Centro de intercambio de herramientas y recursos de informática de neuroimagen

El Laboratorio Colaborativo de Herramientas y Recursos de Neuroimagen ( NITRC , por sus siglas en inglés) es un entorno de conocimiento de informática de neuroimagen para herramientas y recursos de resonancia magnética, PET/SPECT, tomografía computarizada, electroencefalografía/megaquímica, imágenes ópticas, neuroinformática clínica, genómica de imágenes y neurociencia computacional.

Iniciado en 2006 y financiado actualmente por la subvención número 1R24EB029173 de los NIH , ^{[ 1 ] [ 2 ]} la misión de NITRC es proporcionar un entorno de conocimiento fácil de usar que permita la distribución, mejora y adopción de herramientas y recursos de neuroimagen y se ha expandido de la RM a la genómica de imágenes, EEG/MEG, PET/SPECT, TC, imágenes ópticas, neuroinformática clínica y neurociencia computacional. Con soporte para 143 000 visitas de página por mes, las más de 1000 herramientas y recursos de NITRC han sido descargados más de 11,4 millones de veces por 1,4 millones de usuarios.

El objetivo de NITRC es apoyar a los investigadores dedicados a mejorar, adoptar, distribuir y contribuir a la evolución de las herramientas y recursos de análisis de neuroimagen previamente financiados para un uso más amplio por parte de la comunidad. Al promover herramientas de software, flujos de trabajo, recursos, vocabularios, datos de prueba e imágenes preprocesadas generadas por la comunidad a través de su Repositorio de Imágenes (NITRC-IR), NITRC brinda a los investigadores un acceso mayor y más eficiente a las herramientas y recursos que necesitan; categoriza y organiza mejor las herramientas y recursos existentes mediante un vocabulario controlado ; facilita las interacciones entre investigadores y desarrolladores a través de foros, contacto directo por correo electrónico, calificaciones y reseñas; y promueve un mejor uso mediante una documentación mejorada.

Para satisfacer las diversas necesidades de los desarrolladores e investigadores en bioinformática de neuroimagen, NITRC ofrece funcionalidades colaborativas similares a las de plataformas como GitHub y SourceForge . Para ello, personalizamos el proyecto de código abierto GForge . De esta forma, dentro de NITRC, cada herramienta o recurso puede ofrecer contenido descriptivo y utilizar MediaWiki , CVS/SVN, seguimiento de errores, noticias y foros para distribuir información y descargas. Alojado en los servidores de NITRC y con enlaces a sitios web existentes, NITRC es la fuente de herramientas y recursos para la bioinformática de neuroimagen.

Lanzado en 2007 con un cronograma de programación ágil, el equipo de NITRC continúa priorizando e implementando mejoras funcionales y de diseño para hacer que el sitio web sea aún más accesible. A medida que se expande el alcance científico, también lo hacen los Servicios Mejorados de NITRC, que incluyen su Repositorio de Imágenes para apoyar el intercambio de datos de imágenes y su servicio de Entorno Computacional en Amazon Marketplace para apoyar la ejecución de análisis computacionales complejos de datos de imágenes. ^{[ 3 ]}

El conjunto de servicios del Centro de Intercambio de Herramientas y Recursos de Informática de Neuroimagen (NITRC, por sus siglas en inglés) incluye:

El Repositorio de Recursos del NITRC (NITRC-R) es el entorno de colaboración de referencia que permite la distribución, mejora y adopción a nivel mundial de herramientas y recursos de neuroinformática. El ámbito científico del NITRC-R incluye resonancia magnética, PET/SPECT, tomografía computarizada, electroencefalografía/magnesioencefalografía, imágenes ópticas, neuroinformática clínica, genómica de imágenes y, más recientemente, neurociencia computacional.

El repositorio de imágenes NITRC (NITRC-IR) , basado en XNAT, es un repositorio curado de imágenes escaneadas DICOM y NIfTI que se pueden buscar por metadatos como diagnóstico, lateralidad, género o grupo. Los conjuntos de datos de NITRC-IR incluyen: Conectomas funcionales, Intercambio de datos de imágenes cerebrales del autismo (ABIDE), Muestra, ADHD-200, Beijing Eyes Open Eyes Shut.

El entorno computacional NITRC (NITRC-CE) es un servicio virtual de computación de big data preconfigurado con herramientas populares de análisis de software de neuroimagen que permite el pago por uso del tiempo de computación. Utilizando AWS EC2 y NeuroDebian, NITRC-CE ^{[ 4 ]} y NITRC-CE para instancias de computación en clúster ^{[ 5 ]} están disponibles a través de AWS Marketplace. También está disponible una instancia de máquina de Amazon (AMI) pública.

La tríada de servicios de NITRC atiende a la comunidad global de investigación en neuroinformática, con el 64 % de sus usuarios provenientes de Estados Unidos, China, Alemania, Reino Unido y Canadá. Con más de 3,2 millones de páginas vistas y 747 000 visitas de 335 200 visitantes únicos, NITRC-R facilita el acceso a un número cada vez mayor de herramientas y recursos de neuroinformática (630). NITRC-IR ofrece 4800 temas que se pueden buscar en 9 proyectos para promover la reutilización e integración de estos valiosos datos compartidos. Con un promedio de 20 900 visitas y 76 200 páginas vistas por mes, el software y los datos de NITRC-R y NITRC-IR se han descargado más de 1,3 millones de veces. NITRC-CE proporciona una implementación simplificada de computación basada en la nube que admite FreeSurfer, FSL, AFNI y muchos otros recursos de software. En pruebas de procesamiento reales, un cálculo representativo que habría tardado 24 horas en un ordenador de sobremesa de alto rendimiento se realizó en un 25 % del tiempo (8 horas) con un coste de tan solo 4 dólares. La prueba consistió en un cálculo de morfometría basada en vóxeles (VBM) de FSL sobre 64 sujetos de CANDIShare, ejecutado en un  ordenador de sobremesa Mac Intel Xeon de 2,8 GHz frente a una instancia grande de AWS (m1.large) con paralelización SGE en 4 núcleos.

El NITRC está dirigido por la Facultad de Medicina de la Universidad de Massachusetts en Worcester, MA, y se construye y opera en colaboración con TCG, Inc. de Washington, DC; Preuss Enterprises, Inc., FL; y The Paulson Venture, CA. El NITRC-R y el NITRC-IR están alojados en el Centro de Investigación en Sistemas Biológicos de la Universidad de California, San Diego. Los miembros actuales del equipo son: David Kennedy y Christian Haselgrove, de la Facultad de Medicina de la Universidad de Massachusetts; Nina Preuss, PMP, de Preuss Enterprises Inc.; Matthew Travers y Al Crowley, de TCG, Inc.; y Abby Paulson, de The Paulson Venture.

• Lista de software de neuroimagen
• Lista de bases de datos de neurociencia

• Sitio web de NITRC-R
• Sitio web de NITRC-IR
• Sitio web de NITRC-CE