Hispanopedia WikiLa base de datos PDBREPORT es una base de datos de anomalías y errores encontrados en las estructuras de moléculas biológicas en el Banco de Datos de Proteínas . [1]
La base de datos PDBREPORTS es una herramienta útil para evaluar la calidad de las estructuras proteínicas en proyectos de bioinformática de estructuras proteínicas in silico , y ha sido utilizada con frecuencia por los participantes de la "competencia" de modelado de homología CASP . Los PDBREPORTS se realizan utilizando el software WHAT_CHECK. WHAT_CHECK es la opción del software WHAT IF que valida macromoléculas (especialmente proteínas ).
Muchas de las opciones de WHAT_CHECK determinan valores de normalidad, es decir, la cantidad de desviaciones estándar que una observación dada se desvía de su media. Y en la mayoría de los casos, dichos eventos se enumeran si la desviación es mayor de 4 sigma, lo que implica que una de cada diez mil de las anomalías enumeradas es genuina y no un error. La sección "validación" de las páginas de WHAT_CHECK explica esto con más detalle.
Asuntos
Las entradas de PDBREPORT pueden considerarse informes de errores de estructuras macromoleculares depositadas en el PDB . El término informe de errores debe utilizarse con precaución, ya que el software WHAT_CHECK que produce el PDBREPORT marca cada anomalía de cuatro desviaciones estándar o más como un error. Algunas de estas anomalías informadas pueden ser desviaciones genuinas de la media en lugar de errores.
