Hispanopedia WikiPDBsum es una base de datos que proporciona una descripción general del contenido de cada estructura macromolecular 3D depositada en el Protein Data Bank (PDB). [1] [2] [3] [4]
Base de datos
La versión original de la base de datos fue desarrollada alrededor de 1995 por Roman Laskowski y colaboradores en el University College de Londres . [5] A partir de 2014, PDBsum es mantenido por Laskowski y colaboradores en el laboratorio de Janet Thornton en el Instituto Europeo de Bioinformática (EBI).
Cada estructura en la base de datos PDBsum incluye una imagen de la estructura (vista principal, vista inferior y vista derecha), componentes moleculares contenidos en el complejo (estructura), diagrama de reacción enzimática si corresponde, asignaciones funcionales de ontología génica , una secuencia 1D anotada por asignaciones de dominio Pfam e InterPro , descripción de moléculas unidas y gráfico que muestra interacciones entre proteína y estructura secundaria, diagramas esquemáticos de interacciones proteína-proteína , análisis de hendiduras contenidas dentro de la estructura y enlaces a bases de datos externas. [6] El software de gráficos moleculares RasMol y Jmol se utiliza para proporcionar una vista 3D de las moléculas y sus interacciones dentro de PDBsum. [5]
Desde el lanzamiento del Proyecto 1000 Genomas en octubre de 2012, todas las variantes de aminoácidos individuales identificadas por el proyecto se han mapeado a las secuencias de proteínas correspondientes en el Banco de Datos de Proteínas. Estas variantes también se muestran dentro de PDBsum, con referencias cruzadas al identificador UniProt relevante . [6] PDBsum contiene una serie de estructuras de proteínas que pueden ser de interés en el diseño de fármacos basado en la estructura . Una rama de PDBsum, conocida como DrugPort, se centra en estos modelos y está vinculada con la base de datos de objetivos de fármacos de DrugBank . [6] [7]
Véase también
Referencias
- ^ Laskowski RA, Hutchinson EG, Michie AD, Wallace AC, Jones ML, Thornton JM (diciembre de 1997). "PDBsum: una base de datos basada en la Web de resúmenes y análisis de todas las estructuras de PDB". Tendencias en Ciencias Bioquímicas . 22 (12): 488–90. doi :10.1016/S0968-0004(97)01140-7. PMID 9433130.
- ^ Laskowski RA (enero de 2001). "PDBsum: resúmenes y análisis de estructuras PDB". Investigación de ácidos nucleicos . 29 (1): 221–2. doi :10.1093/nar/29.1.221. PMC 29784 . PMID 11125097.
- ^ Laskowski RA, Chistyakov VV, Thornton JM (enero de 2005). "PDBsum more: nuevos resúmenes y análisis de las estructuras 3D conocidas de proteínas y ácidos nucleicos". Nucleic Acids Research . 33 (número de base de datos): D266-8. doi :10.1093/nar/gki001. PMC 539955 . PMID 15608193.
- ^ Laskowski RA (enero de 2009). "PDBsum new things". Nucleic Acids Research . 37 (número de la base de datos): D355-9. doi :10.1093/nar/gkn860. PMC 2686501 . PMID 18996896.
- ^ ab "Documentación de PDBsum: Acerca de PDBsum". Laboratorio Europeo de Biología Molecular – Instituto Europeo de Bioinformática . Consultado el 9 de septiembre de 2014 .
- ^ abc de Beer TA, Berka K, Thornton JM, Laskowski RA (enero de 2014). "Adiciones a PDBsum". Nucleic Acids Research . 42 (número de la base de datos): D292-6. doi :10.1093/nar/gkt940. PMC 3965036 . PMID 24153109.
- ^ Knox C, Law V, Jewison T, Liu P, Ly S, Frolkis A, Pon A, Banco K, Mak C, Neveu V, Djoumbou Y, Eisner R, Guo AC, Wishart DS (enero de 2011). "DrugBank 3.0: un recurso integral para la investigación 'ómica' sobre fármacos". Nucleic Acids Research . 39 (número de la base de datos): D1035-41. doi :10.1093/nar/gkq1126. PMC 3013709 . PMID 21059682.
Enlaces externos
- Laskowski RA, Thornton JM. "Página de inicio de PDBsum". Instituto Europeo de Bioinformática.
