– 6. doi : 10.1093/bioinformatics/btn033 . PMC 2660869. PMID 18326507 .  
  12. ↑ Xuan, Weijian; Dai, Manhong; Mirel, Barbara; Song, Jean; Athey, Brian; Watson, Stanley J; Meng, Fan (2009). "Exploración de Medline basada en ontología biomédica abierta" . BMC Bioinformatics . 10 (Supl. 5): S6. doi : 10.1186/1471-2105-10-S5-S6 . PMC 2679406. PMID 19426463 .  

Referencias

  • Shannon, P.; Markiel, A; Ozier, O; Baliga, NS; Wang, JT; Ramage, D; Amin, N; Schwikowski, B; Ideker, T (2003). "Cytoscape: Un entorno de software para modelos integrados de redes de interacción biomolecular" . Genome Research . 13 (11): 2498– 504. doi : 10.1101/gr.1239303 . PMC 403769. PMID 14597658 .  
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