Base de datos de orientaciones de proteínas en membranas

La base de datos Orientations of Proteins in Membranes ( OPM ) proporciona las posiciones espaciales de las estructuras de proteínas de membrana con respecto a la bicapa lipídica . ^{[ 1 ] [ 2 ] [ 3 ] [ 4 ]} Las posiciones de las proteínas se calculan utilizando un modelo de solvatación implícita de la bicapa lipídica. ^{[ 5 ] [ 6 ]} Los resultados de los cálculos se verificaron con estudios experimentales de la disposición espacial de proteínas transmembrana y periféricas en membranas. ^{[ 4 ] [ 7 ] [ 8 ] [ 9 ] [ 10 ] [ 11 ] [ 12 ]}

Las estructuras de las proteínas se obtienen del Protein Data Bank . OPM también proporciona la clasificación estructural de las proteínas asociadas a la membrana en familias y superfamilias, la topología de la membrana , la estructura cuaternaria de las proteínas en estado unido a la membrana y el tipo de membrana de destino para cada proteína. Los archivos de coordenadas con los límites de membrana calculados se pueden descargar. El sitio permite visualizar las estructuras de las proteínas con los planos de los límites de membrana mediante Jmol .

La base de datos se utilizó ampliamente en estudios experimentales y teóricos de proteínas asociadas a membranas. ^{[ 13 ] [ 14 ] [ 15 ] [ 16 ] [ 17 ]} Sin embargo, las estructuras de muchas proteínas asociadas a membranas no se incluyen en la base de datos si su disposición espacial en la membrana no se puede predecir computacionalmente a partir de la estructura tridimensional. Este es el caso cuando faltan todas las partes de anclaje a la membrana de las proteínas ( hélices alfa anfifílicas , residuos no polares expuestos o residuos de aminoácidos lipidados ) en las estructuras experimentales. ^{[ 4 ]} La base de datos tampoco incluye estructuras de menor resolución con solo átomos de la cadena principal proporcionadas por el Protein Data Bank . Las disposiciones espaciales calculadas de las estructuras de proteínas de menor resolución en la bicapa lipídica se pueden encontrar en otros recursos, como PDBTM. ^{[ 18 ]}