OctaDist

OctaDist es un programa informático para cristalografía y química inorgánica . Se utiliza principalmente para calcular parámetros de distorsión de complejos de coordinación , como complejos de transición de espín (SCO), complejos metálicos magnéticos y estructuras metalorgánicas (MOF).

El programa se desarrolla y mantiene en una colaboración internacional entre los miembros de la Unidad de Investigación de Química Computacional de la Universidad de Thammasat , ^{[ 1 ]} el Centro de Excelencia de Materiales Funcionales y Nanotecnología de la Universidad de Walailak ^{[ 2 ]} y el grupo de Moléculas y Materiales Conmutables de la Universidad de Burdeos . ^{[ 3 ]}

OctaDist está escrito íntegramente en Python , utilizando el kit de herramientas de interfaz gráfica de usuario Tkinter . Está disponible para Windows , macOS y Linux . Es software libre y de código abierto , distribuido bajo la Licencia Pública General GNU (GPL) 3.0.

Habilidades estándar

Las siguientes son las características principales ^{[ 4 ]} de la última versión de OctaDist:

Análisis de distorsión estructural
- Determinación de la geometría molecular octaédrica distorsionada regular e irregular
- Parámetros de distorsión octaédrica ^{[ 5 ]}^{[ 6 ]}^{[ 7 ]}
- Volumen del octaedro
- Parámetro de distorsión de inclinación para el complejo de perovskita ^{[ 8 ]}
Gráficos moleculares
- Modelado 3D de estructuras complejas
- Visualización de las ocho caras del octaedro
- Proyección ortogonal atómica y plano de proyección
- Caras triangulares retorcidas
- Superposición molecular (Overlay)
Otros servicios públicos
- Lenguaje de scripting
- Área superficial de las caras del octaedro
- Parámetros de distorsión de Jahn-Teller ^{[ 9 ]}
- Desviación cuadrática media de las posiciones atómicas

Capacidades

Procesos de uso sencillos y flexibles
Multiplataforma para sistemas de 32 y 64 bits.
Interfaz gráfica de usuario (GUI)
Interfaz de línea de comandos (CLI)
Código de scripting interactivo y fácil de usar
Configuración del programa ajustable por el usuario
En la cima de enormes y complicados complejos
Compatibilidad con varios programas de química computacional , incluidos Gaussian , Q-Chem , ORCA y NWChem.

Véase también

Lista de software de química cuántica y física del estado sólido

Referencias

↑ "Página principal de la Unidad de Investigación de Química Computacional" . sites.google.com/site/compchem403 .
↑ "Página principal del Centro de Excelencia en Materiales Funcionales y Nanotecnología" . www.funtechwu.com .
↑ "Página principal del grupo de Moléculas y Materiales Conmutables" . www.icmcb-bordeaux.cnrs.fr/spip.php?rubrique85 .
↑ "Características de OctaDist" . octadist.github.io/features.html .
↑ Buron-Le Cointe, M.; H´ebert, J.; Bald´e, C.; Moisan, N.; Toupet, L.; Guionneau, P.; L´etard, JF; Freysz, E.; Cailleau, H.; Collet, E. (1 de febrero de 2012). "Control intermolecular de fenómenos de conmutación térmica y fotoquímica en dos polimorfos de cruce de espín" (PDF) . Physical Review B. 85 ( 6) 064114. Bibcode : 2012PhRvB..85f4114B . doi : 10.1103/PhysRevB.85.064114 .
↑ McCusker, JK; Rheingold, AL; Hendrickson, DN (27 de marzo de 1996). "Estudios a temperatura variable del cruce intersistemas 5T2 f 1A1 iniciado por láser en complejos de cruce de espín: correlaciones empíricas entre parámetros de activación y estructura del ligando en una serie de complejos ferrosos polipiridílicos". Química inorgánica . 35 (7): 2100– 2112. doi : 10.1021/ic9507880 .
↑ Marchivie, M.; Guionneau, P.; LeÂtard, J.-F.; Chasseau, D. (2005). "Transición de espín fotoinducida: el papel de la distorsión del entorno del hierro(II)". Acta Crystallographica Section B . 61 (Pt 1): 25– 8. doi : 10.1107/S0108768104029751 . PMID 15659854 .
↑ Alonso, JA; Martínez-Lope, MJ; Casais, MT; Fernández-Díaz, MT (11 de febrero de 2000). "Evolución de la distorsión de Jahn-Teller de octaedros de MnO6 en perovskitas RMnO3 (R ) Pr, Nd, Dy, Tb, Ho, Er, Y): un estudio de difracción de neutrones". Química Inorgánica . 39 (5): 917– 923. doi : 10.1021/ic990921e . PMID 12526369 .
↑ Holland, JM; McAllister, JA; Kilner, CA; Thornton-Pett, M.; Bridgeman, AJ; Halcrow, MA (28 de enero de 2002). "Efectos estereoquímicos en la transición del estado de espín mostrados por sales de [FeL2 ]2ⴙ [L ⴝ 2,6-di(pirazol-1-il)piridina]". Journal of the Chemical Society, Dalton Transactions : 548– 554. doi : 10.1039/B108468M .

Enlaces externos

Sitio web oficial de OctaDist
OctaDist en el repositorio de Github
Paquete OctaDist de PyPI
OctaDist en el archivo de software de la IUCr

[1] "Página principal de la Unidad de Investigación de Química Computacional" . sites.google.com/site/compchem403 .

[2] "Página principal del Centro de Excelencia en Materiales Funcionales y Nanotecnología" . www.funtechwu.com .

[3] "Página principal del grupo de Moléculas y Materiales Conmutables" . www.icmcb-bordeaux.cnrs.fr/spip.php?rubrique85 .

[4] "Características de OctaDist" . octadist.github.io/features.html .

[5] Buron-Le Cointe, M.; H´ebert, J.; Bald´e, C.; Moisan, N.; Toupet, L.; Guionneau, P.; L´etard, JF; Freysz, E.; Cailleau, H.; Collet, E. (1 de febrero de 2012). "Control intermolecular de fenómenos de conmutación térmica y fotoquímica en dos polimorfos de cruce de espín" (PDF) . Physical Review B. 85 ( 6) 064114. Bibcode : 2012PhRvB..85f4114B . doi : 10.1103/PhysRevB.85.064114 .

[6] McCusker, JK; Rheingold, AL; Hendrickson, DN (27 de marzo de 1996). "Estudios a temperatura variable del cruce intersistemas 5T2 f 1A1 iniciado por láser en complejos de cruce de espín: correlaciones empíricas entre parámetros de activación y estructura del ligando en una serie de complejos ferrosos polipiridílicos". Química inorgánica . 35 (7): 2100– 2112. doi : 10.1021/ic9507880 .

[7] Marchivie, M.; Guionneau, P.; LeÂtard, J.-F.; Chasseau, D. (2005). "Transición de espín fotoinducida: el papel de la distorsión del entorno del hierro(II)". Acta Crystallographica Section B . 61 (Pt 1): 25– 8. doi : 10.1107/S0108768104029751 . PMID 15659854 .

[8] Alonso, JA; Martínez-Lope, MJ; Casais, MT; Fernández-Díaz, MT (11 de febrero de 2000). "Evolución de la distorsión de Jahn-Teller de octaedros de MnO6 en perovskitas RMnO3 (R ) Pr, Nd, Dy, Tb, Ho, Er, Y): un estudio de difracción de neutrones". Química Inorgánica . 39 (5): 917– 923. doi : 10.1021/ic990921e . PMID 12526369 .

[9] Holland, JM; McAllister, JA; Kilner, CA; Thornton-Pett, M.; Bridgeman, AJ; Halcrow, MA (28 de enero de 2002). "Efectos estereoquímicos en la transición del estado de espín mostrados por sales de [FeL2 ]2ⴙ [L ⴝ 2,6-di(pirazol-1-il)piridina]". Journal of the Chemical Society, Dalton Transactions : 548– 554. doi : 10.1039/B108468M .

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