Orac (programa de medicina)

En software informático , Orac es un programa clásico de dinámica molecular para simular sistemas moleculares complejos a nivel atómico. Entre 1989 y 1990, Massimo Marchi escribió el código originalmente durante su estancia en International Business Machines ( IBM ), Kingston (EE. UU.). En 1995, el código se desarrolló aún más en el Centre européen de calcul atomique et moléculaire (CECAM). Está escrito en el lenguaje de programación Fortran . En 1997, se publicó bajo la Licencia Pública General GNU (GPL). ^{[ 1 ]} La última versión ^{[ 2 ]} de Orac puede ejecutarse en paralelo utilizando las bibliotecas estándar de la Interfaz de Paso de Mensajes (MPI), lo que permite simulaciones de intercambio de réplicas , simulaciones de metadinámica de múltiples caminantes ^{[ 3 ]} y trayectorias de no equilibrio de dinámica molecular dirigida múltiple ^{[ 4 ]} .

Véase también

↑ Procacci, P.; Darden, TA; Paci, E.; Marchi, M. (1997). "ORAC: Un programa de dinámica molecular para simular sistemas moleculares complejos con interacciones electrostáticas realistas". Journal of Computational Chemistry . 18 (15): 1848– 1862. CiteSeerX 10.1.1.554.895 . doi : 10.1002/(SICI)1096-987X(19971130)18:15 < 1848::AID-JCC2 > 3.0.CO ; 2-O .
↑ Marsili, S.; Signorini, GF; Chelli, R.; Marchi, M.; Procacci, P. (2010). "ORAC: Un programa de simulación de dinámica molecular para explorar superficies de energía libre en sistemas biomoleculares a nivel atómico". Journal of Computational Chemistry . 31 (5): 1106– 1116. doi : 10.1002/jcc.21388 . PMID 19824035 .
↑ Laio, A.; Gervasio, FL (2008). "Metadinámica: Un método para simular eventos raros y reconstruir la energía libre en biofísica, química y ciencia de los materiales". Reports on Progress in Physics . 71 (12) 126601. Bibcode : 2008RPPh...71l6601L . doi : 10.1088/0034-4885/71/12/126601 .
↑ Isralewitz, B.; Gao, M.; Schulten, K. (2001). "Dinámica molecular dirigida y funciones mecánicas de las proteínas". Current Opinion in Structural Biology . 11 (2): 224– 230. doi : 10.1016/S0959-440X(00)00194-9 . PMID 11297932 .