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PubMed

PubMed es una base de datos gratuita y de acceso abierto que incluye principalmente la base de datos MEDLINE de referencias y resúmenes sobre ciencias de la vida y temas biomédi...

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PubMed es una base de datos gratuita y de acceso abierto que incluye principalmente la base de datos MEDLINE de referencias y resúmenes sobre ciencias de la vida y temas biomédicos . La Biblioteca Nacional de Medicina de los Estados Unidos (NLM) de los Institutos Nacionales de la Salud mantiene la base de datos como parte del sistema Entrez de recuperación de información . [ 1 ]

Desde 1971 hasta 1997, el acceso en línea a la base de datos MEDLINE se proporcionaba a través de computadoras, utilizando líneas telefónicas principalmente a través de instalaciones institucionales, como bibliotecas universitarias . [ 2 ] PubMed, lanzado por primera vez en enero de 1996, marcó el comienzo de la era de la búsqueda privada, gratuita y en el hogar y la oficina en MEDLINE. [ 3 ] Se lanzó junto con "Internet Grateful Med" (versión web de Grateful Med ). En 2001, Grateful Med fue eliminado y reemplazado por completo por PubMed. El sistema PubMed se ofreció gratuitamente al público a partir de junio de 1997. [ 2 ]

Contenido

Además de MEDLINE, PubMed proporciona acceso a:

Muchos registros de PubMed contienen enlaces a artículos de texto completo, algunos de los cuales están disponibles gratuitamente, a menudo en PubMed Central [ 5 ] y réplicas locales, como Europe PubMed Central . [ 6 ]

La información sobre las revistas indexadas en MEDLINE y disponibles a través de PubMed se encuentra en el Catálogo de la NLM. [ 7 ]

A fecha de 15 de marzo de 2025  PubMed tiene más de 40 millones de citas y resúmenes que datan de 1966, selectivamente hasta el año 1865 y altamente selectivamente hasta 1809. A partir de 2023, 24,6 millones de registros de PubMed se listaron con sus resúmenes, y 26,8 millones de registros tienen enlaces a versiones de texto completo (de los cuales 10,9 millones de artículos están disponibles en texto completo de forma gratuita). [ 8 ] Durante los últimos 10 años (que terminaron el 31 de diciembre de 2019), se agregó un promedio de casi un millón de registros nuevos cada año.

En 2016, la NLM cambió el sistema de indexación para que los editores puedan corregir directamente errores tipográficos y de otro tipo en los artículos indexados en PubMed. [ 9 ]

Se ha informado que PubMed incluye algunos artículos publicados en revistas depredadoras. Las políticas de MEDLINE y PubMed para la selección de revistas para su inclusión en la base de datos son ligeramente diferentes. Las deficiencias en los criterios y procedimientos para la indexación de revistas en PubMed Central pueden permitir que publicaciones de revistas depredadoras se filtren en PubMed. [ 10 ]

El 4 de marzo de 2025, se produjo una interrupción global temporal de la base de datos PubMed. La interrupción duró aproximadamente un día y generó temores sobre el futuro de la base de datos, ya que investigadores de todo el mundo dependen de PubMed para acceder a literatura científica revisada por pares. Aparentemente, la interrupción no fue deliberada y los servicios se restablecieron, pero el incidente puso de manifiesto la preocupación por la fiabilidad y la planificación de contingencia de la infraestructura de investigación esencial. [ 11 ]

Características

Diseño de sitios web

En octubre de 2009 se lanzó una nueva interfaz de PubMed que fomentaba el uso de búsquedas rápidas, similares a las de Google; también se las ha descrito como búsquedas tipo «telegrama». [ 12 ] Por defecto, los resultados se ordenan por fecha de publicación (más recientes), pero esto se puede cambiar a mejor coincidencia, fecha de publicación, primer autor, último autor, revista o título. [ 13 ]

El diseño y el dominio del sitio web de PubMed se actualizaron en enero de 2020 y se convirtieron en predeterminados el 15 de mayo de 2020, con las nuevas funciones actualizadas. [ 14 ] Hubo una reacción crítica por parte de muchos investigadores que usan el sitio con frecuencia. [ 15 ]

PubMed para dispositivos portátiles/móviles

Se puede acceder a PubMed/MEDLINE a través de dispositivos móviles, utilizando, por ejemplo, la opción "PICO" (para preguntas clínicas específicas) creada por la NLM. [ 16 ] También está disponible la opción "PubMed Mobile", que proporciona acceso a una versión simplificada y optimizada para dispositivos móviles. [ 17 ]

Las búsquedas sencillas en PubMed se pueden realizar introduciendo los aspectos clave de un tema en la ventana de búsqueda de PubMed.

PubMed traduce esta formulación de búsqueda inicial y agrega automáticamente nombres de campos, términos MeSH (Medical Subject Headings) relevantes, sinónimos, operadores booleanos y "anida" los términos resultantes de manera apropiada, mejorando significativamente la formulación de búsqueda, en particular al combinar de forma rutinaria (usando el operador OR) palabras de texto y términos MeSH.

Para realizar búsquedas óptimas en PubMed, es necesario comprender su componente principal, MEDLINE, y especialmente el vocabulario controlado MeSH (Medical Subject Headings) utilizado para indexar los artículos de MEDLINE. También pueden requerir estrategias de búsqueda complejas, el uso de nombres de campo (etiquetas), el uso adecuado de límites y otras funciones; los bibliotecarios de referencia y los especialistas en búsqueda ofrecen servicios de búsqueda. [ 18 ] [ 19 ]

La búsqueda en la ventana de búsqueda de PubMed solo se recomienda para la búsqueda de temas inequívocos o nuevas intervenciones que aún no tengan un encabezado MeSH creado, así como para la búsqueda de marcas comerciales de medicamentos y nombres propios. También es útil cuando no hay un encabezado adecuado o el descriptor representa un aspecto parcial. La búsqueda mediante el tesauro MeSH es más precisa y arrojará menos resultados irrelevantes. Además, evita la desventaja de la búsqueda de texto libre, en la que se deben tener en cuenta las diferencias ortográficas, de singular/plural o abreviadas. Por otro lado, no se encontrarán los artículos incorporados más recientemente a la base de datos a los que aún no se les han asignado descriptores. Por lo tanto, para garantizar una búsqueda exhaustiva, se debe utilizar una combinación de encabezados de lenguaje controlado y términos de texto libre. [ 20 ]

Parámetros del artículo de revista

Cuando se indexa un artículo de revista, se extraen y almacenan numerosos parámetros como información estructurada. Estos parámetros son: tipo de artículo (términos MeSH, por ejemplo, "Ensayo clínico"), identificadores secundarios (términos MeSH), idioma, país de la revista o historial de publicación (fecha de publicación electrónica, fecha de publicación impresa).

Tipo de publicación: Consultas clínicas/revisiones sistemáticas

El parámetro tipo de publicación permite buscar por tipo de publicación , incluyendo informes de varios tipos de investigación clínica. [ 21 ]

Identificación secundaria

Desde julio de 2005, el proceso de indexación de artículos de MEDLINE extrae identificadores del resumen del artículo y los coloca en un campo llamado Identificador Secundario (IS). Este campo almacena números de acceso a diversas bases de datos de secuencias moleculares, expresión génica o compuestos químicos, así como identificadores de ensayos clínicos. Para los ensayos clínicos, PubMed extrae los identificadores de los dos registros de ensayos más grandes: ClinicalTrials.gov (identificador NCT) y el Registro Internacional Estándar de Números de Ensayos Clínicos Aleatorizados (identificador IRCTN). [ 22 ]

Véase también

Se puede marcar una referencia que se considere particularmente relevante y se pueden identificar "artículos relacionados". Si es pertinente, se pueden seleccionar varios estudios y generar artículos relacionados con todos ellos (en PubMed o en cualquiera de las otras bases de datos NCBI Entrez) utilizando la opción "Buscar datos relacionados". Los artículos relacionados se listan luego en orden de "relación". Para crear estas listas de artículos relacionados, PubMed compara las palabras del título y el resumen de cada cita, así como los encabezados MeSH asignados, utilizando un potente algoritmo ponderado por palabras. [ 23 ] La función de "artículos relacionados" se ha considerado tan precisa que los autores de un artículo sugirieron que se puede utilizar en lugar de una búsqueda completa. [ 24 ]

Mapeo a MeSH

PubMed enlaza automáticamente con términos MeSH y subencabezados. Por ejemplo: "mal aliento" enlaza con (e incluye en la búsqueda) "halitosis" y "ataque cardíaco" con "infarto de miocardio". Cuando corresponde, estos términos MeSH se "expanden" automáticamente, es decir, incluyen términos más específicos. Términos como "enfermería" se enlazan automáticamente con "Enfermería [MeSH]" o "Enfermería [Subencabezado]". Esta función se llama Mapeo Automático de Términos y se activa, por defecto, en la búsqueda de texto libre, pero no en la búsqueda de frases exactas (es decir, encerrando la consulta de búsqueda entre comillas dobles). [ 25 ] Esta función hace que las búsquedas en PubMed sean más sensibles y evita falsos negativos (resultados omitidos) al compensar la diversidad de la terminología médica. [ 25 ]

PubMed no aplica la asignación automática del término en las siguientes circunstancias: al escribir la frase citada (por ejemplo, "trasplante renal"), cuando se trunca en el asterisco (por ejemplo, trasplante renal*) y cuando se busca con etiquetas de campo (por ejemplo, Cáncer [ti]). [ 20 ]

Mi NCBI

La función opcional de PubMed "My NCBI" (con registro gratuito) proporciona herramientas para

  • guardar búsquedas
  • filtrar resultados de búsqueda
  • Configurar actualizaciones automáticas enviadas por correo electrónico.
  • guardar conjuntos de referencias recuperadas como parte de una búsqueda en PubMed
  • configurar formatos de visualización o resaltar términos de búsqueda

y una amplia gama de otras opciones. [ 26 ] Se puede acceder al área "Mi NCBI" desde cualquier computadora con acceso a internet. Una versión anterior de "Mi NCBI" se llamaba "PubMed Cubby". [ 27 ]

Enlace de salida

LinkOut es una herramienta de la NLM para enlazar y poner a disposición los fondos de revistas locales de texto completo. [ 28 ] Unos 3200 sitios (principalmente instituciones académicas) participan en esta herramienta de la NLM ( a marzo de 2010) . ), desde la Universidad de Aalborg en Dinamarca hasta ZymoGenetics en Seattle. [ 29 ] Los usuarios de estas instituciones ven el logotipo de su institución en el resultado de la búsqueda de PubMed (si la revista se encuentra en esa institución) y pueden acceder al texto completo. Link out se está consolidando con Outside Tool a partir de la actualización principal de la plataforma que llegará en el verano de 2019. [ 30 ]

PubMed Commons

En 2016, PubMed permite a los autores de artículos comentar artículos indexados por PubMed. Esta función se probó inicialmente en modo piloto (desde 2013) y se hizo permanente en 2016. [ 31 ] En febrero de 2018, PubMed Commons se suspendió debido a que "su uso ha seguido siendo mínimo". [ 32 ] [ 33 ]

askMEDLINE

askMEDLINE se desarrolló como una herramienta de consulta de texto libre que permitía a los usuarios utilizar lenguaje natural en sus búsquedas. A diferencia del uso de vocabularios especializados que podría emplear un buscador experto, esta herramienta permitía realizar búsquedas eficientes en MEDLINE/PubMed únicamente con lenguaje natural. Además, era apta para dispositivos móviles y estaba dirigida a investigadores, clínicos o al público en general que no estuvieran familiarizados con el formato de consultas formales. [ 34 ]

Identificador de PubMed

Un PMID (identificador de PubMed o identificador único de PubMed) [ 35 ] es un valor entero único , que comienza en 1, asignado a cada registro de PubMed. Un PMID no es lo mismo que un PMCID (identificador de PubMed Central), que es el identificador de todas las obras publicadas en PubMed Central , de acceso gratuito . [ 36 ]

La asignación de un PMID o PMCID a una publicación no informa al lector sobre el tipo o la calidad del contenido. Los PMID se asignan a cartas al editor , artículos de opinión, columnas de opinión y cualquier otro texto que el editor decida incluir en la revista, así como a artículos revisados ​​por pares. La existencia del número de identificación tampoco garantiza que los artículos no hayan sido retractados por fraude, incompetencia o mala conducta. El anuncio de cualquier corrección a los artículos originales puede recibir un PMID.

Cada número introducido en la ventana de búsqueda de PubMed se trata por defecto como si fuera un PMID. Por lo tanto, cualquier referencia en PubMed puede localizarse utilizando el PMID.

Interfaces alternativas

MEDLINE es una de las bases de datos accesibles a través de PubMed. Varias empresas ofrecen acceso a MEDLINE a través de sus plataformas.

La Biblioteca Nacional de Medicina alquila la información de MEDLINE a varios proveedores privados como Embase , Ovid , Dialog , EBSCO , Knowledge Finder y muchos otros proveedores comerciales, no comerciales y académicos. [ 37 ] A octubre de 2008 Se habían emitido más de 500 licencias, más de 200 de ellas a proveedores fuera de los Estados Unidos. Dado que las licencias para usar los datos de MEDLINE están disponibles de forma gratuita, la NLM proporciona, de hecho, un campo de pruebas gratuito para una amplia gama [ 38 ] de interfaces alternativas y complementos de terceros para PubMed, una de las pocas bases de datos grandes y gestionadas profesionalmente que ofrece esta opción.

Lu identifica una muestra de 28 versiones actuales y gratuitas de PubMed basadas en la web, que no requieren instalación ni registro, y que se agrupan en cuatro categorías: [ 38 ]

  1. Resultados de búsqueda de clasificación, por ejemplo: eTBLAST ; MedlineRanker; [ 39 ] MiSearch; [ 40 ]
  2. Agrupación de resultados por temas, autores, revistas, etc., por ejemplo: Anne O'Tate ; [ 41 ] ClusterMed; [ 42 ]
  3. Mejorar la semántica y la visualización, por ejemplo: EBIMed; [ 43 ] MedEvi. [ 44 ]
  4. Interfaz de búsqueda y experiencia de recuperación mejoradas, por ejemplo, askMEDLINE [ 45 ] [ 46 ] BabelMeSH; [ 47 ] y PubCrawler. [ 48 ]

Como la mayoría de estas y otras alternativas dependen esencialmente de datos de PubMed/MEDLINE arrendados bajo licencia de NLM/PubMed, se ha sugerido el término "derivados de PubMed". [ 38 ] Sin necesidad de almacenar aproximadamente 90  GB de conjuntos de datos originales de PubMed, cualquiera puede escribir aplicaciones de PubMed utilizando la interfaz de programación de aplicaciones eutils como se describe en "The E-utilities In-Depth: Parameters, Syntax and More", por Eric Sayers, PhD. [ 49 ] Varios generadores de formatos de citación, que toman números PMID como entrada, son ejemplos de aplicaciones web que utilizan la interfaz de programación de aplicaciones eutils. Las páginas web de ejemplo incluyen Citation Generator – Mick Schroeder , Pubmed Citation Generator – Ultrasound of the Week y Cite this for me .

En 2025, la ZBMed , la Biblioteca Nacional de Medicina de Alemania, anunció planes para desarrollar una versión de código abierto de PubMed con soporte internacional. [ 50 ] [ 51 ]

Minería de datos de PubMed

Los métodos alternativos para extraer datos de PubMed utilizan entornos de programación como Matlab , Python o R. En estos casos, las consultas a PubMed se escriben como líneas de código que se envían a PubMed, y la respuesta se procesa directamente en el entorno de programación. El código se puede automatizar para realizar consultas sistemáticas con diferentes palabras clave, como enfermedad, año, órganos, etc.

Para el procesamiento masivo, la base de datos completa de PubMed está disponible en formato XML, que se puede descargar desde un servidor FTP. La base de datos anual se publica en diciembre, seguida de archivos de actualización diarios. [ 52 ]

Además de su función tradicional como base de datos biomédica, PubMed se ha convertido en un recurso común para entrenar modelos de lenguaje biomédico . [ 53 ]

Los datos accesibles a través de PubMed se pueden replicar localmente utilizando una herramienta no oficial como MEDOC. [ 54 ]

Millones de registros de PubMed complementan diversos conjuntos de datos abiertos sobre acceso abierto , como Unpaywall . Las bibliotecas utilizan herramientas de análisis de datos como Unpaywall Journals para facilitar la cancelación de grandes suscripciones : pueden evitar suscripciones a materiales que ya están disponibles mediante acceso abierto instantáneo a través de archivos abiertos como PubMed Central. [ 55 ]

Véase también

Referencias

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