Repetición de pentapéptido

Las repeticiones de pentapéptidos son una familia de motivos de secuencia que se encuentran en múltiples copias en tándem en las moléculas de proteínas . ^{[ 2 ] [ 3 ]} Las proteínas con repeticiones de pentapéptidos se encuentran en todas las especies, pero se encuentran en muchas copias en los genomas de las cianobacterias. Las repeticiones fueron identificadas por primera vez por Black y colegas en la proteína hglK. ^{[ 4 ]} Posteriormente, Bateman et al. demostraron que existía una gran familia de proteínas con repeticiones de pentapéptidos relacionadas. ^{[ 3 ]} La función de estas repeticiones es incierta en la mayoría de las proteínas. Sin embargo, en la proteína MfpA, un inhibidor de la ADN girasa, se ha sugerido que la estructura de repetición de pentapéptidos imita la estructura del ADN. ^{[ 5 ]} Las repeticiones forman una estructura regular de hélice beta dextrógira de cuatro lados conocida como pliegue Rfr.

La repetición de pentapéptidos es una característica observada en la secuencia de proteínas . Se puede describir aproximadamente utilizando el código de aminoácidos de una letra como A(D/N)LXX, donde X puede ser cualquier aminoácido. Esta secuencia repetitiva se puede observar en alineamientos de secuencias múltiples y diagramas de puntos de proteínas como HglK. La posición central en la repetición de pentapéptidos suele ser una leucina y se ha designado como posición i . Las dos posiciones anteriores se conocen como i -1 e i -2. La posición i-2 suele ser una alanina. Las dos posiciones subsiguientes se denotan como i +1 e i +2. Las cadenas laterales de las posiciones i -2 e i apuntan hacia el interior hidrofóbico de la proteína, mientras que las cadenas laterales de las posiciones i -1, i +1 e i +2 están expuestas en la superficie de las proteínas.

Inicialmente, se predijo que las repeticiones de pentapéptidos poseerían una hélice beta dextrógira de tres lados. ^{[ 3 ]} La primera estructura cristalina de una proteína con repeticiones de pentapéptidos fue la proteína MfpA, resuelta por Hegde y colaboradores. Esta estructura mostró que las proteínas con repeticiones de pentapéptidos (PRP) poseen una estructura de hélice beta de cuatro lados . ^{[ 5 ]} Cuatro repeticiones forman una vuelta de una estructura similar a un solenoide. Hasta la fecha, se han resuelto las estructuras de ocho proteínas diferentes.