PRR32 es una proteína que en humanos está codificada por el gen CXorf64 ( marco de lectura abierto 64 del cromosoma X ) . También se ha descubierto que los homólogos del gen PRR32 se conservan en chimpancés, macacos Rhesus , perros, vacas, ratones y ratas. Asimismo, se ha encontrado en NCBI que 82 organismos poseen ortólogos del gen humano PRR323. [ 5 ]
PRR32 (CXorf64) parece estar involucrado con un grupo de genes sobreexpresados en la ELA ( esclerosis lateral amiotrófica ), como se evidencia en un estudio que busca analizar los patrones de expresión genética en los músculos de pacientes con esclerosis lateral amiotrófica y neuropatía motora multifocal . [ 6 ]
Gene
El gen se localiza en el cromosoma X, en la posición Xq25, y tiene una longitud de 2023 bases (significativamente pequeña en comparación con otros genes). Se encuentra en la cadena antisentido (+). Como se muestra en el gráfico inferior, está flanqueado aguas arriba por DKAF12l1, que se muestra en verde a la izquierda, y aguas abajo por LOC10. CXorf64 es la columna azul que se muestra en el centro. [ 7 ]

Transcripción
CXorf64 tiene 1 exón que finalmente forma 1 variante de transcripción. Este gen se expresa principalmente en el tejido muscular. No se conocen isoformas en las que se exprese CXorf64. [ 8 ]
Proteína
Propiedades generales
Estructura
A la derecha se muestra la estructura terciaria predicha de la proteína. Se caracteriza por largas hélices alfa localizadas en el extremo opuesto a los extremos N y C terminales de la proteína.

Expresión
Según el análisis de expresión tisular evaluado mediante microarrays por NCBI GEO, el gen CXorf64 tiene niveles de expresión promedio en la mayoría de los tejidos, excepto en la próstata, el corazón, la grasa y el endometrio, que tienen niveles de expresión relativamente bajos (~percentil 25 de la expresión génica tisular). Casi todos los estudios de microarrays determinaron niveles muy bajos de expresión génica en todos los tejidos evaluados. Esta evidencia impulsó un análisis adicional con otras herramientas. Si bien no había análisis tisular presente en Allen Brain Atlas o genepaint, el Human Protein Atlas sugirió que el gen estaba más altamente expresado en el corazón, la próstata y los tejidos adiposo.


Ubicación subcelular
Se sintetiza en el citoplasma celular y se predice que se localiza en las mitocondrias. Se predice que se localiza en el núcleo, la membrana plasmática, el espacio extracelular, la mitocondria, el peroxisoma y el citosol.

Modificación postraduccional
glicosilación N-ligada
Se descubrió que existen varias modificaciones postraduccionales que se realizan en PRR32. Estas incluyen varios sitios de glicosilación N-ligada que se predijeron con alta confianza. Se sabe que la glicosilación participa en la adhesión célula-célula (un mecanismo empleado por las células del sistema inmunitario) a través de proteínas de unión a azúcares. El gráfico ilustra los sitios de N-glicosilación predichos a lo largo de la cadena proteica (el eje x representa la longitud de la proteína desde el extremo N-terminal hasta el C-terminal). Se predice que una posición con un potencial (líneas verticales) que cruza el umbral (línea horizontal en 0,5) está glicosilada. [ 12 ]

Homología y evolución
Se generó una lista de ortólogos utilizando el BLAST de NCBI (proteínas) para PRR32, así como el BLAT de UCSC (BLAST-Like Alignment Tool). Estos motores de búsqueda y análisis generaron ortólogos de más de 80 caracteres. Esta lista se redujo a una lista de 30 especies diferentes. De esas 30 especies, se dividieron en ciertas partes. Las primeras en ser seleccionadas fueron los primates, ya que son las especies más relacionadas en términos genéticos. La similitud generada en comparación con los humanos fue de aproximadamente 95-99%. Luego, utilizando la opción de editar y volver a enviar en Blast (proteínas), excluí a todos los primates para ampliar la selección de especies. La búsqueda BLAST arrojó nuevamente muchos mamíferos, incluidos conejo, perro, hurón, rinoceronte y muchos más. El porcentaje de similitud de estas especies fue de entre 69% y 89%. A continuación, para diversificar aún más mi selección de especies, nuevamente utilizando el mismo método, excluí a todos los mamíferos de la secuenciación BLAST. Esta vez, hubo No se encontraron coincidencias en la consulta. Esta acción se repitió varias veces y parece que el gen PRR32 solo es relevante en mamíferos. La hoja de cálculo de Google que se muestra a continuación enumera la selección de especies y toda la información importante, como el orden, el año de divergencia, etc. Cabe destacar que las secuencias de proteínas para PRR32 estaban altamente conservadas entre especies de Homo sapiens estrechamente relacionadas , como chimpancés , gorilas y orangutanes .
Importancia clínica
Un experimento analizó el patrón de expresión génica en músculos de pacientes con esclerosis lateral amiotrófica (ELA) y neuropatía motora multifocal (NMM) en comparación con controles. Se extrajo ARN total de músculos esqueléticos biopsiados de tres sujetos con ELA, tres con NMM y tres sujetos control, y se sometió a un análisis de expresión génica a nivel genómico utilizando el microchip Affymetrix GeneChip Exon 1.0 ST. Las diferencias más significativas en el patrón de expresión se confirmaron mediante RT-PCR en cuatro pacientes adicionales con ELA. Los resultados mostraron que se identificaron más de 3000 genes en todos los grupos utilizando q < 10%. Entre los 50 genes que se sobreexpresaron solo en el grupo de ELA se encontraban: leucina-rich repeat kinase-2, folistatina, colágeno tipo XIX alfa-1, ceramida kinase-like, sestrina-3 y CXorf64. Ningún gen se sobreexpresó significativamente solo en NMM. Los genes subexpresados solo en ELA incluyeron actinina αα3, fructosa-1,6-bisfosfatasa-2 y homeobox C10; mientras que solo en MMN: hemoglobina A1 y CXorf64. El dominio de repetición de anquirina-1 se sobreexpresó en ambos grupos. Los genes subexpresados en ambos grupos incluyeron miosina cinasa de cadena ligera-2, enolasa-3 y 6-fosfofructo-2-cinasa/fructosa-2,6-bifosfatasa-1. El análisis de validación mediante RT-PCR confirmó los datos para leucina-rich repeat kinase-2, folistatina, colágeno tipo XIX alfa-1, ceramida cinasa-like, sestrina-3 y CXorf64. En conclusión, existe una expresión génica diferencial específica de tejido en pacientes con ELA en relación con MMN y controles. Se necesitan más estudios para evaluar los genes identificados en grupos de pacientes más grandes y en diferentes tejidos.
Referencias
- 1 2 3 GRCh38: Versión 89 de Ensembl: ENSG00000183631 – Ensembl , mayo de 2017
- 1 2 3 GRCm38: Versión 89 de Ensembl: ENSMUSG00000037086 – Ensembl , mayo de 2017
- ↑ "Referencia humana de PubMed:" . Centro Nacional de Información Biotecnológica, Biblioteca Nacional de Medicina de EE. UU .
- ↑ "Referencia de PubMed sobre el ratón:" . Centro Nacional de Información Biotecnológica, Biblioteca Nacional de Medicina de EE . UU .
- ↑ "Gen Entrez: PRR32 rico en prolina 32" .
- ↑ Shtilbans A, Choi SG, Fowkes ME, Khitrov G, Shahbazi M, Ting J, Zhang W, Sun Y, Sealfon SC, Lange DJ (julio de 2011). "Expresión génica diferencial en pacientes con esclerosis lateral amiotrófica". Esclerosis lateral amiotrófica . 12 (4): 250– 6. doi : 10.3109/17482968.2011.560946 . PMID 21375368. S2CID 11600103 .
- ↑ "Gen PRR32 - GeneCards | Proteína PRR32 | Anticuerpo PRR32" .
- ↑ "PRR32 rico en prolina 32 [ Homo sapiens (humano) ] - Gen - NCBI" .
- ↑ "PRR32 rico en prolina 32 [ Homo sapiens (humano) ] - Gen - NCBI" .
- ↑ "Inicio - GEO - NCBI" .
- ↑ "Compartimentos - Prr32" .
- ↑ "ExPASy: Portal de recursos bioinformáticos de SIB - Inicio" .
- ↑ "ExPASy: Portal de recursos bioinformáticos de SIB - Inicio" .
- Genes en el cromosoma X humano