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PAUP* (Análisis filogenético mediante parsimonia * y otros métodos ) es un programa de filogenética computacional para inferir árboles evolutivos ( filogenias ) , escrito por Da...

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PAUP* (Análisis filogenético mediante parsimonia * y otros métodos ) es un programa de filogenética computacional para inferir árboles evolutivos ( filogenias ) , escrito por David L. Swofford. Originalmente, como su nombre indica, PAUP solo implementaba la parsimonia , pero a partir de la versión 4.0 (cuando el programa pasó a llamarse PAUP*) también admite métodos de matriz de distancias y de verosimilitud . La versión 3.0 se ejecutaba en ordenadores Macintosh y contaba con una interfaz gráfica rica y fácil de usar. Junto con el programa MacClade , [ 1 ] con el que comparte el formato de datos NEXUS , [ 2 ] PAUP* era el software filogenético preferido por muchos filogenetistas. [ 3 ]

La versión 4.0 añadió compatibilidad con las plataformas Windows (shell gráfica y línea de comandos) y Unix (solo línea de comandos). Sin embargo, la interfaz gráfica de usuario para Macintosh no es compatible con versiones de Mac OS X superiores a la 10.14 (aunque está previsto desarrollar una interfaz gráfica para versiones posteriores de Mac OS).). PAUP* también está disponible como un complemento para Geneious . PAUP*, que ahora ostenta el título autorreferencial de PAUP* (* Análisis filogenético usando PAUP), está experimentando actualizaciones rápidas y ahora incluye el método de "árbol de especies" SVDquartets, [ 4 ] [ 5 ] además de los métodos de parsimonia, verosimilitud y distancia para filogenética.

Referencias

  1. ↑ Maddison DR, Maddison WP (2001-02-08). MacClade 4: Análisis de filogenia y evolución de caracteres . ISBN 0-8789-3470-7Archivado del original el 27/09/2011 . Consultado el 08/12/2015 .
  2. ↑ Maddison DR, Swofford DL, Maddison WP (diciembre de 1997). "NEXUS: un formato de archivo extensible para información sistemática" . Systematic Biology . 46 (4): 590– 621. doi : 10.1093/sysbio/46.4.590 . PMID 11975335 . 
  3. ↑ Hall BG (2001). Árboles filogenéticos simplificados . Sinauer Associates. ISBN 0-8789-3311-5.
  4. ↑ Chifman J, Kubatko L (diciembre de 2014). " Inferencia de cuartetos a partir de datos de SNP bajo el modelo coalescente" . Bioinformatics . 30 (23): 3317–24 . doi : 10.1093/bioinformatics/btu530 . PMC 4296144. PMID 25104814 .  
  5. ↑ Chifman J, Kubatko L (junio de 2015). "Identificabilidad de la topología del árbol de especies sin raíz bajo el modelo coalescente con procesos de sustitución reversibles en el tiempo, variación de la tasa específica del sitio y sitios invariables". Journal of Theoretical Biology . 374 : 35–47 . arXiv : 1406.4811 . doi : 10.1016/j.jtbi.2015.03.006 . PMID 25791286. S2CID 17167792 .  
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