Olex2

Olex ^{[ 1 ] [ 2 ]} y Olex2 ^{[ 3 ] [ 4 ]} son ​​programas versátiles para la investigación cristalográfica . Olex fue un proyecto de investigación desarrollado durante un doctorado para implementar el análisis topológico (como conectividad) de estructuras químicas poliméricas y aún se utiliza ampliamente en todo el mundo. Olex2 es un proyecto de código abierto cuyo código C++ es portable a Windows , Mac y Linux . Si bien ambos proyectos comparten el nombre, no están relacionados a nivel de código fuente .

El programa Olex está diseñado para el análisis de redes estructurales extendidas. Solo funciona en sistemas Windows y el código fuente está disponible únicamente bajo petición. Permite empaquetar la estructura, construir la red topológica y evaluar las redes de Schläfli ^{[ 5 ]} y los símbolos de vértice ^{[ 6 ] [ 7 ]} , así como generar imágenes rasterizadas del modelo visible en pantalla. Este tipo de análisis de redes topológicas se realiza normalmente para determinar la relevancia de las estructuras consideradas y, posiblemente, predecir las propiedades físicas del material investigado.

Olex2 es un software de código abierto relativamente maduro ^{[ 8 ] [ 9 ]} con licencia BSD que proporciona herramientas para la resolución de estructuras cristalográficas, refinamiento y preparación de informes finales. Todavía se encuentra en fase de desarrollo activo. Olex2 proporciona numerosas herramientas para el análisis y la publicación de estructuras, incluyendo mapas de Fourier , cálculo y visualización de huecos, determinación del grupo espacial, cálculo de desviaciones estándar para casi cualquier parámetro geométrico posible, conversión de CIF a HTML y otros formatos de documento, colocación de átomos de hidrógeno y muchas otras. Olex2 también puede proporcionar la salida gráfica final como imágenes rasterizadas o PostScript , Ortep ^{[ 10 ]} o salida POV-Ray .

La interfaz gráfica de usuario (GUI) independiente para la plataforma Olex2 la proporciona wxWidgets. ^{[ 11 ]} Olex2 tiene una interfaz extendida basada en HTML , mejorada por Pillow ^{[ 12 ]} y gráficos OpenGL . El software se proporciona como binarios precompilados para Windows, Mac y Linux, así como en forma de código fuente. Se proporcionan varios scripts de compilación ( SCons , CMake y make ) para ayudar con el desarrollo de Olex2, pero solo SCons es compatible y se utiliza para cada actualización de versión. Cualquier problema o error debe informarse a los responsables del soporte, ahora bajo OlexSys Ltd. ^{[ 13 ]}

Como interfaz gráfica de usuario (GUI), Olex2 se compone de dos elementos: el núcleo de Olex2, escrito en C++, que expone el modelo subyacente a la GUI, la cual se basa principalmente en código Python. Esta separación permite extender Olex2 con scripts personalizados y que el usuario aproveche su funcionalidad en diversos niveles, como operaciones de indexación de Miller, manipulación de archivos y muchas otras.

Olex2 proporciona un conjunto de extensiones comerciales:

• 3DPlus: proporciona una forma de generar archivos STL, VRML y PLY para impresión 3D.
• ReportPlus: informes de determinación de estructura de aspecto profesional que incluyen la capacidad de combinar estructuras.

http://www.olexsys.org