Formato NeXML

NeXML es un estándar de intercambio para representar datos filoinformáticos. ^{[ 1 ]} Se inspiró en el formato de archivo Nexus, ampliamente utilizado , pero emplea XML para generar un formato más robusto para datos filogenéticos complejos. Entre sus ventajas se incluyen la validación de sintaxis, la anotación semántica y los servicios web. El formato cuenta con un amplio soporte y dispone de bibliotecas en muchos lenguajes de programación populares para bioinformática .

Características principales

Sintaxis basada en XML con validación de esquema formal
Compatibilidad con metadatos ricos y estructurados
Anotación semántica mediante vocabularios controlados y ontologías.
Representación explícita de árboles filogenéticos, matrices de caracteres y taxones.
Extensibilidad sin romper la compatibilidad con versiones anteriores.

Enlaces externos

Github de NeXML
Manual de NeXML

Referencias

↑ Vos, Rutger A.; Balhoff, James P.; Caravas, Jason A.; Holder, Mark T.; Lapp, Hilmar; Maddison, Wayne P.; Midford, Peter E.; Priyam, Anurag; Sukumaran, Jeet (2012-07-01). "NeXML: Representación rica, extensible y verificable de datos y metadatos comparativos" . Systematic Biology . 61 (4): 675– 689. doi : 10.1093/sysbio/ sys025 . ISSN 1063-5157 . PMC 3376374. PMID 22357728 .

[1] Vos, Rutger A.; Balhoff, James P.; Caravas, Jason A.; Holder, Mark T.; Lapp, Hilmar; Maddison, Wayne P.; Midford, Peter E.; Priyam, Anurag; Sukumaran, Jeet (2012-07-01). "NeXML: Representación rica, extensible y verificable de datos y metadatos comparativos" . Systematic Biology . 61 (4): 675– 689. doi : 10.1093/sysbio/ sys025 . ISSN 1063-5157 . PMC 3376374. PMID 22357728 .

[ 1 ]