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OpenBUGS

OpenBUGS es una aplicación de software para el análisis bayesiano de modelos estadísticos complejos mediante métodos de Monte Carlo de cadena de Markov (MCMC). OpenBUGS es la va...

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OpenBUGS es una aplicación de software para el análisis bayesiano de modelos estadísticos complejos mediante métodos de Monte Carlo de cadena de Markov (MCMC). OpenBUGS es la variante de código abierto de WinBUGS ( Bayesian inference Using Gibbs Sampling ). Se ejecuta en Microsoft Windows y Linux , así como dentro del paquete estadístico R. Las versiones a partir de la v3.0.7 se han diseñado para ser al menos tan eficientes y fiables como WinBUGS en diversas aplicaciones de prueba. [ 1 ]

Diferencias con WinBUGS

Además de la diferente licencia y la mayor variedad de sistemas operativos, una diferencia fundamental entre OpenBUGS y WinBUGS radica en la forma en que el sistema experto selecciona el algoritmo de actualización que se utilizará para la clase de distribución condicional completa de cada nodo. Mientras que WinBUGS define un algoritmo para cada clase posible, OpenBUGS no tiene límite en la cantidad de algoritmos que puede utilizar, lo que permite una mayor flexibilidad y extensibilidad. [ 1 ] [ 2 ] El usuario puede seleccionar el actualizador que se utilizará para cada nodo después de la compilación. En el sitio web de OpenBUGS se detallan otras diferencias. [ 3 ]

Lenguaje de programación

El código fuente de OpenBUGS está escrito en el lenguaje de programación Component Pascal y depende de las bibliotecas Component Pascal proporcionadas por Oberon Microsystems como parte del Blackbox Component Framework . Las herramientas de desarrollo son de código abierto. Los binarios de la versión actual de OpenBUGS están disponibles para Microsoft Windows, y la versión anterior para Linux ; también puede ejecutarse con WINE para Linux. Los problemas de instalación, desarrollo y uso se discuten en el foro de OpenBUGS.

Los intentos de portar OpenBUGS a Java con el componente Gardens Point Pascal fueron abandonados en favor de una nueva implementación portátil llamada JAGS .

El lenguaje BUGS es el que especifica el código del modelo. OpenBUGS lo analiza y, a continuación, crea un ejecutable (código compilado) que, al ejecutarse, genera una muestra de la distribución posterior .

OpenBUGS fue diseñado para funcionar junto con S-Plus [ 4 ] y el lenguaje BUGS es similar al lenguaje de programación S. OpenBUGS funciona bien con R ; los paquetes R2OpenBUGS o BRugs proporcionan cierta interoperabilidad, y los módulos de R ayudan a realizar análisis más profundos.

Referencias

  1. 1 2 Thomas, Neal (20 de enero de 2010). "Descripción general" . Sitio web de OpenBUGS . Archivado del original el 21 de diciembre de 2013. Recuperado el 9 de octubre de 2010 .
  2. ↑ Lunn, D.; Spiegelhalter, D.; Thomas, A.; Best, N. (2009). "El proyecto BUGS: Evolución, crítica y direcciones futuras" . Statistics in Medicine . 28 (25): 3049– 3067. doi : 10.1002/sim.3680 . PMID 19630097 . 
  3. ↑ Thomas, Neal (5 de octubre de 2010). "Cambios entre WinBUGS y OpenBUGS" . Sitio web de OpenBUGS . Archivado del original el 21 de diciembre de 2013. Recuperado el 9 de octubre de 2010 .
  4. ↑ "Manual de BUGS 0.5, fecha 14-08-1996" (PDF) . Archivado del original (PDF) el 8 de mayo de 2007. Recuperado el 12 de mayo de 2009 .
  • OpenBugs en la Universidad de Cambridge
  • Dado que el antiguo sitio web oficial de openbugs.net está fuera de línea desde 2021, se puede encontrar una copia del código fuente en Github/openbugs , pero el desarrollo parece haberse trasladado a MultiBugs con su código fuente , también en GitHub como se indica en la página de Desarrollos futuros que aún se puede encontrar en Internet Archive .