Abrir Babel

Open Babel es un software gratuito de informática química diseñado para facilitar la conversión de formatos de archivos químicos y gestionar datos moleculares. ^{[ 3 ]} Funciona como un sistema experto químico , ampliamente utilizado en campos como la quimioinformática , el modelado molecular y la química computacional . Open Babel proporciona una biblioteca completa y utilidades de línea de comandos, lo que lo convierte en una herramienta versátil para investigadores, desarrolladores y profesionales. ^{[ 4 ]}

Debido a su estrecha relación con la informática, este programa pertenece más a la categoría de quimioinformática que a la de modelado molecular . Está disponible para Windows , Unix , Linux , macOS y Android . Es software libre y de código abierto , distribuido bajo la Licencia Pública General GNU (GPL) 2.0.

El objetivo declarado del proyecto es: "Open Babel es un proyecto científico impulsado por la comunidad que ayuda tanto a usuarios como a desarrolladores como un programa y biblioteca multiplataforma diseñado para dar soporte al modelado molecular, la química y muchas áreas relacionadas, incluida la interconversión de formatos de archivo y datos".

Open Babel y JOELib derivaron de la biblioteca de quimioinformática OELib . A su vez, OELib se basó en ideas del programa de química original Babel y en una biblioteca de programación orientada a objetos no publicada llamada OBabel .

• sistema experto químico
• interconversión de muchos formatos de archivos químicos
• Búsqueda de subestructuras , basada en el sistema simplificado de entrada lineal molecular (SMILES)
• cálculo de huellas dactilares
• Generación de coordenadas 3D ^{[ 5 ]}
• envoltorios para Python , Perl , Java , Ruby , C# ^{[ 6 ]}

En quimioinformática, Open Babel facilita la gestión de datos moleculares mediante la búsqueda de subestructuras y el cálculo de huellas moleculares. Estas funcionalidades permiten el análisis de similitudes, la agrupación de conjuntos de datos y la organización eficiente de bibliotecas químicas, lo que lo hace idóneo para flujos de trabajo a gran escala.

En el descubrimiento de fármacos, Open Babel facilita tareas como la preparación de bibliotecas químicas para el cribado virtual de alto rendimiento y la estandarización de formatos moleculares para el diseño de fármacos basado en la estructura. La capacidad del software para generar coordenadas moleculares 3D y calcular descriptores moleculares resulta especialmente valiosa para predecir propiedades como la solubilidad, la reactividad y la toxicidad. ^{[ 7 ]}

• Avogadro : constructor y editor molecular basado en Open Babel.
• Ghemical : programa de mecánica molecular basado en Open Babel.
• JOELib – Versión Java de Open Babel y OELib
• XDrawChem – Programa de dibujo 2D basado en Open Babel
• Comparación de software para modelado de mecánica molecular
• Obelisco Azul ^{[ 8 ]}
• Lista de paquetes de software gratuitos y de código abierto

• Sitio web oficial
• E-BABEL : versión interactiva de Open Babel en el Laboratorio Virtual de Química Computacional.
• chemCast Episodio 003 : Geoff Hutchison, desarrollador principal del proyecto, fue entrevistado en el podcast.