NdeI

NdeI es una endonucleasa aislada de Neisseria denitrificans .

En biología molecular , se utiliza comúnmente como enzima de restricción .

Secuencia de reconocimiento de NdeI: ^{[ 1 ]}

5'CATATG 3'GTATAC

Los extremos generados por la digestión con NdeI:

5'---CA TATG---3' 3'---GTAT AC---5'

NdeI es una enzima de restricción específica de tipo II que corta secuencias objetivo específicas, a diferencia de las exonucleasas . ^{[ 2 ]} Esta enzima se utiliza en la clonación de genes para cortar marcos de lectura en el plásmido de ciertas bacterias como E. coli e insertar un gen extraño, como el gen gfpuv que codifica la biofluorescencia de la medusa Aequorea victoria .

NdeI es útil para generar construcciones de ADN heterólogas porque contiene el codón de inicio ATG. Por lo tanto, puede usarse en algunos vectores de expresión , como los de la serie de vectores pET, para la ligación del inicio de un gen al crear una construcción de expresión. ^{[ 3 ] [ 4 ]} Sin embargo, NdeI genera solo un saliente de dos bases y, por lo tanto, tiene una temperatura de fusión más baja que otras enzimas de restricción que generan un saliente de cuatro bases. ^{[ 2 ]} Tiene una eficiencia de ligación más baja , ^{[ 5 ]} ya que la ligación se ve afectada por la capacidad de los extremos para hibridar y un saliente de dos bases tiene una temperatura de fusión significativamente más baja en comparación con un saliente de cuatro bases. Por lo tanto, la ligación de los extremos generados por NdeI se realiza mejor con una mayor concentración de ligasa y un tiempo de ligación más prolongado, ya sea a temperatura ambiente, 14-16 ^° C, o a 4 ^° C.