MM abierto

OpenMM es una biblioteca para realizar simulaciones de dinámica molecular en una amplia variedad de arquitecturas de hardware. Lanzada por primera vez en enero de 2010, ^[1] fue escrita por Peter Eastman en el laboratorio Vijay S. Pande de la Universidad de Stanford . Es notable por su implementación en el núcleo core22 del proyecto Folding@home . Core22, también desarrollado en el laboratorio Pande, utiliza OpenMM para realizar simulaciones de dinámica de proteínas en GPU a través de CUDA y OpenCL . Durante la pandemia de COVID-19 , se estimó que un pico de 280.000 GPU ejecutaban OpenMM a través de core22. ^[3]

Características

OpenMM tiene una API de C++ y un contenedor de Python . Los desarrolladores pueden personalizar los campos de fuerza y los integradores para el control de simulación de bajo nivel. Los usuarios que solo requieren un control de alto nivel de sus simulaciones pueden usar campos de fuerza integrados (que consisten en muchos campos de fuerza de uso común ) e integradores integrados como Langevin , Verlet , Nosé–Hoover y Brownian .

Véase también

Referencias

^ ab "SimTK: OpenMM: Descargas". SimTK . 2020-12-10 . Consultado el 2022-09-09 .
^ "Lanzamiento de OpenMM 8.0.0 · openmm/openmm". GitHub . 2023-01-31 . Consultado el 2023-02-08 .
^ Zimmerman, Maxwell I.; Porter, Justin R.; Ward, Michael D.; Singh, Sukrit; Vithani, Neha; Meller, Artur; Mallimadugula, Upasana L.; Kuhn, Catherine E.; Borowsky, Jonathan H.; Wiewiora, Rafal P.; Hurley, Matthew FD; Harbison, Aoife M.; Fogarty, Carl A.; Coffland, Joseph E.; Fadda, Elisa; Voelz, Vincent A.; Chodera, John D.; Bowman, Gregory R. (24 de mayo de 2021). "Las simulaciones del SARS-CoV-2 se vuelven a exaescala para predecir la apertura dramática de picos y los bolsillos crípticos en todo el proteoma". Nature Chemistry . 13 (7). Springer Science and Business Media LLC: 651–659. doi : 10.1038/s41557-021-00707-0 . ISSN 1755-4330. PMC 8249329 .

[SimTK_2020-1] "SimTK: OpenMM: Descargas". SimTK . 2020-12-10 . Consultado el 2022-09-09 .

[GitHub_2023-2] "Lanzamiento de OpenMM 8.0.0 · openmm/openmm". GitHub . 2023-01-31 . Consultado el 2023-02-08 .

[Zimmerman_Porter_Ward_Singh_pp._651–659-3] Zimmerman, Maxwell I.; Porter, Justin R.; Ward, Michael D.; Singh, Sukrit; Vithani, Neha; Meller, Artur; Mallimadugula, Upasana L.; Kuhn, Catherine E.; Borowsky, Jonathan H.; Wiewiora, Rafal P.; Hurley, Matthew FD; Harbison, Aoife M.; Fogarty, Carl A.; Coffland, Joseph E.; Fadda, Elisa; Voelz, Vincent A.; Chodera, John D.; Bowman, Gregory R. (24 de mayo de 2021). "Las simulaciones del SARS-CoV-2 se vuelven a exaescala para predecir la apertura dramática de picos y los bolsillos crípticos en todo el proteoma". Nature Chemistry . 13 (7). Springer Science and Business Media LLC: 651–659. doi : 10.1038/s41557-021-00707-0 . ISSN 1755-4330. PMC 8249329 .