Articulo de referencia

Modelo de Novak-Tyson

El modelo de Novak-Tyson es un marco de dinámica no lineal desarrollado en el contexto del control del ciclo celular por Bela Novak y John J. Tyson . Es un modelo teórico muy ex...

El modelo de Novak-Tyson es un marco de dinámica no lineal desarrollado en el contexto del control del ciclo celular por Bela Novak y John J. Tyson . Es un modelo teórico muy extendido que describe una bifurcación histerética y biestable que se ha demostrado que presentan muchos sistemas biológicos.

Antecedentes históricos

Bela Novak y John Tyson provenían del Departamento de Biología del Instituto Politécnico y Universidad Estatal de Virginia en Blacksburg, Virginia , cuando este modelo se publicó por primera vez en el Journal of Cell Science en 1993. [ 1 ]

En 1990, se publicaron dos artículos clave que identificaron y caracterizaron importantes relaciones dinámicas entre la ciclina y el MPF en extractos de óvulos de rana detenidos en interfase . El primero fue el artículo de Solomon de 1990 en Cell , titulado "Activación de p34cdc2 por ciclina" y el segundo fue el artículo de Felix de 1990 en Nature , titulado "Desencadenamiento de la degradación de la ciclina en extractos de interfase de óvulos de anfibios de la quinasa cdc2". [ 2 ] [ 3 ] El artículo de Solomon mostró un umbral de concentración de ciclina distinto para la activación del MPF. [ 3 ] El artículo de Felix analizó la degradación de la ciclina B en estos extractos y encontró que el MPF degrada la ciclina B de manera dependiente de la concentración y con retardo temporal. [ 2 ]

En respuesta a estas observaciones, Norel y Agur , Goldbeter y Tyson publicaron tres modelos en competencia al año siguiente, 1991. [ 4 ] [ 5 ] [ 6 ] Todas estas teorías en competencia intentaron modelar las observaciones experimentales vistas en los artículos de 1990 con respecto a la red ciclina-MPF.

El modelo de Norel y Agur

El modelo de Norel y Agur propone un mecanismo en el que la ciclina impulsa catalíticamente la producción de MPF, que a su vez se autocataliza. [ 4 ] Este modelo asume que el MPF activa la degradación de la ciclina a través de la activación de APC y desacopla la degradación de la ciclina de la destrucción del MPF. [ 4 ] Sin embargo, este modelo no puede recrear la relación de actividad del MPF dependiente de la ciclina observada en el artículo de Solomon de 1990, ya que no muestra un nivel máximo de estado estacionario de la actividad del MPF. [ 7 ]

Modelo Goldbeter

Goldbeter propuso un modelo donde la ciclina también activa catalíticamente el MPF, pero sin un bucle de retroalimentación positiva autocatalítica . [ 5 ] El modelo describe un proceso de dos pasos, donde el MPF primero activa el APC, y luego el APC impulsa la degradación de la ciclina. [ 5 ] Al graficar la actividad del MPF con respecto a la concentración de ciclina, el modelo muestra una forma sigmoidal , con una región umbral hipersensible similar a la observada por Solomon. [ 7 ] Sin embargo, este modelo representa un comportamiento de meseta asintótica efectiva en concentraciones de ciclina por encima del umbral, mientras que la curva observada muestra un aumento constante en la actividad del MPF en concentraciones de ciclina por encima del umbral. [ 7 ]

Modelo Tyson

En el modelo de Tyson de 1991, la ciclina es un activador estequiométrico de Cdc2 , ya que se une a Cdc2 fosforilada para formar preMPF, que es activada por Cdc25 para generar MPF. [ 6 ] Debido a que Cdc25 también es activada por MPF, la conversión de preMPF a MPF activa es un proceso autoamplificador en este modelo. [ 6 ] Tyson omitió el papel de MPF en la activación del APC, asumiendo que solo una forma fosforilada de ciclina se degradaba rápidamente. [ 7 ] El modelo de Tyson predice una curva en forma de S, que es fenotípicamente consistente con los resultados experimentales de Solomon. Sin embargo, este modelo genera un comportamiento adicional de punto de inflexión inferior en la curva S que implica histéresis cuando se interpreta como un umbral. [ 7 ]

El modelo de Novak-Tyson, publicado por primera vez en el artículo titulado "Análisis numérico de un modelo integral del control de la fase M en extractos de ovocitos y embriones intactos de Xenopus", se basa en los modelos de Goldbeter y Tyson de 1991 para generar una teoría unificadora que englobe la dinámica observada de la relación ciclina-MPF. [ 1 ]

Modelo

El modelo propone un conjunto complejo de relaciones de retroalimentación que se definen matemáticamente mediante una serie de constantes de velocidad y ecuaciones diferenciales ordinarias. Emplea conceptos vistos en modelos anteriores como la unión estequiométrica de Cdc2 y ciclina B, bucles de retroalimentación positiva a través de Cdc25 y Wee1 , y activación retardada por MPF del APC, pero incluye reacciones adicionales como la de Wee1 y Cdc25. [ 7 ] El resultado es un sistema dinámico no lineal con una curva en forma de S similar a la del modelo de Tyson de 1991. [ 7 ] En el proceso, este modelo hace cuatro predicciones clave.

Histéresis biestable discontinua

Según el modelo de Novak-Tyson, en lugar de describir las observaciones de Solomon como un interruptor sigmoidal como se observa en el modelo de Goldbeter, el comportamiento umbral de la actividad MPF dependiente de la concentración de ciclina es, en cambio, una discontinuidad de un sistema biestable. [ 1 ] Además, debido a la dinámica en forma de S, el modelo de Novak-Tyson predice que el umbral de concentración de ciclina para la activación es mayor que el umbral de concentración de ciclina para la inactivación; es decir, este modelo predice un comportamiento dinámicamente histerético. [ 1 ]

Ralentización crítica

Dado que el modelo de Novak-Tyson predice que el umbral observado es en realidad una discontinuidad en la dinámica del sistema, predice además un comportamiento de ralentización crítica cerca del umbral, que es un comportamiento característico de los sistemas biestables discontinuos. [ 1 ]

Regulación bioquímica

Dado que el modelo predice que la activación del MPF en la transición de interfase a mitosis está regida por el punto de inflexión de una curva en forma de S, Novak y Tyson sugieren que las señales de control que retrasan la transición desplazan bioquímicamente el punto de inflexión hacia valores mayores de concentración de ciclina B. [ 1 ]

Regulación de la fosfatasa

Novak y Tyson predicen que el ADN no replicado interfiere con el inicio de la fase M al activar las fosfatasas que se oponen al MPF en los bucles de retroalimentación positiva. [ 1 ] Esta predicción sugiere un posible papel de las fosfatasas de serina/treonina reguladas en el control del ciclo celular. [ 7 ]

Validación del modelo

En el momento de su publicación, las predicciones del artículo no habían sido probadas experimentalmente y se basaban únicamente en las vías de señalización y el modelado matemático propuestos por Novak y Tyson. Sin embargo, desde entonces, dos artículos han validado experimentalmente tres de las cuatro predicciones mencionadas anteriormente: la histéresis biestable discontinua, la ralentización crítica y la regulación bioquímica. [ 8 ] [ 9 ]

Debilidades

Según Novak y Tyson, este modelo, al igual que cualquier modelo biológicamente detallado y basado en cálculos matemáticos, depende en gran medida de la estimación de parámetros , especialmente dada la complejidad matemática de este modelo en particular. En última instancia, estos parámetros se ajustan a datos experimentales, lo cual es inherentemente susceptible a la variabilidad en la fiabilidad de los distintos experimentos que miden diversos parámetros.

Referencias

  1. 1 2 3 4 5 6 7 Novak, B.; Tyson, JJ (diciembre de 1993). "Análisis numérico de un modelo integral de control de la fase M en extractos de ovocitos de Xenopus y embriones intactos". Journal of Cell Science . 106 ( Pt 4) (4): 1153– 1168. doi : 10.1242/jcs.106.4.1153 . ISSN 0021-9533 . PMID 8126097 .  
  2. 1 2 Félix, Marie-Anne; Labbé, Jean-Claude; Dorée, Marcel; Hunt, Tim; Karsenti, Eric (julio de 1990). "Desencadenamiento de la degradación de ciclina en extractos de interfase de huevos de anfibios por la quinasa cdc2". Nature . 346 ( 6282): 379– 382. Bibcode : 1990Natur.346..379F . doi : 10.1038/346379a0 . ISSN 0028-0836 . PMID 2142754. S2CID 59267 .   
  3. 1 2 Solomon, MJ; Glotzer, M.; Lee, TH; Philippe, M.; Kirschner, MW (1990-11-30). "Activación de p34cdc2 por ciclina". Cell . 63 (5): 1013– 1024. doi : 10.1016/0092-8674(90)90504-8 . ISSN 0092-8674 . PMID 2147872 . S2CID 26120437 .   
  4. 1 2 3 Norel, R.; Agur, Z. (1991-03-01). "Un modelo para el ajuste del reloj mitótico por los niveles de ciclina y MPF". Science . 251 (4997): 1076– 1078. Bibcode : 1991Sci...251.1076N . doi : 10.1126/science.1825521 . ISSN 0036-8075 . PMID 1825521 .  
  5. 1 2 3 Goldbeter, A. (1991-10-15). "Un modelo de cascada mínimo para el oscilador mitótico que involucra ciclina y quinasa cdc2" . Actas de la Academia Nacional de Ciencias de los Estados Unidos de América . 88 (20): 9107– 9111. Bibcode : 1991PNAS...88.9107G . doi : 10.1073/pnas.88.20.9107 . ISSN 0027-8424 . PMC 52661. PMID 1833774 .   
  6. 1 2 3 Tyson, JJ (1991-08-15). "Modelado del ciclo de división celular: interacciones de cdc2 y ciclina" . Actas de la Academia Nacional de Ciencias de los Estados Unidos de América . 88 (16): 7328– 7332. Bibcode : 1991PNAS...88.7328T . doi : 10.1073 / pnas.88.16.7328 . ISSN 0027-8424 . PMC 52288. PMID 1831270 .   
  7. 1 2 3 4 5 6 7 8 Tyson, John J.; Novák, Béla (diciembre de 2015). "Modelos en biología: lecciones de la modelización de la regulación del ciclo celular eucariota" . BMC Biology . 13 (1): 46. doi : 10.1186/s12915-015-0158-9 . ISSN 1741-7007 . PMC 4486427. PMID 26129844 .   
  8. Sha, Wei; Moore, Jonathan; Chen, Katherine; Lassaletta, Antonio D.; Yi, Chung-Seon; Tyson, John J.; Sible, Jill C. (2003-02-04). "La histéresis impulsa las transiciones del ciclo celular en extractos de óvulos de Xenopus laevis" . Actas de la Academia Nacional de Ciencias de los Estados Unidos de América . 100 (3): 975– 980. Bibcode : 2003PNAS..100..975S . doi : 10.1073/pnas.0235349100 . ISSN 0027-8424 . PMC 298711. PMID 12509509 .   
  9. Pomerening, Joseph R.; Sontag, Eduardo D.; Ferrell, James E. (abril de 2003). "Construyendo un oscilador del ciclo celular: histéresis y biestabilidad en la activación de Cdc2". Nature Cell Biology . 5 (4): 346– 351. doi : 10.1038/ncb954 . ISSN 1465-7392 . PMID 12629549. S2CID 11047458 .